불복·환급
세무서가 국세청 기본통칙을 근거로 과세하면 그 통칙에 법원도 따라야 하나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신
아니요, 국세청 기본통칙은 과세관청 내부에 세법의 해석·집행기준을 알린 행정규칙이어서 법원이나 국민을 구속하는 법규가 아닙니다. 대법원은 기본통칙이 법원과 국민을 기속하지 않는다고 하면서도, 법원이 세법을 해석할 때 하나의 자료로 쓸 수는 있다고 판단했습니다. 지금은 과세 근거로 든 것이 법률·시행령 조문인지, 통칙·예규인지부터 고지서와 조사결과통지서에서 구분해 두십시오.
세무조사에서 조사관이 기본통칙이나 예규 번호를 대며 과세를 예고하면, 그 번호와 함께 근거가 되는 법률·시행령 조문이 무엇인지 서면으로 물어 두십시오. 통칙만 있고 법령 근거가 약하면 다툴 여지가 생깁니다.
통칙에 적힌 내용이라 이길 수 없다고 불복을 포기할 필요는 없습니다. 법원은 통칙이 아니라 세법 조문을 기준으로 판단합니다.
이런 상담이 많습니다
A씨는 2025년 상속세 신고를 하면서 일부 재산을 높게 평가해 신고했는데, 다른 재산은 낮게 신고된 것으로 드러났습니다. 세무서는 2026년 기본통칙에 따라 높게 신고한 금액은 신고한 과세표준으로 보지 않는다며 신고불성실가산세를 더 부과했습니다. A씨는 통칙이 법과 같은 효력이 있는지, 이를 다툴 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
국세청 기본통칙은 법인가요?
아니요, 법이 아닙니다. 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결은 국세청의 기본통칙이 과세관청 내부에서 세법의 해석기준과 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 했습니다. 국민의 권리의무를 정하는 것은 법률과 그 위임을 받은 시행령·시행규칙입니다.
| 규범 | 만드는 곳 | 법원·국민 구속 |
|---|---|---|
| 법률 | 국회 | 구속 |
| 시행령·시행규칙 | 정부·부처 | 위임 범위에서 구속 |
| 기본통칙·예규 | 국세청 | 구속 안 함(해석 자료) |
- 법률
- 만드는 곳: 국회
- 법원·국민 구속: 구속
- 시행령·시행규칙
- 만드는 곳: 정부·부처
- 법원·국민 구속: 위임 범위에서 구속
- 기본통칙·예규
- 만드는 곳: 국세청
- 법원·국민 구속: 구속 안 함(해석 자료)
출처 - 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결, 대법원 1994. 12. 22. 선고 94누11347 판결
2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」 제18조 제1항은 세법을 해석·적용할 때 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하라고 정합니다. 법원은 이 기준에 따라 세법 조문 자체를 해석하고, 통칙과 다른 결론을 낼 수 있습니다.
법원은 통칙을 전혀 보지 않나요?
아니요, 하나의 자료로는 봅니다. 대법원 1994. 12. 22. 선고 94누11347 판결는 기본통칙이 행정규칙에 불과하므로 법원이 세법을 해석할 때 이를 하나의 자료로 사용할 수 있고, 통칙이 제정되기 전의 사안에 통칙 규정을 참작했다고 해서 잘못이라고 할 수 없다고 했습니다. 통칙이 세법 조문을 그대로 풀어 쓴 것이라면 결과적으로 같은 결론이 나올 수 있다는 뜻입니다.
사례에서 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결은 실제로 통칙과 반대 결론을 냈습니다. 상속세는 유산 전체에 과세하는 구조이므로, 과소신고액을 한도로 과다신고한 부분도 신고한 과세표준에 포함해 가산세를 계산해야 한다고 보아 통칙에 따른 과세를 받아들이지 않았습니다.
통칙대로 처리했는데 과세되면 어떻게 하나요?
세법 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 뒤에는 그에 따른 행위를 정당한 것으로 보고 새 해석으로 소급해 과세하지 않는다는 원칙이 있습니다. 납세자가 통칙이나 예규를 믿고 처리했는데 뒤늦게 다른 해석으로 과세했다면 이 원칙을 주장할 수 있습니다. 다만 그 해석이 일반적으로 받아들여졌다는 사정은 납세자가 보여야 합니다.
- 1
근거 확인
법령 조문인지 통칙인지 구분
- 2
해석 검토
조문 자체의 해석 가능성 확인
- 3
불복 제기
통지일부터 90일 안에 전심 청구
- 4
행정소송
법원의 조문 해석을 받음
기본통칙 근거 과세 대응 순서
- 근거 구분 - 고지서와 조사결과통지서에서 법률·시행령 조문과 통칙·예규를 나눕니다. 통칙만 근거면 다툼 여지가 큽니다.
- 조문 해석 검토 - 통칙이 풀어 쓴 법령 조문을 직접 읽고 통칙과 다른 해석이 가능한지 봅니다. 판례와 심판례를 함께 찾습니다.
- 신뢰 자료 확보 - 통칙이나 예규를 믿고 처리했다면 당시 해석 자료를 모읍니다. 소급과세 금지 주장의 근거입니다.
- 불복 제기 - 처분 통지일부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 냅니다. 위법 또는 부당한 처분은 취소·변경을 청구할 수 있습니다.
- 소송 준비 - 전심 결정 뒤 행정소송에서 법원의 조문 해석을 받습니다. 법원은 통칙에 구속되지 않습니다.
여기까지는 일반 기준이고, 통칙 내용이 시행령 개정으로 법령에 옮겨졌거나 사전답변 같은 개별 회신을 받은 경우라면 해당 문서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 상속세·증여세 등 국세 부과처분의 심판청구와 취소소송을 수행합니다.
실무상 착안점
세무조사 현장에서 조사관이 통칙이나 예규 번호를 대면 납세자는 법 조문을 들은 것처럼 받아들입니다. 대법원은 통칙이 과세관청 내부 기준일 뿐 법원과 국민을 구속하지 않는다고 봅니다. 통칙과 반대되는 판결이 나온 예도 적지 않습니다.
그래서 조사 단계에서 과세 근거를 문서로 받아 두는 것이 중요합니다. 조사결과통지서나 과세예고통지서에 적힌 근거가 법률 조문인지, 통칙·예규인지, 조사관이 구두로 설명한 해석인지를 날짜와 함께 기록해야 합니다. 반대로 납세자가 통칙이나 국세청 회신을 믿고 처리했다면 그 문서의 사본을 신고 당시 기준으로 보관해 두어야 합니다.
이 기록은 과세전적부심사와 심판청구, 소송에서 두 방향으로 쓰입니다. 통칙이 과세 근거라면 법령 해석으로 뒤집을 여지를 찾는 자료가 되고, 통칙이 납세자에게 유리했다면 소급과세 금지와 신뢰보호를 주장하는 근거가 됩니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 상속세·증여세 등 국세 부과처분의 심판청구와 취소소송을 수행해 왔으며, 과세 근거를 법령과 통칙·예규로 나누어 확인한 뒤 조문 해석과 신뢰보호 주장을 함께 검토하는 방식으로 대응합니다.
- 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서
- 과세처분 고지 후 조세불복 병행
- 상속세 세무조사 대응(세무서 조사과)
- 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
건수·결과·사건번호는 표기하지 않습니다.
이 상황에서 자주 묻는 것
납세고지서·세무조사 결과통지서·과세 근거로 든 통칙이나 예규·신고서 사본을 준비해 주시면, 법령상 과세 근거 유무·통칙과 다른 해석 가능성·소급과세 금지 주장 여부를 변호사가 함께 검토해 드립니다.
질문을 정리하는 과정은 상담 범위를 미리 정하거나 제한하지 않습니다. 자료 제출과 유료 상담은 선택이고, 정보만 확인하고 끝내셔도 됩니다. 온라인 상담은 55,000원부터입니다.
비슷한 상황
출처
- 대법원 1994. 12. 22. 선고 94누11347 판결
- 국세기본법 제18조 제1항
- 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결
- 국세기본법 제18조 제3항
- 국세기본법 제55조 제1항
2026.09.30 기준으로 조문을 확인했습니다.
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