법인세·소득세

국고보조금으로 건물을 대수선하면 보조금에 바로 법인세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 국고보조금을 사업용 건물의 대수선에 직접 썼다면 그 금액만큼 일시상각충당금을 설정해 손금에 산입하고 과세를 뒤로 미룰 수 있습니다. 간접보조사업자에게 다시 내려보낸 금액은 제외되고, 손금산입한 보조금은 건물 감가상각에 맞춰 나누어 익금에 들어옵니다. 보조금 중 직접 집행한 금액과 공사 성격부터 확인하십시오.

보조금을 받은 해에 법인세를 한꺼번에 낼 필요는 없습니다. 대수선 비용을 건물 원가에 더하고 일시상각충당금을 설정하면 보조금 상당액을 건물 감가상각 기간에 나누어 과세받게 됩니다.

이런 상담이 많습니다

지역 산업 지원을 맡은 공기업 E사는 비어 있던 자사 건물 한 동을 중소기업 지원 공간으로 바꾸기로 하고, 2025년 「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 중앙부처에서 대수선 사업비 약 40억원을 받았습니다. 이 가운데 약 6억원은 입주 공간 내장공사를 맡은 간접보조사업자에게 다시 내려보내고, 나머지로 기둥·보 보강과 외벽 교체 공사를 했습니다. 회계팀은 보조금 전액을 그해 수익으로 잡아야 하는지, 건물 공사비와 상계할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국고보조금으로 건물을 대수선해도 손금산입 특례를 받나요?

네, 「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 받은 보조금을 사업에 쓰는 건물의 대수선에 직접 사용했다면 그 금액은 사업용자산의 개량에 쓴 것으로 보아 손금에 산입할 수 있습니다. 간접보조사업자에게 다시 내려보낸 금액은 이 법인이 쓴 것이 아니므로 제외됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 국고보조금등을 받아 사업용자산을 취득하거나 개량하는 데 쓰면 그 상당액을 손금에 산입할 수 있다고 정합니다. 시행령은 사업용자산을 사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류로 정하므로, 사업에 쓰는 건물은 여기에 들어갑니다.

대수선은 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선·변경하거나 증설하는 것으로서 증축·개축·재축이 아닌 것을 말합니다. 건물의 가치를 높이는 자본적 지출이므로 개량에 해당합니다.

국세청은 대수선에 쓴 보조금을 어떻게 해석했나요?

국세청은 공기업이 정부 시책사업을 위해 건물 대수선 목적으로 받은 국고보조금을 사업용 건물의 대수선에 직접 사용한 금액(간접보조사업자에게 재교부한 금액 제외)은 손금에 산입할 수 있다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0470, 2016. 4. 19.).

당시 시행령은 사업용자산을 사업용 고정자산으로만 적고 있어 건물이 포함되는지 불분명했습니다. 국세청은 다른 세법 규정과 기존 해석을 들어 사업에 직접 쓰는 건축물은 사업용 고정자산에 해당하고, 대수선은 건축물의 개량에 해당한다고 보았습니다. 그 뒤 2019. 2. 12. 시행령이 사업용 유형자산 및 무형자산으로 바뀌면서 이 결론은 조문에서 더 분명해졌습니다. 회신은 질의 사실관계를 전제로 하므로, 공사가 대수선이 아닌 단순 보수라면 결론이 달라질 수 있습니다.

손금산입한 보조금은 나중에 어떻게 과세되나요?

건물은 감가상각자산이므로 보조금 상당액을 일시상각충당금으로 계상하고, 이후 대수선 부분의 감가상각비와 상계하면서 익금에 들어옵니다. 건물을 처분하면 상계하고 남은 충당금 잔액이 처분한 사업연도에 한꺼번에 익금이 됩니다.

• 보조금 수령 연도 - 대수선 비용을 건물 원가에 더하고, 직접 사용한 보조금만큼 일시상각충당금 설정
• 감가상각 연도 - 대수선 부분의 감가상각비와 충당금을 상계해 같은 금액만큼 익금 발생
• 처분 연도 - 남은 충당금 전액을 익금에 산입, 일부 처분이면 비율로 안분

공사비를 건물 원가에 넣지 않고 수선비로 비용 처리하면 일시상각충당금을 설정할 대상 자산이 없게 됩니다. 수선비가 개별 자산별로 600만원 미만이거나 직전 장부가액의 100분의 5에 못 미치는 소규모 수선이라면 특례 대상인지 따로 따져야 합니다.

국고보조금 대수선 손금산입 대응 순서

• 보조금 사용 내역 정리 - 교부결정서와 정산 자료로 직접 집행액과 간접보조사업자 재교부액을 나눕니다. 재교부액은 손금산입 대상에서 뺍니다.
• 공사 성격 확인 - 설계도서와 공사 내역서로 대수선·증축·단순 보수 중 무엇인지 확인합니다. 대수선과 증축은 개량으로 보아 건물 원가에 더합니다.
• 사용 기한 점검 - 보조금을 받은 사업연도 말까지 쓰지 못했다면 다음 사업연도 개시일부터 1년 안에 쓰도록 공정을 맞춥니다. 허가 지연 같은 사유가 있으면 기한이 늘어날 수 있습니다.
• 신고서 제출 - 법인세 신고 때 국고보조금등 상당액 손금산입조정명세서를 내고, 다음 연도에 쓸 금액은 국고보조금등 사용계획서를 함께 냅니다.
• 사후 시정 - 손금산입을 빠뜨렸거나 세무서가 특례를 부인하면 경정청구나 과세전적부심사·심판청구로 다툽니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공사가 대수선에 해당하는지와 보조금 중 이 법인이 직접 집행한 금액이 얼마인지는 교부결정서와 공사 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보조금 관련 분쟁과 법인세 경정청구·불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 국고보조금은 원래 법인세 대상인가요?
  네, 국고보조금은 법인의 순자산을 늘리는 수입이라 원칙적으로 받은 사업연도의 익금입니다. 사업용자산을 취득하거나 개량하는 데 쓴 금액만 특례로 손금에 산입해 과세를 뒤로 미룰 수 있습니다.
• 간접보조사업자에게 넘긴 보조금도 손금인가요?
  간접보조사업자에게 다시 교부한 금액은 이 법인이 사업용자산의 취득이나 개량에 직접 쓴 것이 아니므로 손금산입 특례 대상이 아닙니다. 정산 자료에서 재교부액을 따로 떼어 계산합니다.
• 보조금을 그해에 다 못 쓰면 어떻게 되나요?
  다음 사업연도 개시일부터 1년 안에 쓸 계획이면 사용계획서를 내고 미리 손금에 산입할 수 있습니다. 그 기한 안에 쓰지 않거나 쓰기 전에 폐업·해산하면 쓰지 않은 금액은 익금에 산입됩니다.
• 공사 허가가 늦어져 기한을 넘기면요?
  공사 허가·인가 지연, 공사 장소 미확정, 용지 보상 소송 같은 사유로 기한 안에 쓰지 못하면 그 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도 종료일이 사용 기한이 됩니다. 지연 사유를 보여 주는 문서를 보관합니다.
• 토지를 사는 데 쓴 보조금은 어떻게 처리하나요?
  토지처럼 감가상각하지 않는 자산은 일시상각충당금이 아니라 압축기장충당금으로 계상합니다. 압축기장충당금은 그 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금에 산입되므로 처분 시점의 세 부담을 미리 계산해 둡니다.
• 건물 일부만 팔면 충당금은 어떻게 되나요?
  사업용자산의 일부를 처분하면 그 자산 가액 중 일시상각충당금이 차지하는 비율로 안분한 금액을 처분한 사업연도에 익금에 산입합니다. 남은 부분의 충당금은 계속 감가상각비와 상계합니다.
• 손금산입 신청은 어떤 서류로 하나요?
  법인세 과세표준 신고 때 국고보조금등 상당액 손금산입조정명세서를 함께 냅니다. 다음 사업연도에 쓸 보조금을 미리 손금에 넣으려면 국고보조금등 사용계획서도 함께 제출해야 특례가 적용됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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