세금

해외 본사에 낸 경영관리수수료가 세무조사에서 손금으로 인정되지 않는다면 어떻게 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

해외 본사에 낸 경영관리수수료는 사전 약정과 실제 제공, 수익·비용 절감 기대, 중복 용역 아님, 증명 문서 보관의 네 요건을 갖춰야 손금이 됩니다. 서울고법 2021누37641 판결은 정상가격 적법 산출의 증명책임을 과세관청에 두고, 간접 배분 방식 수수료 과세를 취소했습니다.

외국계 기업의 국내 법인이 해외 본사나 지역본부에 내는 경영관리수수료는 세무조사에서 자주 문제 됩니다. 그렇다고 국내에도 비슷한 부서가 있다는 이유만으로 수수료 전부가 부인되는 것은 아닙니다. 시행령이 정한 손금 요건을 갖췄는지, 과세관청이 정상가격을 적법하게 산출했는지를 차례로 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 독일 본사가 지분 전부를 가진 산업장비 판매법인입니다. 2022년부터 2024년까지 싱가포르 지역본부를 통해 IT, 인사, 법무, 재무 서비스 명목의 경영관리수수료를 해마다 30억원씩 냈고, 지역본부는 그룹 전체 비용을 각국 법인의 매출액 비율로 나눠 청구했습니다. 2026. 6. 법인세 조사에서 조사관은 D사에도 재무팀과 인사팀이 있어 용역이 중복되고 실제로 받은 용역을 확인할 자료가 부족하다며 수수료 대부분을 손금에서 빼겠다고 했습니다. D사 재무이사 E씨는 어떤 자료가 있어야 손금으로 인정되는지, 빠진 금액은 어떻게 처분되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

경영관리수수료가 손금으로 인정되려면 무엇이 필요한가요?

시행령은 국외특수관계인과의 용역거래가 네 요건 중 하나라도 갖추지 못하면 그 비용을 손금에 산입하지 않는다고 정합니다. 첫째, 용역 제공자가 사전에 약정을 맺고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공해야 합니다. 둘째, 용역을 받는 국내 법인이 그 용역으로 추가 수익이나 비용 절감을 기대할 수 있어야 합니다. 셋째, 같은 용역을 다른 특수관계인이 스스로 수행하거나 제3자가 다른 특수관계인을 위해 제공하고 있지 않아야 합니다. 넷째, 첫째와 둘째 사실을 증명하는 문서를 보관·비치해야 합니다.

요건을 갖췄다면 다음 단계는 금액입니다. 지급한 수수료가 정상가격을 넘는다면 그 차이가 조정됩니다.

국내 법인에도 같은 부서가 있으면 중복 용역인가요?

부서 이름이 같다는 것만으로 중복이라고 단정할 수는 없습니다. 셋째 요건이 문제 삼는 것은 같은 용역을 다른 특수관계인이 이미 하고 있는 경우입니다. 국내 재무팀이 결산과 신고를 하고 본사는 그룹 회계정책과 연결결산 시스템을 운영한다면, 두 기능은 성격이 다를 수 있습니다. 사업 및 조직구조 개편, 구조조정, 경영의사 결정의 오류를 줄이는 등 합리적인 사유로 일시적으로 중복된 용역을 받는 경우도 예외로 인정됩니다.

그래서 조사 대응에서는 국내 부서와 본사 부서가 각각 무엇을 했는지를 업무 단위로 대조한 자료가 필요합니다.

그룹 비용을 나눠 받는 방식도 인정되나요?

인정될 수 있습니다. 서울고등법원 2023. 7. 7. 선고 2021누37641 판결의 원고는 그룹 계열사들이 서로 제공한 경영관리용역 비용을 해외 계열사를 거쳐 간접 청구·배분 방식으로 정산해 왔습니다. 법원은 같은 회사의 이전 사업연도 사건에서 간접청구방식의 필요성, 용역 제공의 실재성, 배부기준의 합리성이 인정되어 확정되었고 그 뒤 운영체계가 크게 달라지지 않았다는 점을 들어, 이 수수료를 정상가격 계산에서 빼야 할 영업비용으로 보았습니다.

시행규칙도 간접 청구 방식이면 비용 배분 또는 할당에 관한 자료를 과세관청이 요구할 수 있다고 정합니다. 매출액 비율처럼 배분 기준을 쓴다면 그 기준이 용역의 혜택과 어떻게 연결되는지를 설명할 수 있어야 합니다.

정상가격이 틀렸다는 점은 누가 증명하나요?

같은 2021누37641 판결은 정상가격이 적법하게 산출되었다는 점의 증명책임이 과세관청에 있다고 보았습니다. 그 사건에서는 회사가 자료 제출 요구에 충실히 응하지 않아 다른 사업연도 조사 때 92회에 걸쳐 모두 18억 4,000만원의 과태료가 부과되기도 했습니다. 그런데도 법원은 자료 제출 의무를 게을리했다는 사정만으로 증명책임이 회사로 넘어가지 않는다고 했습니다. 과세관청이 이익분할방법을 고른 것 자체는 정당하지만, 분할할 이익에서 계열사들의 경영관리용역 원가를 빼지 않았고 상대적 공헌도도 잘못 정했다며 관련 법인세 부과처분과 이전소득금액통지처분을 취소했습니다.

다만 현행법은 자료를 기한까지 내지 않으면 과세관청이 유사 사업자 자료 등으로 정상가격을 추정할 수 있게 하고 있어, 자료 미제출을 방어 수단으로 삼기는 어렵습니다.

손금에서 빠진 수수료는 어떻게 처분되나요?

정상가격 조정으로 익금에 산입된 금액은 해외 관계사에서 돌려받았다는 확인이 없으면 처분됩니다. 상대방이 국내 법인의 주주이거나 주주·자회사가 아닌 계열사라면 배당으로 처분되고, 이 금액은 외국법인의 국내원천 배당소득이 되어 국내 법인이 원천징수의무를 집니다. 2021누37641 사건에서도 과세관청은 먼저 임시유보로 통지했고, 90일 안에 반환 확인서가 제출되지 않자 배당 처분에 따른 이전소득금액통지를 했습니다. 반환 기한과 원천징수 문제는 「이전가격 조정액을 배당으로 처분한다는 통지를 받았다면, 해외 관계사에서 돌려받으면 되나요?」에서 설명했습니다.

해외 본사 경영관리수수료 대응 순서

• 약정서 확인 - 수수료를 내기 전에 맺은 용역 약정서와 개정 이력, 서비스 범위 목록을 모읍니다.
• 용역 실재 증빙 정리 - 본사가 실제로 제공한 보고서, 시스템, 교육, 회의 기록을 항목별로 연결합니다.
• 중복 여부 대조 - 국내 부서와 본사 부서의 업무를 단위별로 비교해 기능 차이를 설명합니다.
• 배분 기준 검토 - 그룹 비용 배분 자료를 받아 기준과 금액이 합리적인지 확인합니다.
• 처분과 불복 준비 - 임시유보 처분 통지 뒤 90일 기한과 반환 여부를 정하고, 결과통지 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 용역 약정과 실재 증빙, 국내 부서와의 기능 차이, 배분 기준의 합리성에 따라 손금 인정 범위와 처분 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 외국계 기업의 경영관리수수료 조사 대응과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해외 본사에 낸 경영관리수수료는 모두 손금이 되나요?
  아닙니다. 사전 약정에 따른 실제 용역 제공, 국내 법인의 추가 수익이나 비용 절감 기대, 다른 특수관계인과의 중복 없음, 이를 증명하는 문서 보관의 네 요건 중 하나라도 빠지면 손금에 산입하지 않습니다.
• 국내에도 재무팀이 있으면 본사 재무 서비스는 중복인가요?
  부서 이름이 같다는 것만으로 중복이라고 단정할 수 없습니다. 같은 용역을 다른 특수관계인이 이미 하고 있는지가 기준이고, 조직 개편 등 합리적 사유로 일시적으로 중복된 경우는 예외로 인정됩니다.
• 그룹 비용을 매출액 비율로 배분받은 수수료도 인정되나요?
  인정될 수 있습니다. 서울고법 2021누37641 판결은 간접 청구·배분 방식의 필요성과 배부기준의 합리성이 인정된 사정을 들어 그 수수료를 영업비용으로 보았습니다. 배분 기준이 용역의 혜택과 연결된다는 설명이 필요합니다.
• 정상가격이 틀렸다는 증명은 회사가 해야 하나요?
  정상가격이 적법하게 산출되었다는 점의 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 2021누37641 판결은 회사가 자료 제출을 게을리해 과태료를 받은 사정이 있어도 그것만으로 증명책임이 회사로 넘어가지 않는다고 했습니다.
• 자료를 내지 않으면 과세관청이 어떻게 하나요?
  부득이한 사유 없이 기한까지 내지 않으면 1억원 이하 과태료가 부과될 수 있고, 과세관청은 유사 사업자 자료 등 확보할 수 있는 자료로 정상가격을 추정해 과세할 수 있습니다. 미제출이 방어 수단이 되기는 어렵습니다.
• 손금에서 빠진 수수료는 본사에 대한 배당이 되나요?
  돌려받았다는 확인이 없으면 상대방이 주주이거나 주주·자회사가 아닌 계열사일 때 배당으로 처분됩니다. 그 전에 임시유보로 처분되고, 통지서를 받은 날부터 90일 안에 반환 확인서를 내면 처분하지 않습니다.
• 배당으로 처분되면 국내 법인이 원천징수해야 하나요?
  국제조세조정법에 따라 배당으로 처분된 금액은 외국법인의 국내원천 배당소득이어서 국내 법인이 원천징수의무를 집니다. 국내법 세율은 20%이고 조세조약 제한세율 적용 여부를 따로 봅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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