감면·공제

고용 세액공제 받은 개인사업자가 법인으로 바꾸면 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 전환 전 직원 수를 법인에서 그대로 유지하면 법인전환만으로 고용 세액공제가 추징되지 않습니다. 사후관리에서 법인의 비교 인원은 법인전환 전 사업의 인원으로 이어 보기 때문입니다. 지금은 개인사업 마지막 달과 법인 첫 달의 직원 수가 같은지부터 확인하십시오.

개인사업자 명의가 사라졌다고 해서 그동안 받은 고용 세액공제를 스스로 반납할 필요는 없습니다. 법인전환 자체는 직원이 줄어든 사유가 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 개인사업자로 베이커리를 운영하면서 2024년 직원을 늘려 2024년 귀속 종합소득세 신고 때 통합고용세액공제를 받았습니다. 2025년 9월 같은 베이커리를 법인으로 전환했고, 직원 전원은 법인으로 옮겨 그대로 일하고 있습니다. 거래 세무사가 개인사업자를 폐업했으니 공제받은 세액을 다시 내야 할 수도 있다고 말해 걱정이 된다며 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

법인으로 바꾸면 직원 수가 줄어든 것으로 보나요?

전환 전 인원을 법인에서 그대로 유지하면 줄어든 것으로 보지 않습니다. 해당 과세연도에 법인으로 전환한 경우 직전 과세연도 상시근로자 수는 법인전환 전 사업의 직전 과세연도 인원으로 보므로, 개인사업 시절 인원이 법인 인원과 이어져 비교됩니다.

이 계산 규정은 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제와 종전 통합고용세액공제의 인원 계산에 모두 준용됩니다. 사후관리에서 감소 여부를 따질 때도 같은 기준으로 개인사업 시절 인원과 법인 인원을 이어 봅니다.

다만 전환 과정에서 일부 직원이 법인으로 옮기지 않았거나, 전환 직후 인원을 줄였다면 그만큼은 감소로 계산됩니다. 법인전환이라는 형식이 아니라 실제 매월 말 인원이 기준입니다.

사후관리 기간에는 무엇을 비교하나요?

최초로 공제를 받은 과세연도의 인원과 그 뒤 2년 동안 각 과세연도의 인원을 비교합니다. 이 기간에 전체 상시근로자 수가 줄면 감소한 과세연도부터 공제를 적용하지 않고, 청년등 상시근로자 수가 줄면 청년 추가 공제 부분을 적용하지 않습니다. 이때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부합니다.

2024년이나 2025년에 인원이 늘어 받은 통합고용세액공제는 부칙에 따라 2025. 12. 23. 개정 전 종전 규정으로 이 방식의 사후관리를 받습니다. 종전 규정은 공제받지 못하고 이월된 금액이 있으면 그 금액을 뺀 나머지만 납부하도록 정합니다.

납부할 금액은 감소 시점이 최초 공제연도 다음 1년 안인지, 그 다음 1년인지에 따라 계산식이 다르고, 각각 직전 1년 또는 2년 동안 공제받은 세액을 한도로 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2017-법령해석소득-0458(2017. 10. 20.)에서, 청년 고용증대 세액공제를 받은 개인사업자가 법인으로 전환하더라도 전환 전 청년 정규직 근로자 수 등을 유지하면 그 인원이 감소한 것으로 보지 않는다고 회신했습니다. 사후관리 추징 계산 때 법인전환한 내국인의 직전 과세연도 인원은 전환 전 사업의 인원으로 보는 시행령 규정을 준용한다는 이유였습니다.

당시 회신은 2016년 말 법인전환한 음식점 사안이었고, 이미 폐지된 청년고용증대세액공제에 관한 것입니다. 같은 계산 규정이 지금의 고용 세액공제에도 준용되므로 판단 방식은 이어집니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이라 전환 방식이나 인원 이동 경위가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다. 개인사업자가 받던 2년차·3년차 공제를 전환 법인이 이어서 받을 수 있는지는 별도 쟁점이므로 따로 확인해야 합니다.

2026년 이후 공제분도 사후관리를 받나요?

인원 감소에 따른 사후관리는 받지 않습니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「조세특례제한법」은 상시근로자 수 감소 시 납부하는 조항(종전 제29조의8 제3항)을 삭제하고, 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 어느 한 해보다 늘면 그 증가 인원에 대해 그 과세연도에만 공제하도록 바꾸었습니다. 정규직 전환·육아휴직 복귀자 공제는 2년 안에 근로관계가 끝나면 납부하는 규정이 남아 있습니다.

따라서 법인전환과 사후관리가 함께 문제 되는 것은 2025년까지 늘어난 인원으로 받은 공제입니다. 2025년 귀속 공제라면 2027년 귀속 과세연도까지 인원을 지켜봐야 합니다.

법인전환 후 고용 세액공제 사후관리 대응 순서

• 공제 이력 정리 - 개인사업자로 받은 고용 세액공제의 최초 공제연도, 공제액, 이월액을 표로 정리합니다.
• 전환 전후 인원 대조 - 개인사업 마지막 달과 법인 첫 달의 매월 말 상시근로자, 청년등 인원을 비교합니다. 법인으로 옮기지 않은 직원을 따로 표시합니다.
• 감소 여부 판단 - 사후관리 기간의 각 과세연도 인원을 최초 공제연도와 비교하고, 줄었다면 고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서 기준으로 납부액을 계산합니다.
• 신고 정정 - 이미 추징세액을 잘못 냈다면 법정신고기한 후 5년 안에 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 돌려받기를 청구합니다.
• 불복 대비 - 세무서가 법인전환을 감소로 보아 추징하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 전환 방식과 직원 이동 날짜에 따라 감소 여부가 달라지므로 4대 보험 자격 이력과 전환 계약서를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 고용 세액공제 사후관리 추징에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 개인사업자 폐업도 인원 감소인가요?
  법인전환에 따른 폐업이면 그 자체로 감소로 보지 않습니다. 법인전환한 경우 직전 과세연도 인원은 전환 전 사업의 인원으로 보므로, 같은 직원이 법인에서 일하면 인원은 이어진 것으로 계산됩니다. 법인으로 옮기지 않은 직원만큼은 감소로 잡힙니다.
• 사후관리 기간은 얼마인가요?
  최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지입니다. 이 기간에 전체 상시근로자 수나 청년등 상시근로자 수가 최초 공제연도보다 줄면 감소한 과세연도에 공제받은 세액 상당액을 납부합니다.
• 인원이 줄면 얼마를 내야 하나요?
  감소 시점이 최초 공제연도 다음 1년 안이면 직전 1년 동안 공제받은 세액을, 그 다음 1년이면 직전 2년 동안 공제받은 세액의 합계액을 한도로 계산합니다. 청년등만 줄었는지 전체가 줄었는지에 따라 계산식이 다릅니다.
• 이월된 공제액도 다시 내야 하나요?
  2025년까지 늘어난 인원에 대한 종전 통합고용세액공제는 공제받지 못하고 이월된 금액이 있으면 그 금액을 빼고 납부하도록 정합니다. 실제로 세액에서 공제받은 부분만 납부 대상이 되는 셈입니다.
• 2026년 이후 공제분도 추징되나요?
  2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 인원 감소 시 납부 조항이 삭제되었고, 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 어느 한 해보다 늘면 그 증가 인원에 대해 그 과세연도에만 공제합니다. 다만 정규직 전환·육아휴직 복귀자 공제는 2년 안에 근로관계가 끝나면 납부 규정이 적용됩니다.
• 이미 추징세액을 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  법인전환을 감소로 잘못 보아 추징세액을 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 전환 전후 월별 인원표와 보험 자격 이력을 근거로 붙입니다.
• 세무서가 추징을 고지하면 어떻게 다투나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차이고, 고지 전에 과세예고 통지를 받았다면 과세전적부심사로 먼저 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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