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부가가치세

계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 실제 거래한 회사가 계열사의 사업자등록을 이용해 그 명의로 세금계산서를 주고받으면 사실과 다른 세금계산서가 되어 원칙적으로 매입세액이 공제되지 않습니다. 대법원은 명의만 빌려 직접 운영한 사업장과 달리 이런 경우는 가공 세금계산서 가산세와 미발급가산세까지 문제 된다고 보았습니다. 지금은 거래별로 실제 계약과 대금 수령을 누가 했는지 확인해 두십시오.

기한

매입세액 불공제와 가산세 고지에 불복하려면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구 등을 해야 합니다. 거래처가 받은 고지도 기한이 따로 진행되므로 각자의 고지일을 확인하십시오.

물건과 돈이 실제로 오갔다는 사실을 증명하려고 운송장과 입고 기록부터 모두 모을 필요는 없습니다. 이 쟁점은 거래의 존재가 아니라 세금계산서에 적힌 사업자가 실제 거래 당사자인지에서 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

포장재를 납품하는 F사는 2022년 대표가 인수한 작은 회사 G사의 사업자등록을 이용해, 실제로는 F사가 사서 F사가 납품하는 원재료를 G사가 사고판 것처럼 세금계산서를 주고받았습니다. 거래처는 G사 명의 세금계산서를 받고 대금도 G사 계좌로 보냈습니다. 2026년 세무조사에서 세무서는 F사의 매입세액을 공제하지 않고 세금계산서 미발급가산세까지 붙였고, 거래처에도 매입세액 불공제를 통보했습니다. F사는 물건이 실제로 오갔고 금액도 맞는데 왜 공제가 안 되느냐고 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?

원칙적으로 받을 수 없습니다. 실제로 거래한 회사가 다른 회사의 사업자등록을 이용해 그 회사 명의로 세금계산서를 주고받았다면, 공급자나 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 적힌 세금계산서여서 매입세액이 공제되지 않습니다.

대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결은 라면스프 원료와 포장박스를 실제로 사고판 회사들이 페이퍼컴퍼니 자회사 명의로 세금계산서를 주고받은 사건입니다. 원심은 명의만 빌린 것이라 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 보았지만, 대법원은 자회사 명의 세금계산서는 자회사의 거래를 나타낸 것일 뿐 실제 거래자가 발급ㆍ수취한 것으로 볼 수 없다고 보아 이 부분을 파기했습니다.

명의만 빌린 사업장이면 결론이 달라지나요?

달라질 수 있습니다. 실제 사업자가 사업체를 직접 운영하면서 사업자등록 명의만 다른 사람으로 해 둔 경우라면, 그 사업자가 세금계산서를 주고받는 주체이고 적힌 수량과 가격대로 거래가 있었다면 사실과 다른 세금계산서가 아닙니다.

대법원은 두 경우를 가르는 기준으로 제3자 명의 거래가 세원 포착을 얼마나 어렵게 했는지와 세금 탈루 가능성을 들고, 명의자와 실제 운영자의 관계, 사업자등록을 이용하게 된 동기와 시기, 자금 관리 방식, 명의자가 얻은 이익 등을 종합해 신중하게 판단하라고 했습니다. 판결 사안에서는 이미 각자 사업자등록이 있던 회사들이 매출 외형을 자회사로 옮겨 대표의 횡령 자금을 만든 것이어서 명의 대여로 보기 어렵다고 했습니다.

거래처가 명의위장 사실을 몰랐다면 공제받을 수 있나요?

공제받을 여지가 있습니다. 대법원은 실제 공급자에게서 재화를 받은 거래상대방이 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 있으면 매입세액을 공제받을 수 있다는 전제에서 판단했습니다. 몰랐다는 사정은 공제를 주장하는 쪽이 보여 주어야 합니다.

착오로 필요적 기재사항 일부가 잘못 적혔지만 나머지 기재사항으로 거래 사실이 확인되는 경우도 공제가 허용됩니다. 다만 일부러 다른 회사 명의를 쓴 경우는 착오에 해당하지 않습니다.

명의위장 세금계산서에는 어떤 가산세가 붙나요?

실제 공급자가 아닌 명의로 세금계산서를 발급하거나 그런 세금계산서를 받으면 공급가액의 2퍼센트, 재화 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 받으면 공급가액의 4퍼센트(2025년까지 발급·수취한 분은 3퍼센트) 가산세가 붙습니다. 실제 공급한 회사는 자기 이름의 세금계산서를 발급하지 않은 것이 되어 미발급가산세도 문제 됩니다.

명의위장 세금계산서 관련 가산세
대상사유가산세
명의자 회사재화 공급 없이 발급ㆍ수취공급가액 4퍼센트(2025년분 3퍼센트)
실제 공급자 아닌 명의 발급명의위장 발급공급가액 2퍼센트
실제 공급 회사확정신고 기한까지 미발급공급가액 2퍼센트

출처 - 부가가치세법 제60조 제2항 제2호, 제3항

대법원은 명의자인 자회사에는 재화 공급 없이 세금계산서를 발급ㆍ수취한 가공 가산세가, 실제 공급한 모회사에는 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 않은 미발급가산세가 부과될 소지가 크다고 보았습니다.

명의위장 세금계산서는 몇 년 전 것까지 문제 되나요?

부정행위로 세금계산서 관련 가산세 대상이 되면 본세를 포탈하지 않았더라도 그 가산세의 부과제척기간은 10년입니다. 본세를 부정행위로 포탈했다면 본세는 물론 과소신고ㆍ납부지연 가산세에도 10년 제척기간이 적용됩니다.

판결은 2014. 12. 23. 개정 전 국세기본법을 적용해 같은 결론을 냈고, 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」도 같은 구조로 규정하고 있습니다. 판결 사안에서는 2008년부터 2017년까지의 거래가 2019년에 한꺼번에 과세됐습니다.

명의위장 세금계산서 대응 순서

  • 실제 거래 주체 확인 - 계약, 발주, 납품, 대금 수령을 실제로 누가 했는지 거래별로 정리합니다. 명의자와 실제 거래자가 다르면 불공제 위험이 큽니다.
  • 명의 사용 경위 정리 - 명의자 회사의 설립ㆍ인수 시기, 사업자등록 시기, 독자 사업 여부를 확인합니다. 명의 대여형인지 가공 명의형인지가 갈립니다.
  • 거래처의 인식 확인 - 거래처가 명의위장을 알았는지 협상 기록과 담당자 연락 내역으로 확인합니다. 몰랐다는 사정은 공제의 예외 근거가 됩니다.
  • 가산세ㆍ제척기간 계산 - 가산세 종류별 요율과 부정행위 여부에 따른 제척기간을 계산합니다. 다툴 연도 범위가 정해집니다.
  • 심판청구 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 청구하고, 형사 절차가 진행 중이면 진술 방향을 맞춥니다.

여기까지는 일반 기준이고, 허위 세금계산서 형사 고발이 함께 진행되거나 공급가액이 큰 경우에는 조사 기록과 거래 증빙을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 부과처분 불복과 형사 방어를 수행합니다.

실무상 착안점

물건이 실제로 오가고 금액도 맞으면 세금계산서 명의가 조금 달라도 괜찮다고 여기는 사업자가 많습니다. 부가가치세에서는 누가 거래했는지가 거래 사실만큼 무겁습니다. 실제 거래자와 명의자가 다르면 매입세액 불공제와 여러 가산세가 한꺼번에 붙습니다.

다툼의 재료는 명의 사용의 경위를 보여 주는 기록입니다. 명의자 회사를 언제 세우거나 인수했는지, 사업자등록이 언제 났는지, 대금이 누구 계좌로 들어가 어디에 쓰였는지가 명의 대여형과 가공 명의형을 가릅니다. 거래처가 명의위장을 몰랐다는 사정도 협상 기록과 연락 내역으로 남아야 합니다.

이 기록은 조세 불복과 형사 절차에서 함께 쓰입니다. 같은 사실관계가 허위 세금계산서 형사 사건으로 이어지는 일이 많고, 형사 판결의 사실 인정이 조세 소송에도 영향을 줍니다. 세무조사 단계의 소명부터 두 절차를 함께 보고 진술을 맞춰야 합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 불복과 형사 사건을 수행해 왔으며, 거래별 실제 당사자와 명의 사용 경위를 먼저 확정한 뒤 매입세액 공제와 가산세, 제척기간을 함께 검토하는 방식으로 대응합니다.

  • 허위 세금계산서 관련 부가가치세 과세 다툼
  • 특정범죄가중처벌법(허위세금계산서) 형사 방어
  • 매출누락·허위 세금계산서 관련 세무조사 대응
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.

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