부가가치세

면세로 알고 세금계산서를 안 끊은 거래에 부가세가 추징됐는데 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

다툴 수 있습니다. 고지서를 받은 날부터 90일 안에 불복해야 하고, 면세 여부는 계약서 명칭이 아니라 부가가치세법 제26조가 정한 재화·용역을 실제로 공급했는지로 판단합니다. 과세가 맞더라도 세액 계산은 다시 다툴 수 있습니다.

면세로 본 근거와 과세로 돌린 근거를 맞춰 봅니다

내가 어느 조항의 면세로 보았는지, 과세관청은 무엇을 근거로 과세로 돌렸는지를 먼저 나란히 놓습니다. 의료·교육·금융처럼 면세 항목 안에서도 시행령이 제외하는 용역이 있어 항목 이름만으로 결론이 나지 않습니다. 주된 거래에 부수되는 공급인지도 판정을 바꾸므로, 계약서 명칭보다 실제로 무엇을 공급했는지를 건별로 적어 두어야 합니다.

과세가 맞더라도 세액 계산을 다시 셉니다

면세 판정이 어렵더라도 결과는 세액 계산에서 갈립니다. 받은 대금에 부가세가 포함된 것으로 보아 110분의 100을 과세표준으로 하는지가 첫 번째 쟁점입니다. 과세사업으로 판정되면 그 사업에 관련된 매입세액은 세금계산서를 갖춘 범위에서 공제 대상이 되므로, 과세관청이 경정하면서 반영하지 않았다면 그 부분을 함께 구합니다.

가산세는 정당한 사유로 따로 다툽니다

과세 거래에 세금계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 2% 가산세가 부과됩니다. 면세로 볼 만한 사정이 있었거나 과세관청의 해석·관행을 신뢰한 경우에는 정당한 사유를 들어 감면을 다툴 수 있습니다. 본세와 가산세는 다투는 근거가 다르므로 한 결론으로 묶지 않습니다.

이전 기간과 이후 기간을 함께 정리합니다

고지된 세액은 90일 안에 심판청구 등으로 다투고, 같은 쟁점의 이전 과세기간 세액은 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 정리합니다. 이후 과세기간부터는 세금계산서 발급과 신고 방식을 바꿔야 같은 처분이 반복되지 않습니다. 과세 거래임을 알면서 세금계산서를 발급하지 않은 것으로 판단되면 조세범처벌법 위반으로 고발될 수 있으므로, 면세로 판단한 경위와 근거를 불복 단계에서 기록으로 남겨 두는 것이 뒤의 방어와 이어집니다.

준비 자료와 질문

고지서와 경정 내역, 문제가 된 거래의 계약서와 대금 입금 내역, 해당 기간의 매입세금계산서, 면세로 판단한 근거로 삼았던 자료를 준비합니다. 질문은 ‘어느 면세 조항으로 보았는가’, ‘과세관청은 무엇을 근거로 돌렸는가’, ‘공제받지 못한 매입세액이 얼마인가’로 나누면 다툴 범위가 정해집니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거래 상대방에게 부가세를 추가로 받을 수 있나요?
  계약에서 부가세를 별도로 부담하기로 한 약정이 없으면 상대방에게 부가세 상당액을 청구하기 어렵습니다. 약정이나 거래 관행이 증명되면 청구할 수 있고, 상대방이 과세사업자라면 수정세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있어 협의 여지가 있습니다. > 판단 — 조문에 정해져 있지 않고 판례·실무로 정해지는 부분이다.
• 면세사업자여서 공제 못 받은 매입세액은 돌려받나요?
  과세사업으로 판정되면 그 사업에 관련된 매입세액은 세금계산서를 갖춘 범위에서 공제 대상이 됩니다. 과세관청이 경정하면서 반영하지 않았다면 불복이나 경정청구로 공제를 구합니다.
• 세금계산서를 안 끊은 가산세도 같이 나왔는데 정당한가요?
  과세 거래에 세금계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 2% 가산세가 부과됩니다. 면세로 볼 만한 사정이 있었거나 과세관청의 해석·관행을 신뢰한 경우에는 정당한 사유를 들어 가산세 감면을 다툴 수 있습니다.

비슷한 상황

• 세금계산서를 잘못 발급했는데 고칠 수 있나요?
• 실제 거래인데 가공거래로 보아 부가가치세가 추징됐습니다
• 과세와 면세를 같이 하는데 매입세액을 어떻게 나누나요?
• 이미 신고한 세금을 돌려받으려면 어떻게 하나요?

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