세금

세금이 생긴 뒤에 주식을 사서 과점주주가 됐어도 제2차 납세의무를 지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 회사 세금이 성립한 뒤에 과점주주가 됐다면 그 세금에 대해서는 제2차 납세의무를 지지 않습니다. 과점주주인지는 납세의무 성립일 현재를 기준으로 판단하기 때문입니다. 고지일이나 체납일이 기준이 아닙니다. 다만 과점주주가 된 뒤에 성립한 세금에는 책임을 질 수 있으므로 세목별 성립일을 나누어 보아야 합니다.

아니요, 회사 세금이 성립한 뒤에 과점주주가 됐다면 그 세금에 대해서는 제2차 납세의무를 지지 않습니다. 과점주주인지는 납세의무 성립일 현재를 기준으로 판단하기 때문입니다. 고지일이나 체납일이 기준이 아닙니다. 다만 과점주주가 된 뒤에 성립한 세금에는 책임을 질 수 있으므로 세목별 성립일을 나누어 보아야 합니다.

과점주주 여부는 언제를 기준으로 판단하나요?

회사 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주였는지로 판단합니다. 국세기본법 제39조는 「그 국세의 납세의무 성립일 현재」 과점주주 등에 해당하는 자가 제2차 납세의무를 진다고 정합니다. 세무서가 고지한 날이나 회사가 체납한 날이 기준이 아닙니다.

대법원도 같은 기준을 확인했습니다. 대법원 2025. 9. 25. 선고 2025두33121 판결은 과점주주인지의 판단 시점이 본래 납세의무자의 납세의무 성립일이라고 했습니다. 이 판결은 과점주주 제2차 납세의무가 주주 유한책임의 중대한 예외이므로 요건을 엄격하게 해석해야 한다고도 밝혔습니다.

그래서 같은 사람이라도 세금마다 결론이 다를 수 있습니다. 회사의 2024 사업연도 법인세는 2024. 12. 31.에 성립합니다. 2025. 3. 1.에 주식을 사서 과점주주가 됐다면 2024 사업연도 법인세에 대해서는 제2차 납세의무가 없습니다. 반면 2025 사업연도 법인세는 과점주주가 된 뒤에 성립하므로 책임질 수 있습니다.

같은 판결은 주주가 법인인 사안이었습니다. 체납법인 지분 전부를 가진 모회사가 성립일 당시 회생절차 중이었습니다. 대법원은 회생절차 동안 주주권이 관리인에게 전속하므로 과점주주 지위에 있지 않다고 봤습니다. 나중에 회생절차가 폐지돼도 소급해 과점주주가 되지 않는다고 했습니다. 성립일의 지분율뿐 아니라 그날 주주권을 실제로 행사할 수 있었는지도 확인해야 하는 이유입니다.

세목마다 성립일은 어떻게 다른가요?

성립일은 세목마다 다르게 정해져 있습니다. 법인세와 부가가치세는 과세기간이 끝나는 때 성립합니다. 원천징수하는 소득세와 법인세는 소득금액을 지급하는 때 성립합니다. 예정신고기간의 부가가치세는 그 예정신고기간이 끝나는 때입니다.

가산세는 따로 봐야 합니다. 국세기본법 제21조 제2항 제11호 단서가 특례를 둡니다. 납부지연가산세 일부는 제39조를 적용할 때 법정납부기한이 지나는 때 성립한 것으로 봅니다. 본세와 가산세의 성립일이 달라지면 본세는 책임이 없는데 일부 가산세만 책임지는 경우도 생길 수 있습니다.

인수 직후 세무조사로 과거 사업연도 세금이 나오는 경우가 흔합니다. 이 세금들은 인수 전에 이미 성립한 것이므로 새 과점주주가 책임질 대상이 아닙니다. 세무서의 제2차 납세의무 고지서에 적힌 세목과 과세기간을 성립일 순서로 정리해 두십시오.

성립일 뒤에 주식을 팔았다면 책임을 벗나요?

아니요, 성립일 현재 과점주주였다면 그 뒤에 주식을 팔았어도 그 세금에 대한 제2차 납세의무는 남습니다. 판단 기준일이 성립일이기 때문입니다. 지분을 정리하고 회사에서 나온 뒤 몇 년이 지나 고지를 받는 경우가 여기에 해당합니다.

그래서 회사를 넘기는 쪽도 성립일 기준으로 위험을 따져야 합니다. 매도 직전 사업연도의 법인세나 부가가치세에 대한 체납 위험은 매도인에게 남습니다. 주식양수도계약에 세금 부담 조항과 배상 조항을 넣어 두는 이유입니다.

반대로 인수하는 쪽은 인수일 이후 성립하는 세금만 책임집니다. 다만 인수 뒤 회사가 계속 체납하면 그때부터는 새 과점주주의 책임이 됩니다. 인수 시점에 이미 회사 재산이 부족하다면 이후 세금도 체납될 가능성이 크므로 실사가 필요합니다.

주주명부 날짜와 실제 취득일이 다르면요?

과세관청은 보통 주주명부, 주식등변동상황명세서, 법인등기부 같은 자료로 주식 소유를 증명합니다. 이런 자료로 성립일 현재 주주로 보이면 주주가 아니라는 사정은 그 명의자가 증명해야 한다는 것이 대법원의 태도입니다. 대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결이 이렇게 봤습니다.

그래서 실제 주식 취득일이 성립일보다 늦다면 그것을 보여 줄 자료가 필요합니다. 주식양수도계약서, 대금 이체 기록, 명의개서 청구 기록이 대표적입니다. 신고서상 변동일만 늦게 적혀 있고 실제 거래는 먼저 이뤄졌다면 반대로 불리할 수 있습니다.

명의개서가 늦어진 경우도 따져야 합니다. 계약과 대금 지급은 성립일 뒤에 했는데 주주명부 기재가 앞당겨져 있다면 그 경위를 설명할 수 있어야 합니다. 날짜 하나로 수억 원의 책임이 갈릴 수 있습니다. 세무서가 어떤 자료를 근거로 취득일을 잡았는지 정보공개청구나 불복 절차에서 확인하는 것도 방법입니다.

과점주주 판정 시점 대응 순서

• 고지 내역 정리 - 고지된 세목과 과세기간을 확인하고 각각의 성립일을 적습니다.
• 취득일 확인 - 주식양수도계약서, 대금 이체, 명의개서 기록으로 실제 취득일을 정합니다.
• 대조표 작성 - 성립일과 취득일·양도일을 한 표에 놓고 과점주주였던 기간을 확인합니다.
• 가산세 분리 - 본세와 가산세의 성립일이 다른지 따로 확인합니다.
• 불복 제기 - 성립일에 과점주주가 아니었던 세금은 90일 안에 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세목별 성립일과 주식의 실제 취득·양도 시점에 따라 제2차 납세의무 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 과점주주 제2차 납세의무 지정의 적법성 검토와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법인세 중간예납분은 언제 성립한 것으로 보나요?
  중간예납하는 법인세는 중간예납기간이 끝나는 때 성립합니다. 사업연도 중간에 주식을 샀다면 중간예납분과 확정분의 성립일이 달라 결론이 갈릴 수 있습니다.
• 회사가 원천징수를 안 한 세금은 성립일이 언제인가요?
  원천징수하는 소득세와 법인세는 소득금액이나 수입금액을 지급하는 때 성립합니다. 그래서 급여나 배당을 실제로 지급한 날을 기준으로 과점주주였는지를 보십시오.
• 상장회사 주식도 과점주주 제2차 납세의무가 생기나요?
  아니요, 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 법인은 대상에서 제외됩니다. 코넥스시장 상장법인은 시행령이 정한 증권시장에 들지 않으므로 제2차 납세의무 대상이 될 수 있습니다.
• 성립일 당시 주주였지만 경영에 관여하지 않았다면요?
  현행 조문은 과점주주의 요건으로 경영에 대한 지배적 영향력을 함께 요구합니다. 경영 관여 정도는 사실관계로 다투어지므로 이사회 기록과 업무 관여 자료를 확인하십시오.
• 회생절차 중인 회사가 자회사의 과점주주였다면요?
  대법원은 회생절차가 진행되는 동안의 채무자는 원칙적으로 과점주주 지위에 있지 않다고 봤습니다. 성립일 당시 회생절차가 진행 중이었는지를 확인하십시오.
• 제2차 납세의무를 낸 뒤 회사에 돌려받을 수 있나요?
  회사의 세금을 대신 낸 것이므로 회사에 구상할 수 있다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 다만 회사 재산이 부족한 상태라 실제 회수는 어려운 경우가 많습니다.

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