법인세·소득세

적격합병 뒤 지배주주가 받은 합병법인 주식을 자녀에게 증여해도 처분인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 피합병법인 지배주주가 합병으로 받은 합병법인 주식을 합병등기일 당시 주주가 아니었던 자녀에게 증여하면 적격합병 사후관리에서 말하는 주식 처분에 해당한다는 것이 국세청 회신입니다. 처분에는 소각뿐 아니라 유상양도와 무상증여가 모두 들어가고, 자녀는 합병등기일 현재 주식이 없어 지배주주들끼리 서로 처분한 경우로도 보지 않습니다. 지금은 지배주주들이 받은 전체 주식 가운데 처분한 비율이 2분의 1에 이르는지부터 계산하십시오.

지배주주 한 사람이 주식 일부를 증여했다고 곧바로 과세특례가 끊긴다고 볼 필요는 없습니다. 지배주주들이 받은 전체 주식 가운데 처분한 비율이 2분의 1 미만이면 부득이한 사유로 보아 사후관리 위반이 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2024년 7월 계열사 B법인을 적격합병했습니다. B법인 지배주주였던 C씨는 합병으로 A법인 주식을 받았는데, 2025년 9월 그 가운데 5만 주를 아들에게 증여했습니다. 아들은 합병 당시 A법인과 B법인 어느 쪽 주식도 없었습니다. A법인 재무팀은 이 증여가 사후관리 위반이 되어 합병 때 미뤄 둔 세금을 내야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

적격합병 사후관리에서 주식 처분은 무엇을 말하나요?

피합병법인 주주가 합병법인에서 받은 주식의 소유자가 바뀌면 처분에 해당하므로 소각뿐 아니라 유상양도와 무상증여도 모두 들어갑니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 사후관리 기간 안에 피합병법인 주주등이 합병법인에서 받은 주식등을 처분하면 과세특례를 중단하도록 정합니다.

이 규정은 합병 시점에만 형식적으로 주주 구성을 맞춰 과세를 미루고 곧바로 지분을 넘기는 것을 막기 위한 것입니다. 증여로 주주가 바뀌면 주주의 동질성이 사라진다는 점에서 매각과 다르지 않습니다.

어떤 주주의 처분을 따지나요?

사후관리 대상 주주는 피합병법인의 지배주주등이고, 4촌인 혈족과 합병등기일 현재 지분비율 100분의 1 미만이면서 지분가액 10억원 미만인 사람은 빠집니다. 대상 여부는 합병등기일을 기준으로 판단합니다.

대상 주주들끼리 합병으로 받은 주식을 서로 주고받는 것은 처분으로 보지 않습니다. 그러나 합병등기일 현재 피합병법인 주식이 한 주도 없던 자녀는 대상 주주가 아니므로, 지배주주가 그 자녀에게 증여하면 서로 간 처분이 아닌 일반 처분이 됩니다.

일부만 증여하면 과세특례가 바로 끊기나요?

아니요, 대상 주주들이 합병으로 받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우는 부득이한 사유로 보아 사후관리 위반으로 보지 않습니다. 판단은 개별 주주가 아니라 대상 주주 전체를 기준으로 하므로, 한 사람이 자기 몫을 모두 넘겼어도 전체의 절반에 못 미치면 이 요건에 걸리지 않습니다.

2분의 1 이상이 되면 합병법인은 자산조정계정 잔액과 승계받아 공제한 결손금 등을 익금에 넣고, 승계받아 공제한 감면·세액공제 상당액도 납부해야 합니다. 그래서 사후관리 기간 중 증여나 매각 계획은 합병법인과 미리 공유해 비율을 관리해야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 피합병법인 주주등이 합병법인에서 받은 주식을 합병등기일 현재 피합병법인 주주가 아닌 특수관계인에게 증여하는 경우 사후관리 규정의 주식 처분에 해당하고, 해당 주주등이 서로 간에 처분하는 것에는 해당하지 않는다고 회신했습니다(사전-2016-법령해석법인-0124, 2016. 5. 16.). 처분에는 소각 등 실질 감소뿐 아니라 유상양도와 무상증여가 모두 포함되고, 대상 주주는 합병등기일 기준으로 정한다고 보았습니다.

회신 뒤 사후관리 기간은 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정리되어 있고, 대상 주주와 2분의 1 기준의 구조도 같습니다. 회신은 자녀가 합병 당시 주주가 아니었던 사실관계를 전제로 하므로, 자녀가 이미 대상 주주였다면 결론이 달라집니다.

적격합병 사후관리 주식 처분 대응 순서

• 대상 주주 명단 작성 - 합병등기일 기준 지배주주등을 확정하고 4촌 혈족·소액 주주를 뺍니다.
• 처분 비율 관리 - 사후관리 기간 동안 대상 주주의 양도·증여를 모아 전체 교부 주식 대비 비율을 계산합니다.
• 사전 협의 - 증여·매각 전에 대상 주주끼리의 이전으로 바꿀 수 있는지, 시기를 기간 뒤로 미룰 수 있는지 검토합니다.
• 신고 - 위반 사유가 생기면 그 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서에 자산조정계정명세서 잔액을 익금으로 반영합니다.
• 다툼 대비 - 처분 비율 계산이 다르다며 과세되면 과세전적부심사 또는 고지 뒤 90일 안 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처분 비율을 계산할 때 합병법인이 선택하는 주식 처분 순서가 문제 되거나 상속이 끼어 있으면 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병 관련 법인세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대상 주주끼리 주식을 주고받으면 처분인가요?
  아니요, 사후관리 대상 주주들이 합병으로 받은 주식을 서로 간에 처분하는 것은 처분으로 보지 않습니다. 예를 들어 합병등기일 현재 함께 지배주주등이던 부모와 자녀 사이의 이전이라면 처분 비율 계산에서 빠집니다.
• 주주가 사망해 상속되면 위반인가요?
  대상 주주가 사망하거나 파산해 주식이 처분된 경우는 부득이한 사유로 보아 사후관리 위반으로 보지 않습니다. 상속인이 받은 주식을 사후관리 기간 안에 다시 처분할 때는 별도로 따져야 합니다.
• 사후관리 기간은 언제부터 언제까지인가요?
  합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년입니다. 근로자 수 유지 요건은 3년입니다. 12월 말 법인이 2024년 7월 합병했다면 주식 처분은 2025. 1. 1.부터 2026. 12. 31.까지가 점검 기간입니다.
• 사후관리를 위반하면 어떤 세금이 생기나요?
  합병법인은 자산조정계정 잔액의 총합계액과 승계받아 공제한 결손금을 익금에 넣고, 승계받아 공제한 감면·세액공제 상당액을 법인세에 더해 냅니다. 이후 합병매수차손익도 남은 기간 동안 나눠 처리합니다.
• 소액 지배주주의 처분도 계산에 넣나요?
  합병등기일 현재 피합병법인 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 지분가액이 10억원 미만인 사람은 대상 주주에서 빠지므로 그 처분은 계산하지 않습니다. 4촌인 혈족도 제외됩니다.
• 자녀에게 준 주식에 증여세도 따로 나오나요?
  네, 법인세 사후관리와 별개로 자녀가 받은 주식에는 증여세가 과세됩니다. 상장 여부에 따라 평가 방법이 다르므로 증여 전에 법인세 사후관리 영향과 증여세를 함께 계산해 보는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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