불복·환급

세무서가 세금을 올려 고지했다면 경정청구는 언제까지 되나요? 5년과 3개월 기한 계산

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

신고한 세액이 많았다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다. 세무서가 결정·경정으로 늘린 세액은 통지를 받은 날부터 3개월 안(5년 한도)에 청구해야 하며, 이 기한은 2025. 1. 1.부터 90일에서 3개월로 바뀌었습니다. 세무서는 2개월 안에 답해야 하고, 답이 없으면 그다음 날부터 불복할 수 있습니다.

세무서가 늘린 세액에 대한 경정청구 기한은 예전에는 90일이었지만, 2025. 1. 1.부터 3개월로 바뀌었습니다. 날짜로 따지면 며칠 차이지만 마감일이 달라지므로 예전 안내를 그대로 믿고 계산하면 안 됩니다. 이 기한과 별도로 고지서를 다투는 심판청구는 여전히 90일이어서, 두 날짜를 나란히 적어 두어야 합니다. 아래 설명은 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」에 따릅니다.

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C씨는 2024. 5. 31. 2023년 귀속 종합소득세를 신고했습니다. 2026. 7. 15. 세무서가 임대수입 일부를 누락했다며 종합소득세를 늘려 고지했고, C씨는 늘어난 세액 가운데 절반은 보증금 반환을 수입으로 잘못 본 것이라고 생각합니다. 그러다 당초 신고 때 받을 수 있었던 공제도 빠뜨린 사실을 알게 되었습니다. 2026. 10. 초 C씨는 세무서가 늘린 부분과 당초 신고 부분을 각각 언제까지, 어떤 절차로 다퉈야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

통상 경정청구 5년은 언제부터 세나요?

5년은 법정신고기한이 지난 날부터 셉니다. 2025년 귀속 종합소득세라면 법정신고기한이 2026. 5. 31.이므로 2031. 5. 31.까지 경정청구를 할 수 있습니다. 상속세는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월이 되는 신고기한이 기준입니다.

경정청구를 할 수 있는 사람은 법정신고기한까지 신고서를 낸 사람과 기한 후 신고를 한 사람입니다. 청구 사유는 신고한 과세표준과 세액이 실제보다 많은 경우, 신고한 결손금·세액공제액·환급세액이 실제보다 적은 경우입니다. 세액공제액은 2025. 1. 1. 이후 청구분부터 사유에 명시되었습니다.

처음 신고한 세액뿐 아니라 수정신고로 늘려 신고한 세액도 경정청구 대상입니다. 세무서가 경정청구를 받아들여 세액을 줄이면 이미 낸 세금은 국세환급금으로 돌려받고, 법에서 정한 기간만큼 환급가산금이 붙습니다.

세무서가 늘린 세액은 왜 3개월 안에 청구해야 하나요?

세무서가 결정이나 경정으로 세액을 늘린 경우, 늘어난 부분은 그 처분을 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 해야 합니다. 통지를 받았다면 받은 날이 기준입니다. 이 기한은 2024. 12. 31. 개정으로 90일에서 3개월로 늘었고, 개정법 시행 당시 처분을 안 날부터 3개월이 지나지 않은 경우에도 새 기한이 적용되었습니다.

사례의 C씨는 2026. 7. 15. 통지를 받았으므로 늘어난 세액에 대한 경정청구는 2026. 10. 15.까지, 같은 고지서에 대한 심판청구는 90일째인 2026. 10. 13.까지입니다. 당초 신고 때 빠뜨린 공제는 늘어난 세액이 아니므로 2029. 5. 31.까지 통상 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.

경정청구를 하면 세무서는 언제까지 답해야 하나요?

세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 세액을 줄여 주거나, 줄일 이유가 없다는 뜻을 알려야 합니다. 2개월 안에 처리하기 어려우면 진행 상황과 함께 불복할 수 있다는 사실을 알려야 합니다.

2개월 안에 아무 통지를 받지 못했다면 결과를 기다리지 않고 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 거부 통지를 받으면 그 거부가 처분이 되므로, 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

분리과세 이자·배당소득처럼 원천징수로 과세가 끝나는 소득이나 비거주자의 국내원천소득에 대해 원천징수의무자 관할 세무서에 낸 경정청구는 세무서가 30일 안의 기간을 정해 보정을 요구할 수 있고, 보정 기간은 2개월에 넣지 않습니다. 보정 요구서를 받으면 적힌 기간 안에 자료를 내야 처리 기간이 다시 흘러갑니다.

신고하지 않고 고지만 받은 사람도 경정청구를 할 수 있나요?

통상 경정청구는 신고서를 낸 사람의 제도입니다. 신고하지 않아 세무서가 처음부터 결정·고지했다면 통상 경정청구 대상이 아니고, 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다. 이 기간을 넘기면 판결이나 계약 해제 같은 후발적 사유가 생긴 경우에만 그 사유를 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 그래서 무신고 상태에서 고지를 받았다면 경정청구를 기다리지 말고 90일 안에 불복 여부부터 정해야 합니다.

예외도 있습니다. 근로소득만 있어 연말정산으로 끝난 사람과 종합부동산세를 고지받은 사람은 신고서를 내지 않았어도 각각 연말정산세액 납부기한, 종합부동산세 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

경정청구가 받아들여지지 않으면 어떻게 다투나요?

거부 통지를 받으면 조세심판원에 심판청구를 하거나, 국세청 심사청구를 거쳐 행정소송으로 갑니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 심판청구 결정에도 불복하면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 제기합니다. 다만 기한을 넘겨 낸 경정청구는 처음부터 부적법해서, 세무서가 거절하더라도 다툴 수 있는 거부처분으로 보지 않는다는 것이 대법원 판례입니다(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결). 기한 계산을 잘못하면 불복할 길이 함께 막힐 수 있습니다.

경정청구 대응 순서

• 기한 두 가지 계산 - 당초 신고분은 법정신고기한 뒤 5년, 세무서가 늘린 부분은 통지를 받은 날부터 3개월로 따로 계산합니다.
• 심판청구 기한 확인 - 고지서를 받았다면 90일 심판청구 기한이 더 먼저 끝나는지 확인합니다.
• 근거 정리 - 과다 신고 사유와 증빙을 항목별로 정리해 결정(경정)청구서에 결정 전·후 세액과 이유를 적습니다.
• 청구서 제출 - 관할 세무서에 내고 접수일을 보관합니다.
• 2개월 경과 관리 - 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 불복할 수 있으므로 날짜를 관리합니다.
• 거부 뒤 심판청구 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고 쟁점을 다시 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다투는 세액이 당초 신고분인지 세무서가 늘린 부분인지, 언제 통지를 받았는지에 따라 쓸 절차와 기한이 달라집니다. 법무법인 윤성은 경정청구서 작성과 경정거부처분에 대한 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구 5년은 신고한 날부터 세나요?
  아닙니다. 신고한 날이 아니라 법정신고기한이 지난 날부터 셉니다. 예를 들어 2025년 귀속 종합소득세는 법정신고기한이 2026. 5. 31.이므로 실제로 언제 신고했든 2031. 5. 31.까지 경정청구를 할 수 있습니다.
• 세무서가 늘린 세금도 5년 안에만 청구하면 되나요?
  아닙니다. 결정·경정으로 늘어난 세액은 그 처분을 안 날(통지를 받은 날)부터 3개월 안에 청구해야 하고, 그 3개월도 법정신고기한 뒤 5년을 넘을 수 없습니다. 2025. 1. 1.부터 종전 90일에서 3개월로 바뀌었습니다.
• 경정청구와 심판청구를 함께 할 수 있나요?
  늘어난 세액에 대해서는 두 절차의 기한이 겹칩니다. 심판청구는 고지를 받은 날부터 90일, 경정청구는 3개월이어서 심판청구 기한이 먼저 끝날 수 있습니다. 어느 절차로 다툴지 정하기 전에 90일이 지나지 않도록 날짜부터 확인합니다.
• 경정청구 뒤 2개월이 지났는데 아무 연락이 없습니다.
  2개월 안에 통지를 받지 못했다면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 결과를 기다리지 않고 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 세무서가 진행 상황을 알려 온 경우에도 불복할 수 있다는 점은 같습니다.
• 신고를 안 하고 고지만 받았는데 경정청구가 되나요?
  통상 경정청구는 신고서를 낸 사람이 할 수 있어 무신고 뒤 고지분은 원칙적으로 대상이 아닙니다. 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다투고, 그 뒤에는 판결·계약 해제 같은 후발적 사유가 있을 때만 경정청구를 합니다.
• 기한을 넘겨 경정청구했는데 거부되면 소송할 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원은 기한이 지난 뒤 낸 경정청구는 부적법하여 세무서가 거절하더라도 항고소송의 대상인 거부처분으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 같은 사유로 다시 청구해도 결과가 같으므로 기한 안에 청구하는 것이 먼저입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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