감면·공제

수도권과밀억제권역 공장에 기계를 들이면 통합투자세액공제를 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

서울과 인천·경기 일부의 수도권과밀억제권역이라도 기존 설비를 바꾸는 대체투자는 대부분 통합투자세액공제를 받고, 빠지는 것은 증설투자입니다. 공장은 연면적이 늘어야 증설이고 공장 아닌 사업장은 기계 수량만 늘어도 증설입니다. 산업단지·공업지역 안의 증설과 연구·에너지 절약 자산은 예외입니다.

서울과 인천·경기 일부의 수도권과밀억제권역에 사업장을 둔 회사라도 통합투자세액공제를 전부 못 받는 것은 아닙니다. 기존 설비를 바꾸는 대체투자는 대부분 공제되고, 공제가 빠지는 것은 사업장을 넓히는 증설투자입니다. 다만 무엇이 증설인지는 공장인지 아닌지에 따라 기준이 다르고, 산업단지·공업지역 여부와 회사가 언제 그 지역에 들어왔는지에 따라 결론이 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

정밀부품을 만드는 중소기업 E법인은 2008년부터 수도권과밀억제권역에 있는 경기도의 한 도시에서 공장을 운영해 왔습니다. 2025년에 공장 옆 창고를 생산동으로 증축하고 기계 10억원어치를 새로 들였습니다. 2026. 3. 법인세 신고 때 중소기업 공제율 10%로 통합투자세액공제 1억원을 받았는데, 2026. 9. 세무조사 사전통지를 받았습니다. E법인 대표는 과밀억제권역이라는 이유로 공제가 모두 부인될 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과밀억제권역에서는 어떤 투자가 공제에서 빠지나요?

회사가 언제부터 과밀억제권역에 있었는지와 중소기업인지에 따라 나뉩니다.

• 1989년 이전부터 계속 사업한 회사 - 중소기업 여부와 관계없이 증설투자만 공제에서 빠집니다.
• 1990년 이후 들어온 중소기업 - 증설투자만 빠지고 대체투자는 공제됩니다.
• 1990년 이후 들어온 중소기업 아닌 회사 - 증설이든 대체든 그 사업장 투자는 원칙적으로 공제되지 않습니다.

E법인은 1990년 이후 들어온 중소기업이므로 이번 투자가 증설투자인지가 결론을 가릅니다. 여기서 「과밀억제권역 사업장에서 사용하기 위하여 취득」했는지를 보므로, 자산을 지방 창고에 두었는지보다 그 자산을 실제로 쓰는 사업장이 어디인지가 기준이 됩니다.

기계만 바꾸면 증설투자가 아닌가요?

증설투자의 기준은 사업장 종류에 따라 다릅니다.

• 공장 - 사업용 고정자산을 새로 설치하면서 공장의 연면적이 늘어나는 투자
• 공장이 아닌 사업장 - 사업용 고정자산의 수량이 늘거나 사업장 연면적이 늘어나는 투자

공장은 연면적이 기준이므로 같은 건물 안에서 낡은 기계를 바꾸거나 기계를 더 들여도 연면적이 그대로면 증설투자가 아닙니다. 연면적에는 식당, 휴게실, 기숙사, 의료실 같은 후생복지시설과 교육시설 면적이 들어가지 않습니다. 반면 물류센터나 서비스업 사업장처럼 공장이 아닌 곳은 기계 대수만 늘어도 증설투자가 됩니다.

E법인은 창고를 생산동으로 바꾸면서 공장 연면적이 늘었으므로 원칙적으로 증설투자에 해당합니다. 다만 창고가 증축 전부터 공장 부지 안 건축물로 연면적에 들어가 있었다면 연면적 증가가 없었다고 다툴 여지가 있어, 건축물대장과 공장등록 내역을 먼저 확인해야 합니다. 증축분 가운데 직원 식당이나 휴게실로 쓰는 면적이 있다면 그 부분은 연면적 증가에서 빼고 계산합니다. 또 10억원어치 기계 가운데 기존 생산동의 낡은 기계를 바꾼 분량이 있다면, 그 부분은 연면적과 관계없는 대체투자로 따로 공제를 주장할 수 있습니다.

산업단지나 공업지역이면 공제받을 수 있나요?

1989년 이전부터 있던 회사와 1990년 이후 들어온 중소기업은 과밀억제권역 안이라도 산업단지나 국토계획법상 공업지역, 산업시설용 지구단위계획구역에서 한 증설투자는 공제받을 수 있습니다. E법인 공장이 공업지역에 있다면 증설투자라도 공제가 유지됩니다. 용도지역은 토지이용계획확인서로 바로 확인할 수 있고, 투자 당시 기준으로 따져야 하므로 그 사이 용도지역이 바뀌었다면 변경 시점도 함께 봅니다.

지역과 관계없이 공제되는 자산도 있습니다. 연구·시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전, 근로자복지 증진용 자산, 디지털방송 장비, 교환·전송·선로·정보처리 같은 전기통신설비, 의약품 품질관리 개선시설 등입니다. 이 자산은 중소기업 아닌 회사가 1990년 이후 들어온 경우에도 공제됩니다.

사업장이 여러 곳이면 어디를 기준으로 보나요?

자산을 실제로 사용하는 사업장이 기준입니다. 수원지방법원 2018. 11. 15. 선고 2018구합66266 판결은 구 임시투자세액공제 사안에서 건설기계 대여업체가 타워크레인을 지방 주기장에 보관했다고 주장한 사안에서, 매출과 임원·인사·회계 업무가 서울 사업장에 모여 있으므로 사업장은 서울이라고 보고 공제 배제가 맞다고 했습니다.

공제가 부인되면 공제받은 세액을 내고, 일반 과소신고라면 10%의 과소신고가산세와 하루 10만분의 22의 납부지연가산세가 더해집니다. E법인처럼 1억원을 공제받았다면 가산세만 1,000만원이 넘을 수 있으므로, 조사 전에 사실관계를 정리해 두어야 합니다. 이미 세무조사 사전통지를 받았다면 그 뒤의 수정신고로는 과소신고가산세 감면을 받지 못하므로, 지금 단계에서는 수정신고보다 증설이 아니라는 자료와 예외 자산 분류를 준비하는 데 힘을 쏟는 편이 낫습니다. 공제 일부만 부인될 것으로 보이면 그 범위를 좁히는 소명이 실익이 큽니다.

과밀억제권역 투자세액공제 대응 순서

• 입지 확인 - 사업장이 과밀억제권역인지, 산업단지·공업지역인지 토지이용계획확인서로 확인합니다.
• 진입 시기 확인 - 1989년 이전부터 있었는지, 1990년 이후 새로 설치·이전했는지 법인 등기와 사업자등록으로 정리합니다.
• 증설 여부 판단 - 공장이면 투자 전후 연면적을, 공장이 아니면 자산 수량을 비교합니다.
• 예외 자산 분리 - 연구·에너지 절약·근로자복지용 자산 등은 따로 떼어 공제를 유지합니다.
• 조사 대응과 불복 - 부인 의견이 나오면 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후에는 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업장 입지와 진입 시기, 투자 전후 연면적, 자산의 용도에 따라 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 통합투자세액공제 부인에 대한 세무조사 소명, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과밀억제권역이면 투자세액공제를 전혀 못 받나요?
  1989년 이전부터 있던 회사와 1990년 이후 들어온 중소기업은 증설투자만 공제에서 빠지고 대체투자는 공제됩니다. 1990년 이후 들어온 중소기업 아닌 회사는 그 사업장 투자 전부가 원칙적으로 빠집니다.
• 공장 안 기계를 더 들이면 증설인가요?
  공장은 사업용 고정자산을 새로 설치하면서 공장 연면적이 늘어야 증설투자입니다. 같은 건물 안에서 기계를 바꾸거나 더 들여도 연면적이 그대로면 증설이 아니므로 공제를 받을 수 있습니다.
• 물류센터에 장비를 추가하면요?
  공장이 아닌 사업장은 기계장치 등 사업용 고정자산의 수량이 늘기만 해도 증설투자로 봅니다. 연면적이 그대로여도 장비 대수가 늘었다면 과밀억제권역 안에서는 공제가 빠질 수 있습니다.
• 공업지역에 있는 공장도 증설이면 안 되나요?
  1989년 이전부터 있던 회사와 1990년 이후 들어온 중소기업은 산업단지, 국토계획법상 공업지역, 산업시설용 지구단위계획구역 안의 증설투자라면 과밀억제권역이라도 공제를 받을 수 있습니다.
• 지역과 관계없이 공제되는 자산이 있나요?
  연구·시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전, 근로자복지 증진용 자산과 디지털방송 장비, 일부 전기통신설비, 의약품 품질관리 개선시설 등은 과밀억제권역 안이라도 공제됩니다. 한 번에 들인 설비라도 자산별로 나눠 봅니다.
• 지방 창고에 두는 장비면 지방 투자인가요?
  자산을 실제로 사용하는 사업장이 기준입니다. 하급심 판결은 타워크레인을 지방 주기장에 보관했어도 매출과 주요 업무가 서울 사업장에서 이뤄졌다면 서울 사업장 투자로 보아 공제 배제를 유지했습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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