감면·공제

결손으로 고용 세액공제를 이월하면 고용 유지 2년은 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 결손으로 실제 공제가 다음 해로 미뤄져도 고용 유지 2년은 공제 요건을 충족한 과세연도부터 셉니다. 국세청은 사후관리의 '공제를 받은 과세연도'를 세액공제 요건을 충족한 해로 보았습니다. 지금은 처음 공제 요건을 갖춘 해와 이월액부터 표로 정리하십시오.

이월공제를 받았다고 해서 고용 유지 의무 기간이 실제 공제받은 해부터 다시 시작된다고 볼 필요는 없습니다. 기간은 공제 요건을 갖춘 해를 기준으로 셉니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년 3월 치과의원을 개업하고 직원을 새로 뽑아 2024년 귀속 종합소득세 신고 때 통합고용세액공제를 신청했습니다. 개업 초기 장비 투자로 2024년에 결손이 나서 낼 세금이 없었고, 공제액은 다음 해로 이월되었습니다. 2025년 귀속 신고에서 처음으로 실제 공제를 받게 되자, A씨는 직원 수를 유지해야 하는 2년이 2024년 말부터인지 2025년 말부터인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

결손으로 이월된 공제는 사후관리를 언제부터 세나요?

공제 요건을 충족한 과세연도부터 셉니다. 결손으로 실제 공제가 다음 해로 미뤄졌더라도, 사후관리 기간은 인원이 늘어 공제 요건을 갖춘 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지입니다.

고용 세액공제의 사후관리는 최초로 공제를 받은 과세연도와 비교해 그 뒤 2년 동안 전체 상시근로자 수나 청년등 상시근로자 수가 줄었는지를 봅니다. 사례에서는 2024년이 기준 연도가 되어 2026년 귀속 과세연도까지 인원을 유지하면 됩니다. 실제 공제연도인 2025년을 기준으로 보아 2027년까지 늘려 잡을 필요는 없습니다.

이월된 고용 세액공제는 어떻게 공제받나요?

해당 과세연도에 낼 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월해 사업소득에 대한 소득세나 법인세에서 공제합니다. 그 해에 새로 생긴 공제액과 이월액이 겹치면 이월액을 먼저 공제하고, 이월액끼리는 먼저 생긴 것부터 공제합니다.

이월은 공제 요건을 다시 따지는 절차가 아닙니다. 이미 요건을 갖춘 해에 계산된 공제액을 뒤로 넘겨 쓰는 것이므로, 요건 판단과 사후관리의 기준도 처음 요건을 갖춘 해에 묶여 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2017-법령해석소득-0770(2017. 11. 29.)에서, 청년고용증대세액공제 사후관리 조항의 '공제를 받은 과세연도'는 세액공제 요건을 충족한 해당 과세연도를 뜻한다고 회신했습니다. 2016년 3월 개업한 치과의원이 첫해 결손으로 공제액을 이월한 사안이었습니다.

국세청은 실제로 공제받은 해로 기간을 세면 이월한 납세자만 사후관리 부담이 길어져, 이월하지 않은 납세자와 비교해 과세형평에 맞지 않는다고 보았습니다. 이 회신은 폐지된 청년고용증대세액공제에 관한 것이고, 지금의 고용 세액공제 조문은 '최초로 공제를 받은 과세연도'라고 적고 있습니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로 사후관리 기산점이 쟁점이 되면 해당 조문의 최근 해석을 함께 확인해야 합니다.

사후관리 중 인원이 줄면 이월액도 납부하나요?

실제로 공제받지 못하고 이월된 금액은 납부할 금액에서 뺍니다. 2024년이나 2025년에 늘어난 인원에 대한 통합고용세액공제는 종전 규정에 따라 사후관리를 받는데, 종전 규정은 공제받지 못하고 이월된 금액이 있으면 그 금액을 뺀 나머지를 납부하도록 정합니다.

납부할 금액은 감소 시점이 최초 공제연도 다음 1년 안이면 직전 1년 동안 공제받은 세액을, 그 다음 1년이면 직전 2년 동안 공제받은 세액의 합계액을 한도로 계산합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 늘어난 인원에 대해서는 상시근로자 수 감소에 따른 납부 조항을 두지 않습니다.

고용 세액공제 이월·사후관리 대응 순서

• 기준 연도 확정 - 공제 요건을 처음 충족한 과세연도와 그 해 증가 인원, 공제액, 이월액을 표로 정리합니다.
• 사후관리 기간 표시 - 기준 연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지를 달력에 표시하고, 그 기간의 매월 말 인원을 관리합니다.
• 이월액 신고 - 매년 통합고용세액공제 공제세액계산서와 세액공제신청서에 이월액과 사용액을 이어서 적습니다.
• 감소 시 납부액 계산 - 인원이 줄었다면 이월액을 뺀 실제 공제액 기준으로 납부액을 계산하고, 잘못 많이 냈다면 5년 안에 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 바로잡습니다.
• 불복 대비 - 세무서가 실제 공제연도를 기준으로 기간을 늘려 추징하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공제가 여러 해에 걸쳐 겹치면 연도별로 사후관리 기간과 이월액이 달라지므로 신고서와 인원표를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 고용 세액공제 사후관리 추징과 이월공제 다툼에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 고용 세액공제 이월은 몇 년까지 되나요?
  해당 과세연도에 낼 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월해 공제받을 수 있습니다. 개인사업자는 사업소득에 대한 소득세에서만 공제합니다.
• 이월액과 새 공제액이 겹치면 무엇부터 쓰나요?
  이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고, 이월액끼리 겹치면 먼저 발생한 것부터 차례로 공제합니다. 오래된 이월액이 10년을 넘겨 소멸하지 않도록 발생연도별로 따로 관리하는 편이 안전합니다.
• 사후관리 2년은 어떻게 세나요?
  최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지입니다. 2024년이 기준 연도라면 2026년 귀속 과세연도까지 전체 인원과 청년등 인원이 2024년보다 줄지 않아야 합니다.
• 이월만 하고 실제로 공제받지 못했는데 인원이 줄면요?
  2024년·2025년 증가분에 대한 통합고용세액공제는 공제받지 못하고 이월된 금액을 뺀 나머지만 납부하도록 정합니다. 실제로 세액에서 빠진 금액이 없다면 납부할 금액도 그만큼 줄어듭니다.
• 인원이 줄면 납부액 한도는 어떻게 되나요?
  감소 시점이 최초 공제연도 다음 1년 안이면 직전 1년 동안 공제받은 세액을, 그 다음 1년이면 직전 2년 동안 공제받은 세액의 합계액을 한도로 계산합니다. 청년등만 줄었는지에 따라 계산식이 달라집니다.
• 2026년 이후 증가분도 사후관리를 받나요?
  2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 통합고용세액공제가 그 해 증가 인원에 대해 그 해에만 공제하는 구조로 바뀌어 인원 감소에 따른 납부 조항이 없습니다. 정규직 전환·육아휴직 복귀자 공제는 2년 안에 근로관계가 끝나면 납부 규정이 남아 있습니다. 이월공제 자체는 제144조에 따라 계속 할 수 있습니다.
• 기간을 잘못 세어 추징세액을 냈다면요?
  실제 공제연도를 기준으로 기간을 늘려 잡아 추징세액을 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 돌려받기를 청구할 수 있습니다. 기준 연도와 월별 인원표를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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