세무조사

세무조사에서 세법 해석이 맞서면 국세청 본청 과세기준자문을 요청할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

납세자가 직접 신청할 수는 없지만 조사팀에 요청할 수 있고, 세무서가 신청하면 납세자 의견서를 반드시 함께 내야 합니다. 결과통지·과세예고통지 전까지 신청해야 하며, 판례·해석이 이미 있는 쟁점이나 사실판단 사항은 대상이 아닙니다. 조사 중에는 사전답변과 컨설팅이 반려될 수 있어 이 절차가 해석을 다투는 주된 통로입니다.

세무조사 도중 조사팀과 회사가 세법 조문의 뜻을 두고 맞서는 일이 있습니다. 이때 조사팀이 혼자 결론을 내지 않고 국세청 본청 법규과에 해석을 묻는 절차가 과세기준자문입니다. 신청은 세무서가 하지만 납세자도 의견서를 내고 직접 의견을 진술할 수 있으므로, 조사 단계에서 해석을 다툴 수 있는 사실상 마지막 기회입니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 정보통신 법인의 재무 담당 이사입니다. 2026. 8. 시작된 법인세 세무조사에서 조사팀은 외국 모회사 주식으로 임직원에게 준 주식보상 비용을 손금으로 볼 수 없다고 했고, 추징 예상 세액은 4억원이었습니다. 회사는 같은 쟁점에 대한 판례와 해석이 엇갈린다고 보고 있었습니다. 세무사가 사전답변을 신청하자고 했지만 이미 조사가 시작된 상황이었고, D씨는 2026. 10. 지금 회사가 국세청 본청 판단을 받아 볼 방법이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무조사 중에도 사전답변을 받을 수 있나요?

어렵습니다. 국세청 훈령은 사전답변 신청서를 낸 뒤 그 내용으로 세무조사 사전통지를 받거나 결정·경정이 있으면 신청서를 반려할 수 있다고 정합니다. 법인세 공제·감면 컨설팅도 세무조사 사전통지를 받은 사항은 반려 대상입니다. 조사가 시작되면 납세자가 먼저 국세청 해석을 받아 두는 길은 사실상 닫힙니다.

서면질의도 세무조사 결과통지, 과세예고통지, 납부고지서와 관련된 사항이나 과세전적부심사·불복이 진행 중인 사항은 반려됩니다. 그래서 조사 단계에서 쓸 수 있는 통로가 세무서를 통한 과세기준자문입니다.

과세기준자문은 누가 신청하고 납세자는 무엇을 할 수 있나요?

신청은 지방국세청장, 세무서장 또는 본청 주무국장이 국세청 법규과에 합니다. 대상은 부과·징수 과정에서 납세자와 이견이 있거나 단독으로 판단하기 어려운 세법 해석 사항입니다. 납세자가 직접 신청할 수는 없으므로 조사팀에 자문 신청을 요청하는 방식으로 접근합니다.

납세자와 이견이 있는 사항이면 세무서는 자문신청서와 함께 납세자 의견서를 반드시 내야 합니다. 국세청은 의견서가 빠졌거나 납세자 의견이 불명확하면 14일 이내 보완을 요구합니다. 의견서에 의견진술 의사를 적으면 신청기관이 참석한 자리에서 대면으로 의견을 말할 기회를 받을 수 있습니다.

의견서에는 쟁점이 된 조문, 회사가 한 거래의 사실관계, 조사팀 해석과 회사 해석의 차이, 그 근거가 되는 판례와 해석례를 순서대로 적습니다. 조사팀 의견은 자문신청서에 먼저 담기므로 의견서가 회사 논리를 전할 거의 유일한 문서가 됩니다.

자문 결과는 신청기관에 서면 통지되고, 의견서를 낸 납세자에게도 회신 내용이 서면으로 통지됩니다. 접수일부터 3개월 안에 처리하지 못하면 신청기관에 진행상황이 통지되므로, 납세자는 조사팀을 통해 진행 정도를 확인합니다. 사안이 입법 취지 해석이나 기존 해석 변경에 해당하면 재정경제부에 해석을 요청할 수도 있습니다.

자문 회신이 조사 기간 안에 오지 않을 수 있습니다. 세무공무원은 조사를 마친 날부터 20일 안에 결과를 통지해야 하지만, 세법 해석을 위해 국세청장에 대한 질의 절차가 진행 중이면 납세자가 동의하는 경우에 한해 그 부분을 뺀 나머지만 먼저 통지할 수 있습니다. 회신이 오면 그날부터 20일 안에 남은 부분을 통지합니다. 쟁점 하나 때문에 전체 결과를 서둘러 받기보다 부분 통지에 동의하는 편이 나은지 따져 봅니다.

과세기준자문을 신청할 수 없는 경우는?

이미 정립된 판례나 기존 해석이 있는 쟁점, 구체적 사실판단에 관한 사항, 감사원이나 감사관실의 처분요구에 따른 사항은 대상이 아닙니다. 불복이나 과세전적부심사, 소송이 진행 중인 사항, 부과제척기간 만료까지 3개월 이하로 남은 경우도 제외됩니다.

사실관계를 다투는 쟁점이라면 과세사실판단자문이라는 별도 절차가 있고, 사실판단과 해석이 섞여 있으면 확인된 사실관계를 전제로 자문할 수 있습니다. 세무조사가 중지된 기간에는 원칙적으로 신청할 수 없지만, 중지 전에 납세자가 동의서를 내고 신청기관이 납세자 의견을 충분히 담은 경우에는 신청할 수 있습니다.

결과통지를 받은 뒤에는 어떤 자문이 남아 있나요?

과세전적부심사나 이의신청 단계에서도 세무서 납세자보호담당관이 법규과에 불복사건 법령해석자문을 신청할 수 있고, 법규과는 15일 안에 회신해야 합니다. 다만 조사 단계에서 과세기준자문을 이미 거쳤거나, 본청 신고내용 확인·기획분석 통지분, 지방청 세무조사분이면 이 자문 대상이 아닙니다.

자문 회신이 불리하게 나와도 끝은 아닙니다. 대법원은 국세청 질의회신이 예규로 공표되었더라도 대외적 구속력을 갖는 행정규칙은 아니라고 보았습니다. 회신은 국세청 내부 해석이므로 조세심판원이나 법원은 조문을 다시 해석해 판단하고, 회신 내용은 상대방 논리를 미리 보여 주는 자료가 됩니다.

과세기준자문 대응 순서

• 쟁점 정리 - 사실관계 쟁점과 법령해석 쟁점을 나누고, 관련 판례·해석례를 찾아 기존 해석이 있는지 봅니다.
• 자문 요청 - 결과통지 전에 조사팀에 과세기준자문 신청을 서면으로 요청합니다.
• 납세자 의견서 - 쟁점, 사실관계, 법령, 해석례, 회사 의견을 담아 의견서를 내고 의견진술 의사를 표시합니다.
• 결과 검토 - 회신 내용과 그에 따른 과세예고통지 범위를 대조합니다.
• 과세전적부심사 - 회신이 불리하면 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 변호사와 과세전적부심사를 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 쟁점이 해석 문제인지 사실 문제인지, 조사 일정이 어디까지 왔는지에 따라 쓸 수 있는 절차가 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 단계의 의견서 작성과 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세기준자문은 납세자가 직접 신청할 수 있나요?
  아닙니다. 신청은 지방국세청장, 세무서장 또는 본청 주무국장이 합니다. 납세자는 조사팀에 신청을 요청하고, 세무서가 신청하면 납세자 의견서를 내고 의견진술을 요청할 수 있습니다.
• 언제까지 자문을 요청해야 하나요?
  세무서나 지방국세청은 세무조사 결과통지, 경정청구 결과통지 또는 과세예고통지 전까지 신청해야 합니다. 결과통지가 나온 뒤에는 과세전적부심사 단계에서 다툽니다.
• 조사 중인데 사전답변을 신청하면 안 되나요?
  사전답변은 접수 뒤 그 내용으로 세무조사 사전통지를 받거나 결정·경정이 있으면 반려될 수 있습니다. 법인세 공제·감면 컨설팅도 세무조사 사전통지를 받은 사항은 반려 대상입니다.
• 자문 결과를 납세자도 알 수 있나요?
  납세자 의견서를 낸 경우 국세청은 신청기관에 회신하면서 납세자에게도 회신 내용을 서면으로 통지합니다. 접수일부터 3개월 안에 처리하지 못하면 진행상황은 신청기관에 통지되므로, 그동안의 경과는 조사팀에 확인합니다.
• 어떤 쟁점은 자문 대상이 되지 않나요?
  정립된 판례나 기존 해석이 있는 쟁점, 구체적 사실판단 사항, 감사 처분요구 사항, 불복·과세전적부심사·소송이 진행 중인 사항, 부과제척기간 만료까지 3개월 이하인 경우는 제외됩니다.
• 과세전적부심사 단계에서도 본청 해석을 받을 수 있나요?
  세무서 납세자보호담당관이 불복사건 법령해석자문을 신청할 수 있고 법규과는 15일 안에 회신합니다. 조사 단계에서 과세기준자문을 거쳤거나 지방청 세무조사분이면 대상이 아닙니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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