부가가치세

실제 거래인데 가공거래로 보아 부가가치세가 추징됐습니다

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

부가가치세법 제39조 제1항에 따른 매입세액 불공제는 거래의 실재가 부인될 때 이루어집니다. 계약, 대금 지급, 물류의 흐름으로 실물 거래를 입증하는 것이 쟁점이고, 추징 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 불복해야 합니다.

계약·대금·물류 세 축 가운데 무엇이 남았는지 확인합니다

매입세액 불공제는 거래의 실재가 부인될 때 이루어지므로 실물 거래를 입증하는 자료가 다툼의 중심입니다. 계약, 대금, 물류 세 축 가운데 둘 이상이 남아 있으면 다툴 여지가 있습니다. 어느 축이 남아 있는지를 먼저 확인하고 그 축의 자료부터 모읍니다.

거래처의 사정과 우리 거래의 실재를 분리해 봅니다

거래처가 자료상으로 고발되면 우리 거래까지 일괄하여 부인되는 경우가 있습니다. 상대방의 사정과 우리 거래의 실재는 별개의 쟁점입니다. 공급자가 사실과 다른 경우에도 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따라 선의·무과실이 인정되면 매입세액 공제가 가능하므로, 거래 당시의 확인 노력이 입증 대상입니다. 세금계산서 발급 시기를 지나 발급된 경우에는 같은 법 제34조와 제60조에 따라 가산세 대상이 되므로 공급시기의 판단이 먼저입니다.

불복 기한과 법인세·소득세 연동을 함께 봅니다

고지서를 받은 날부터 90일 이내에 불복해야 합니다. 매입이 부인되면 손금도 함께 부인되어 법인세와 대표자 소득세로 이어집니다. 부가가치세만 따로 다투지 않고 세 세목을 같은 사실관계로 정리합니다.

형사 절차로 이어질 수 있는지 미리 가늠합니다

세금계산서 관련 혐의로 조세범처벌법 위반으로 고발되면 형사 절차가 개시되고, 공급가액에 따라 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률이 적용될 수 있습니다. 영리를 목적으로 한 경우 공급가액 등의 합계액이 30억원 이상 50억원 미만이면 1년 이상, 50억원 이상이면 3년 이상의 유기징역이고, 그 합계액에 부가가치세율을 적용한 세액의 2배 이상 5배 이하 벌금이 병과됩니다. 조사 단계의 진술이 형사 절차의 기준이 되므로 공급가액 합계부터 세어 두어야 합니다.

준비 자료와 질문

문제된 세금계산서 내역과 공급가액 합계, 계약서, 대금 이체 기록, 운송장·입출고 기록 같은 물류 자료, 거래 당시 거래처를 확인한 자료, 고지서와 수령일을 준비합니다. 질문은 「어느 축의 자료가 남아 있는지」, 「거래처의 고발이 우리 거래에 어떻게 연결됐는지」, 「법인세·소득세 고지가 함께 왔는지」로 나누면 좋습니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 선의의 거래당사자라고 주장할 수 있나요?
  공급자가 사실과 다른 경우에도 선의·무과실이 인정되면 매입세액 공제가 가능합니다. 거래 당시의 확인 노력이 입증 대상입니다.
• 세금계산서 발급 시기를 놓쳤습니다
  발급 시기를 지나 발급된 세금계산서는 가산세 대상이 됩니다. 공급시기의 판단이 먼저입니다.
• 고발까지 갈 수 있나요?
  영리를 목적으로 한 경우 공급가액 등의 합계액이 30억원 이상 50억원 미만이면 1년 이상, 50억원 이상이면 3년 이상의 유기징역이고, 그 합계액에 부가가치세율을 적용한 세액의 2배 이상 5배 이하 벌금이 병과됩니다. 조사 단계의 진술이 형사 절차의 기준이 됩니다.

비슷한 상황

• 세무조사 결과 조세포탈로 고발됐는데 어떻게 되나요?
• 공제받은 매입세액이 불공제 대상이라며 추징됐습니다
• 세금계산서를 늦게 발급했는데 가산세가 얼마나 나오나요?
• 세금 고지서를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?

이 페이지는 일반적인 절차 안내입니다. 개별 사안의 판단은 상담에서 합니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성