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결손금 감액경정 통지를 못 받았는데 나중에 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 세무서가 결손금을 줄이면서 통지 절차를 지키지 않았다면 그때 다투지 않았어도 뒤 사업연도 법인세 불복에서 결손금 감액경정의 위법을 다툴 수 있습니다. 대법원은 2024년 12월 2021두34688 판결에서 통지 등 절차가 지켜지지 않아 불복 기회가 없었던 경우를 예외로 인정했습니다. 지금은 감액경정 당시 결정통지서를 받았는지와 송달 기록부터 확인해 두십시오.

기한

결손금 감액경정 통지를 제대로 받았다면 그 단계에서 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 하고, 놓치면 뒤 사업연도에서 다시 다투기 어렵습니다.

통지를 받은 적이 없다면, 감액경정 당시 다투지 않았다는 이유만으로 포기할 필요는 없습니다. 통지 절차가 지켜졌는지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2021 사업연도에 결손금 3억원을 신고했습니다. 2024년 세무조사 뒤 세무서는 이 결손금을 1억원으로 줄이는 감액경정을 했다고 하지만, B사는 납부할 세액이 없다는 이유로 별도 통지서를 받은 기억이 없습니다. 2025 사업연도 법인세에서 이월결손금이 1억원만 공제되자 B사는 법인세 증액 고지를 받고서야 감액 사실을 알았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

결손금 감액경정을 그때 다투지 않으면 나중에는 못 다투나요?

원칙적으로는 못 다툽니다. 결손금 감액경정은 그 자체로 항고소송의 대상이 되는 처분이어서, 통지를 받은 단계에서 다투지 않으면 이후 사업연도 법인세에서 감액경정이 잘못됐다고 주장할 수 없습니다. 대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결이 이 원칙을 세웠습니다. 2010. 1. 1. 이후 신고한 사업연도의 결손금부터 이 원칙이 적용됩니다.

감액경정 통지를 못 받았다면 뒤 사업연도에서 다툴 수 있나요?

있습니다. 세무서가 결손금 감액경정을 하면서 법인세법이 정한 통지 등 절차를 지키지 않아 방어와 불복의 기회가 없었다면, 뒤 사업연도 법인세 부과처분을 다투면서 앞선 감액경정의 위법성도 함께 다툴 수 있습니다. 대법원은 2024. 12. 12. 선고 2021두34688 판결에서 이렇게 보고, 통지 여부를 심리하지 않은 원심을 파기환송했습니다.

감액경정 통지 여부에 따른 다툼 가능성
상황감액경정 단계뒤 사업연도 불복
적법한 통지 받음90일 안 불복 필요원칙상 다툴 수 없음
통지 없음불복 기회 없었음위법성 다툴 수 있음
신고 누락 결손금경정청구 5년 안이월공제 대상 아님

출처 - 대법원 2017두63788·2021두34688 판결, 법인세법 시행령 제109조 제1항

세무서장은 법인세 과세표준과 세액을 결정·경정하면 그 내용을 법인에 알려야 합니다. 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없어도 결정된 내용을 통지해야 합니다. 결손금만 줄어 낼 세금이 없는 경정도 통지 대상이라는 뜻입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」과 시행령도 같은 구조입니다.

신고하지 않은 결손금도 나중에 이월공제받을 수 있나요?

아닙니다. 이월공제할 수 있는 결손금은 신고했거나, 세무서가 결정·경정했거나, 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금으로 한정됩니다. 2021두34688 판결은 경정청구를 했다면 인정받았을 결손금이라도 실제로 신고·경정되지 않았다면 이월결손금으로 공제할 수 없다고 보았습니다. 빠뜨린 결손금이 있다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 그 사업연도의 경정청구부터 해야 합니다.

현행법은 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 생긴 결손금을 공제 대상으로 하고, 공제 한도는 각 사업연도 소득의 100분의 80(중소기업 등은 100분의 100)입니다. 판결 사안에 적용된 개정 전 법은 10년이었으므로, 오래된 결손금은 발생 연도에 적용되는 법을 따로 확인해야 합니다.

결손금 감액경정 다툼 대응 순서

  • 통지서 확인 - 감액경정 당시 결정(경정)통지서를 받았는지, 송달 기록이 있는지 확인합니다. 받지 않았다면 뒤 사업연도에서 다툴 근거가 됩니다.
  • 세무서 기록 요청 - 통지서 발송·송달 내역을 정보공개나 열람으로 확보합니다. 세무서가 통지를 했다고 주장할 때 반박 자료가 됩니다.
  • 누락 결손금 경정청구 - 신고에서 빠진 결손금은 그 사업연도에 대해 경정청구를 먼저 합니다. 법정신고기한이 지난 후 5년이 지나면 청구할 수 없습니다.
  • 뒤 사업연도 불복 - 이월결손금 공제가 줄어 법인세가 고지되면 90일 안에 심판청구나 심사청구를 냅니다. 이때 앞선 감액경정의 위법도 함께 주장합니다.
  • 행정소송 - 심판청구 등이 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 제기합니다. 통지 절차 위반 여부가 주된 쟁점이 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감액경정이 여러 사업연도에 걸쳐 있거나 일부 연도만 통지를 받은 경우에는 연도별 통지서와 송달 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분 취소소송과 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

결손금 감액경정 다툼 흐름
  1. 1

    통지서 확인

    송달 기록 확보

  2. 2

    누락 결손금 경정청구

    신고기한 후 5년 안

  3. 3

    뒤 사업연도 불복

    고지 후 90일 안

  4. 4

    행정소송

    결정 통지 후 90일 안

실무상 착안점

이월결손금이 줄어든 사실을 몇 해 뒤 법인세 고지서를 받고서야 아는 회사가 많습니다. 그때 세무서는 「감액경정 단계에서 다투지 않았으니 끝났다」고 답하고, 회사도 그 말에 포기합니다. 그러나 낼 세금이 없는 경정이라도 통지 의무가 있고, 통지가 없었다면 다툴 길이 남아 있습니다.

결론은 통지서가 실제로 도달했는지에 달려 있습니다. 감액경정 당시 회사가 받은 우편물, 홈택스 전자송달 내역, 세무조사 결과 통지서에 결손금 조정 내용이 적혀 있었는지가 모두 확인 대상입니다. 담당자가 바뀐 회사라면 당시 우편 수령 대장도 찾아 두어야 합니다.

이 기록은 뒤 사업연도 부과처분 취소소송에서 앞선 감액경정을 다툴 수 있는지를 가르는 문턱이 됩니다. 통지가 없었다는 사실이 인정되면 감액경정의 실체적 위법까지 심리받을 수 있고, 통지가 있었다면 그 단계의 불복 기간을 놓친 것이 되어 본안 판단 없이 주장이 배척됩니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 이월결손금 공제를 둘러싼 법인세 부과처분 취소소송을 수행해 왔으며, 감액경정 통지의 송달 여부를 먼저 확정한 뒤 결손금 산정의 위법을 다투는 방식으로 대응합니다.

  • 법인세 부과처분 취소소송
  • 법인세 경정거부처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.

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