장애인 고용부담금은 손금에 넣을 수 있나요?

2024. 12. 31. 개정 전 법인세법이 적용되는 사업연도라면 손금에 넣을 수 있습니다. 대법원은 장애인 고용부담금이 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이 아니라고 보았습니다. 그 이후 사업연도는 개정 문언을 따로 따져야 합니다.

이미 손금불산입해 신고했는데 고칠 수 있나요?

경정청구로 고칠 수 있습니다. 신고한 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액보다 많으면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 관할 세무서장에게 결정이나 경정을 청구할 수 있습니다. 수정신고를 먼저 할 필요는 없습니다.

12월 결산 법인의 경정청구 마감은 언제인가요?

사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 신고기한이고, 그때부터 5년이 마감입니다. 2021 사업연도는 2027. 3. 31., 2022 사업연도는 2028. 3. 31.까지입니다. 성실신고확인서 제출 법인은 신고기한이 4개월이라 마감도 한 달 늦습니다.

부담금은 몇 명 이상 회사가 내나요?

상시 100명 이상 근로자를 고용하면서 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용한 사업주가 냅니다. 고용의무 자체는 상시 50명 이상 사업주에게 있지만, 100명 미만 사업주는 부담금 납부에서 빠집니다. 대법원은 이 점도 제재가 아니라는 근거로 들었습니다.

경정청구에 답이 없으면 어떻게 하나요?

세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다. 2개월 안에 아무 통지가 없으면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있습니다. 통지를 무작정 기다릴 필요는 없습니다.

벌금이나 과태료도 손금이 되나요?

되지 않습니다. 벌금, 과료, 과태료, 가산금과 강제징수비는 개정 전후 모두 손금에 넣지 않습니다. 대법원은 벌금·과태료가 고의나 과실을 요건으로 하는 제재인 반면 장애인 고용부담금은 책임 요건 없이 생긴다는 점에서 다르다고 보았습니다.

경정청구 거부는 언제까지 다투나요?

거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구나 국세청 심사청구를 해야 합니다. 그 결정에 불복하면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 취소소송을 냅니다. 심판청구 등을 거치지 않고 바로 소송을 낼 수는 없습니다.

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법인세·소득세

장애인 고용부담금을 손금불산입해 신고했는데 경정청구로 법인세를 돌려받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

개정 전 법률이 적용되는 사업연도라면 돌려받을 수 있습니다. 대법원은 장애인 고용부담금이 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이 아니어서 손금에 넣어야 한다며, 손금불산입 신고분의 경정청구를 거부한 처분을 위법하다고 본 원심을 유지했습니다. 지금은 사업연도별 법정신고기한에서 5년이 지났는지부터 확인하십시오.

기한

이미 신고한 법인세의 환급을 구하는 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에만 할 수 있습니다. 12월 결산 법인의 2021 사업연도분은 2027. 3. 31.이 마감입니다.

세무조정 때 부담금을 손금불산입했다고 그 처리가 굳어진 것은 아닙니다. 수정신고를 따로 할 필요 없이 경정청구로 바로 고쳐 달라고 할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

직원 300명 규모의 금융회사 F사는 장애인 의무고용률을 채우지 못해 2021년도분과 2022년도분 장애인 고용부담금을 냈습니다. 세무대리인의 관행대로 이 부담금을 2022 사업연도와 2023 사업연도 법인세 신고 때 손금불산입했습니다. 2026년 F사는 부담금도 비용이라며 두 사업연도 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 했지만, 세무서는 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 공과금이라며 거부했습니다. F사는 거부처분을 다툴지 고민하고 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

손금불산입으로 신고한 장애인 고용부담금도 경정청구할 수 있나요?

할 수 있습니다. 대법원은 저축은행이 2019·2020 사업연도 법인세 신고 때 손금에 넣지 않았던 장애인 고용부담금을 손금에 넣어 달라며 한 경정청구를 세무서가 거부한 처분이 위법하다고 본 원심을 유지했습니다. 2024. 12. 31. 개정 전 법인세법이 손금불산입 대상으로 정한 것은 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금인데, 장애인 고용부담금은 여기에 해당하지 않는다는 이유입니다.

공과금은 사업경비의 성격을 가지므로 손금에 넣는 것이 원칙입니다. 대법원은 손금불산입 요건을 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석해야 한다고 했습니다.

장애인 고용부담금을 제재가 아니라고 본 이유는 무엇인가요?

부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 사이의 경제적 부담을 맞추는 제도이기 때문입니다. 대법원은 이 부담금이 재정 목적보다 장애인 고용을 이끌어 내는 유도적·조정적 부담금의 성격이 강하다고 보았습니다. 벌금이나 과태료처럼 고의·과실을 따지지 않고 요건만 갖추면 일률적으로 생기며, 고용의무를 어겨도 따로 처벌 규정이 없습니다.

고용의무는 상시 50명 이상 사업주에게 있지만 부담금은 상시 100명 이상 사업주만 냅니다. 의무를 어겨도 부담금을 내지 않는 사업주가 있다는 점도 제재가 아니라는 근거가 됐습니다. 1997년 전까지 법인세법 시행령이 장애인 고용부담금을 손금산입 공과금으로 명시했다가 규정 방식이 바뀌며 빠졌을 뿐, 손금불산입으로 돌릴 정책 전환은 없었다는 점도 들었습니다.

경정청구 기한은 사업연도별로 어떻게 계산하나요?

법정신고기한이 지난 후 5년이 마감입니다. 법인세 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이고, 성실신고확인서를 내는 법인은 4개월입니다. 12월 결산 법인이라면 2021 사업연도는 2022. 3. 31.이 신고기한이어서 2027. 3. 31.까지 경정청구를 해야 합니다.

12월 결산 법인의 경정청구 마감(2026. 10. 4. 기준)

사업연도	법정신고기한	경정청구 마감
2020	2021. 3. 31.	2026. 3. 31.(경과)
2021	2022. 3. 31.	2027. 3. 31.
2022	2023. 3. 31.	2028. 3. 31.
2023	2024. 3. 31.	2029. 3. 31.

출처 - 법인세법 제60조 제1항, 국세기본법 제45조의2 제1항

판결 사안의 2019·2020 사업연도처럼 12월 결산 법인의 2020 사업연도 이전분은 2026. 10. 4. 현재 이미 5년이 지났습니다. 기한이 남은 사업연도부터 먼저 정리해야 합니다.

2025년 이후 납부분에도 같은 결론이 나오나요?

그대로 적용하기 어렵습니다. 2024. 12. 31. 개정돼 2025. 1. 1. 시행된 법인세법은 손금불산입 공과금을 「의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금」으로 바꾸고 「제재」라는 말을 뺐습니다. 대법원은 장애인 고용부담금이 고용의무 불이행을 이유로 부과되는 공과금이라는 점은 인정했으므로, 2026. 10. 4. 기준 현행 「법인세법」 문언에서는 손금불산입 대상이 될 여지가 큽니다.

법인세법 제21조 제5호 개정 전후 문언

구분	손금불산입 공과금 문언
개정 전	의무 불이행 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금
개정 후(2025. 1. 1. 시행)	의무 불이행 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

출처 - 법인세법 제21조 제5호(2024. 12. 31. 법률 제20613호 개정)

세무서가 경정청구를 거부하면 어떻게 하나요?

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다. 2개월 안에 통지가 없으면 통지를 받기 전이라도 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.

거부 통지를 받으면 그날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구나 국세청 심사청구를 합니다. 그 결정에도 불복하면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 거부처분 취소소송을 냅니다.

장애인 고용부담금 환급 대응 순서

사업연도 확인 - 부담금을 손금불산입한 사업연도를 모두 뽑습니다. 개정 전 법률이 적용되는 사업연도인지 나눕니다.
기한 계산 - 사업연도별 법정신고기한에서 5년을 더해 마감일을 적습니다. 마감이 가까운 연도부터 청구합니다.
자료 준비 - 부담금 신고서와 납부 영수증, 세무조정계산서를 모읍니다. 법인지방소득세 환급도 함께 검토합니다.
경정청구 - 이 판결을 근거로 관할 세무서에 냅니다. 청구일부터 2개월 안에 통지가 오는지 봅니다.
불복 - 거부되면 90일 안에 심판청구나 심사청구, 다시 90일 안에 취소소송을 냅니다. 거부 사유가 개정법 적용인지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업연도가 역년과 다르거나 2024년 말과 2025년 초에 걸친 사업연도라면 부칙과 납부 시기를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

실무상 착안점

장애인 고용부담금은 의무를 지키지 못해 내는 돈이니 비용 처리가 안 된다고 보고 매년 손금불산입하는 회사가 많습니다. 대법원은 개정 전 법률에서는 이 부담금이 제재가 아니므로 손금이라고 정리했습니다. 관행대로 신고한 회사도 기한 안이면 다시 따질 수 있습니다.

문제는 기한입니다. 경정청구는 사업연도별 법정신고기한에서 5년 안에만 되므로, 부담금을 낸 해와 그 부담금을 손금불산입한 사업연도를 정확히 맞춰 적어 두어야 합니다. 부담금 신고서와 납부 영수증, 세무조정계산서의 손금불산입 명세가 그 기록입니다.

경정청구가 거부되면 그 거부 통지가 불복 기간의 출발점이 됩니다. 통지서 수령일을 기록해 90일 안에 심판청구를 하고, 심판 결정 뒤 다시 90일 안에 소송을 냅니다. 2025년 이후 사업연도는 개정 문언 때문에 결론이 달라질 수 있어 따로 분리해 청구 여부를 정해야 합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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