법무법인 윤성

부가가치세

세금계산서를 늦게 발급했는데 가산세가 얼마나 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

부가가치세법 제60조 제2항은 세금계산서 가산세를 공급가액에 정률로 매깁니다. 발급시기가 지난 뒤 그 과세기간 확정신고 기한까지 발급하면 공급가액의 1퍼센트, 그때까지 발급하지 않으면 2퍼센트이고, 가공이나 위장으로 보면 2퍼센트에서 3퍼센트로 올라갑니다.

확정신고 기한까지 발급했는지부터 셉니다

부가가치세법 제60조 제2항 제1호와 제2호는 발급시기가 지난 후 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지 발급하면 공급가액의 1퍼센트를, 그때까지 발급하지 않으면 2퍼센트를 가산세로 정합니다. 전자세금계산서 의무자가 발급시기에 종이 세금계산서를 발급한 경우 등도 1퍼센트입니다. 갈림길이 확정신고 기한이므로 공급시기와 실제 발급일, 그 과세기간의 확정신고 기한을 먼저 대조해야 합니다. 이 항목이 적용되는 부분에는 전자세금계산서 발급명세 전송 가산세와 필요적 기재사항 가산세를 적용하지 않습니다.

전송 가산세는 따로 셉니다

부가가치세법 제60조 제2항 제3호와 제4호는 발급명세 전송 기한이 지난 후 해당 과세기간 확정신고기한까지 전송하면 공급가액의 0.3퍼센트를, 그때까지 전송하지 않으면 0.5퍼센트를 정합니다. 필요적 기재사항 가산세가 적용되는 부분에는 전송 가산세를 적용하지 않으므로 항목 사이의 적용 순서가 정해져 있습니다. 고지서가 같은 공급가액에 두 항목을 겹쳐 매겼는지가 가장 먼저 볼 자리이고, 여기서 줄어드는 금액이 다툼보다 빠릅니다.

착오 계열과 가공·위장 계열을 먼저 가립니다

부가가치세법 제60조 제2항 제5호는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 않거나 사실과 다른 경우를 공급가액의 1퍼센트로 정하면서, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외합니다. 매출처별 세금계산서합계표의 기재가 착오로 적힌 경우에도 세금계산서로 거래사실이 확인되는 부분은 빠집니다. 반면 같은 조 제3항은 공급하지 않고 발급한 경우와 공급받지 않고 발급받은 경우를 각각 3퍼센트, 실제 공급자나 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 발급·수취한 경우를 각각 2퍼센트, 공급가액을 과다하게 적은 경우를 그 과다 부분의 2퍼센트로 정하고 이들에는 그런 예외가 없습니다. 이 계열은 형사 문제로도 이어지므로 우리 사건이 어느 계열인지를 먼저 확정해야 합니다.

사업자등록 시점도 함께 확인합니다

부가가치세법 제60조 제1항은 기한까지 등록을 신청하지 않은 경우 사업 개시일부터 등록 신청일 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트를, 타인의 명의로 사업자등록을 하거나 타인 명의의 등록을 이용해 사업한 것으로 확인되는 경우 그 기간 공급가액 합계액의 2퍼센트를 정합니다. 세금계산서 가산세와 별개로 붙는 항목이므로 고지서에 함께 적혀 있는지 확인해야 합니다. 등록 신청일과 실제 사업 개시일이 기록으로 남아 있는지도 같이 봅니다.

준비 자료와 질문

고지서와 가산세 계산 내역, 문제된 세금계산서와 수정세금계산서, 공급시기를 확인할 수 있는 계약서와 거래명세서, 대금 지급 자료와 계좌 이체 내역, 사업자등록증과 신청 기록을 준비합니다. 질문은 ‘같은 공급가액에 두 항목이 겹쳐 매겨졌는가’, ‘거래사실이 확인되어 빠질 수 있는 부분이 있는가’, ‘우리 사건이 착오 계열인가 가공·위장 계열인가’로 나누면 좋습니다. 거래사실이 확인되면 빠지는 항목이 있으므로 세금계산서와 대금 지급 자료를 건별로 묶어 두는 것이 좋습니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

고지서에 적힌 가산세 항목과 세금계산서, 대금 지급 자료를 정리해 보세요.

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2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.

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