법무법인 윤성

부가가치세

과세와 면세를 같이 하는데 매입세액을 어떻게 나누나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

실지귀속이 원칙입니다. 부가가치세법 제40조는 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액만 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준으로 안분하도록 정합니다.

실지귀속을 먼저 갈라냅니다

공통매입세액으로 넘기기 전에 어느 사업에 쓴 것인지 분명한 매입을 먼저 빼내야 합니다. 귀속이 확인되는 것을 빼내면 안분의 대상 자체가 줄어들어 계산이 단순해지고 다툴 여지도 줄어듭니다. 계산서와 거래 내역을 사업부문별로 나누어 보는 것이 첫 작업입니다.

전액 공제되는 예외부터 확인합니다

해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액을 공제되는 매입세액으로 보지만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 이 예외에서 빠집니다. 공통매입세액이 5만원 미만인 경우도 전액 공제 대상입니다. 면세 매출이 조금 섞였다는 이유로 전액 불공제로 신고해 버린 사건에서 되돌릴 자리가 여기입니다.

매출이 없는 과세기간은 순서가 정해져 있습니다

과세·면세의 공급가액이 아직 없는 과세기간에는 총매입가액에 대한 면세사업등 관련 매입가액의 비율, 총예정공급가액에 대한 면세 예정공급가액의 비율, 총예정사용면적에 대한 면세 예정사용면적의 비율 순서로 계산합니다. 다만 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득해 그 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에는 면적 기준을 앞의 둘보다 먼저 적용합니다. 설계 단계의 면적 배분이 그대로 세액이 되므로 도면이 확정되기 전에 계산해 보는 것이 값입니다.

확정신고 때 정산합니다

예정신고를 할 때는 그 예정신고기간의 비율로 안분하고, 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 정산합니다. 이미 공제한 세액과의 차액이 가산되거나 공제되는 구조여서 처음 안분이 틀렸더라도 정산 단계에서 맞춰집니다. 그 시점을 놓쳤다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 경정청구로 되살릴 수 있는지를 보아야 합니다.

준비 자료와 질문

과세·면세로 나눈 매출 구성과 세금계산서·계산서, 사업부문별 매입 내역, 건물을 짓는 중이라면 도면과 예정사용면적 자료를 준비합니다. 실지귀속으로 갈라낼 수 있는 매입이 얼마나 되는지, 면세공급가액 비율과 공통매입세액 금액이 전액 공제 예외에 들어가는지, 정산을 이미 했는지를 질문으로 나누면 순서가 잡힙니다. 지난 신고에서 전액 불공제로 처리한 과세기간이 있으면 그 신고서도 함께 꺼내 두어야 경정청구 여부를 볼 수 있습니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

과세·면세 매출 구성과 계산서, 지난 신고서를 정리해 보세요.

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출처

2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.

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