법무법인 윤성

부가가치세

공제받은 매입세액이 불공제 대상이라며 추징됐습니다

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

불공제 사유는 부가가치세법 제39조 제1항에 호로 열거돼 있습니다. 세금계산서 쪽 흠, 사업과 직접 관련 없는 지출, 소형승용차, 기업업무추진비, 면세사업·토지 관련, 사업자등록 신청 전 매입세액이며, 어느 호로 잘렸는지에 따라 다툴 내용이 완전히 달라집니다.

고지서를 호 단위로 갈라 놓습니다

고지서 한 장에 여러 호가 섞여 있는 경우가 많습니다. 금액을 호별로 나눠 놓으면 다툴 것과 포기할 것이 갈리는데, 세금계산서 쪽 흠은 대통령령이 정하는 예외에 걸리는지를 보는 싸움이고 사업 관련성·차량·기업업무추진비·면세사업은 지출의 성격을 다투는 싸움입니다. 사업자등록 신청 전 매입세액은 등록 시점 하나로 정해져 사실관계를 다툴 자리가 거의 없습니다. 호 단위로 갈라 놓지 않으면 전체를 한 덩어리로 다투게 되고, 그러면 통째로 집니다.

세금계산서 쪽 흠은 예외 규정에 걸리는지를 봅니다

매입처별 세금계산서합계표를 내지 않았거나 그 기재사항이 사실과 다른 경우, 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르게 적힌 경우가 여기에 들어갑니다. 공급가액이 사실과 다르면 그 차액에 해당하는 세액만 잘리므로 전액이 날아가는 것은 아닙니다. 다만 대통령령으로 정하는 경우는 불공제에서 제외되므로, 그 예외에 들어가는지를 먼저 확인해야 합니다.

차량과 토지는 금액이 커서 먼저 셉니다

소형승용차는 구입만이 아니라 임차와 유지까지 묶여 있어 주유비·수리비·통행료가 전부 잘리고, 운수업·자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에서 직접 영업에 사용하는 경우만 빠집니다. 토지는 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 것으로서 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지 조성, 건축물이 있는 토지를 취득해 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 취득·철거 비용, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 취득원가를 구성하는 비용이 들어갑니다. 중개수수료처럼 취득원가에 얹히는 비용이 여기서 걸리므로, 두 항목만 따로 합산해 보는 것이 순서입니다.

면세사업을 겸영한다면 안분인지부터 확인합니다

면세사업을 같이 하고 있다면 불공제가 아니라 안분 문제일 수 있으므로, 실지귀속으로 갈라낼 수 있는 부분이 남아 있는지 봅니다. 고지된 세액은 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 불복합니다. 신고 단계에서 스스로 과다하게 불공제했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내에 경정청구할 수 있으므로, 고지된 기간과 그 밖의 기간을 나눠서 정리합니다.

준비 자료와 질문

고지서와 세액 산출 내역, 문제가 된 매입세금계산서와 매입처별 세금계산서합계표, 차량등록증과 운행·유지 비용 내역, 토지 취득 관련 계약서와 비용 내역, 사업자등록증을 준비합니다. 질문은 ‘어느 호로 잘렸는가’, ‘호별 금액이 얼마인가’, ‘면세사업 겸영으로 안분할 여지가 있는가’로 나누면 다툴 범위가 빨리 정해집니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

고지서와 문제가 된 세금계산서, 어느 호로 잘렸는지와 궁금한 점을 정리해 보세요.

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출처

2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.

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