세금

이전가격 세무조사 결과통지를 받았다면 고지 전에 무엇을 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

이전가격 조사 결과통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 대법원 2025다210837은 그 기회를 주지 않은 과세처분을 원칙적으로 무효로 보았습니다. 조사 중 늦게 낸 자료는 불복 단계에서 쓰이지 않을 수 있으므로, 비교대상업체와 계산 오류를 고지 전에 다투는 것이 중요합니다.

이전가격 조사 결과통지는 아직 세금이 확정된 단계가 아닙니다. 고지 전에 산출방법과 비교대상, 계산 오류를 바로잡을 기회가 남아 있고, 이때 낸 자료와 주장이 이후 심판청구와 소송의 바탕이 됩니다. 다만 조사 중 자료를 늦게 냈다면 그 자료를 나중에 쓸 수 있는지부터 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

F사는 반도체 장비 부품 제조업체로 대만과 중국에 판매법인을 두고 있습니다. 2026. 4. 시작된 법인세 조사에서 정상가격 산정 자료를 요구받았지만 해외 법인 자료를 모으느라 일부를 기한보다 늦게 냈습니다. 2026. 10. 8. 받은 결과통지에서 조사청은 거래순이익률방법을 적용하면서 비교대상업체 9곳 중 5곳을 완제품 제조업체로 골랐고, 2021~2024 사업연도 합계 52억원을 익금에 산입하겠다고 했습니다. F사 대표 G씨는 과세전적부심사를 해 볼 실익이 있는지, 2025년 이후에도 같은 방식으로 과세되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

결과통지 뒤 30일 안에 무엇을 할 수 있나요?

과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구하고, 그 기관은 청구를 받은 날부터 30일 안에 채택, 일부 채택, 재조사, 심사하지 않는다는 결정을 통지해야 합니다. 조세범 처벌법 위반으로 고발이나 통고처분을 하는 경우, 결과통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 등은 이 절차가 적용되지 않습니다.

대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결은 예외사유가 없는데도 세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정이 있기 전에 한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해해 원칙적으로 무효라고 했습니다. 법인세 부과처분과 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 별개의 처분이어서, 법인세 포탈로 고발이나 통고처분을 했더라도 소득금액변동통지에 대해서는 과세전적부심사 기회를 주어야 한다고도 했습니다. 이전소득금액통지에 이 법리를 직접 적용한 대법원 판결은 아직 없지만 같은 취지로 볼 여지가 있습니다.

조사 때 늦게 낸 자료는 쓸 수 없나요?

자료 제출을 요구받은 납세의무자가 부득이한 사유 없이 기한까지 내지 않고 불복신청이나 상호합의 때 그 자료를 내면, 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 않을 수 있습니다. 「않을 수 있다」이므로 언제나 배제되는 것은 아니고, 늦어진 사정이 부득이한 사유에 해당하는지가 쟁점이 됩니다. 해외 법인 자료 확보가 늦어진 경위, 연장 신청 여부를 기록으로 남겨야 합니다.

자료를 끝내 내지 않으면 과세관청은 유사 사업자 자료 등으로 정상가격을 추정해 과세할 수 있습니다. 과세전적부심사 단계에서 빠진 자료를 보완해 두는 것이 이후 절차에서 다툴 범위를 지키는 방법입니다.

조사청이 고른 비교대상업체는 어떻게 다투나요?

비교대상과 우리 회사 사이의 차이가 본질적이고 이익률에 중대한 영향을 주는지, 그 차이를 합리적으로 조정했는지가 핵심입니다. 대법원 2025. 10. 16. 선고 2024두54065 판결은 같은 회사의 두 사업 부문을 다르게 판단했습니다. 소형가전 부문은 국내 법인의 기능이 제한적인데 완전판매업자를 비교대상으로 삼았다며 정상가격 산출이 적법하지 않다고 본 원심 결론을 수긍했습니다. 반면 의료장비 부문은 과세관청이 비슷한 거래를 하는 업체를 고르고 최선의 노력으로 확보한 자료로 합리적으로 산출했다고 볼 여지가 충분하다고 보았고, 정당한 세액을 새로 산출해야 한다며 원심판결 전부를 파기해 환송했습니다. 비교대상 판단의 판례 기준은 「해외 관계회사와의 거래가격이 정상가격이 아니라며 과세됐다면 소송에서 무엇을 다투나요?」에서 자세히 정리했습니다.

다른 연도에도 같은 방식으로 과세되나요?

과세당국이 같은 산출방법으로 둘 이상 과세연도의 정상가격을 산출하고 일부 연도를 경정하면 나머지 연도도 그 정상가격으로 경정해야 합니다. 조사 대상이 아닌 연도라도 같은 거래 구조가 이어지면 다음 조사에서 같은 쟁점이 나올 수 있습니다.

회사가 먼저 정리할 수도 있습니다. 거래가격이 정상가격과 다르면 회사는 정상가격으로 조정한 과세표준을 수정신고하거나 경정청구할 수 있습니다. 앞으로의 기간은 정상가격 산출방법 사전승인을 신청하면서 지난 과세연도에 소급 적용을 함께 신청하는 방법도 있습니다. 결과통지 단계에서 회사가 쓴 방법을 어떻게 기록해 두었는지는 가산세 판단에도 영향을 주므로 「이전가격 과세를 받아도 과소신고가산세를 내지 않을 수 있는 경우가 있나요?」도 함께 보시기 바랍니다.

상대국 과세와 겹치면 언제 상호합의를 신청하나요?

조세조약에 따라 우리나라와 상대국 사이에 조세조정이 필요하면 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청할 수 있고, 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나 신청하면 국세청장이 상대국에 개시를 요청하지 않을 수 있습니다. 해외 판매법인 쪽 소득을 줄이는 대응조정이 필요하다면 국내 불복과 함께 일정을 짜야 합니다.

이전가격 조사 결과통지 대응 순서

• 기한 확인 - 결과통지를 받은 날부터 30일 만료일과 부과제척기간이 3개월 이하로 남은 연도가 있는지 확인합니다.
• 자료 제출 경위 정리 - 조사 중 요구받은 자료, 제출일, 늦어진 사유와 연장 신청 내역을 표로 만듭니다.
• 산출 내역 대조 - 산출방법, 비교대상업체 목록, 차이 조정 여부, 연도별 계산을 한 줄씩 검토합니다.
• 과세전적부심사 청구서 작성 - 비교대상 부적합과 계산 오류를 근거 자료와 함께 정리해 청구합니다.
• 이후 절차 설계 - 고지 뒤 불복 90일, 상호합의 3년, 다음 연도 신고 방식을 함께 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 중 자료 제출 경위와 비교대상업체의 기능 차이, 남은 부과제척기간에 따라 고지 전 대응의 실익이 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 세무조사 결과통지 대응과 과세전적부심사, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이전가격 조사 결과통지를 받으면 바로 세금이 확정되나요?
  아닙니다. 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 청구를 받은 기관은 30일 안에 결정을 통지해야 합니다. 고발·통고처분이나 부과제척기간 만료가 3개월 이하로 남은 경우 등은 예외입니다.
• 과세전적부심사 결정 전에 고지서가 나오면 어떻게 되나요?
  대법원 2025다210837 판결은 예외사유가 없는데도 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정 전에 한 과세처분은 절차상 하자가 중대하고 명백해 원칙적으로 무효라고 했습니다. 법인세와 소득금액변동통지는 별개 처분으로 보았습니다.
• 조사 때 늦게 낸 자료는 심판청구에서 쓸 수 없나요?
  부득이한 사유 없이 기한까지 내지 않은 자료를 불복신청이나 상호합의 때 내면 과세 자료로 이용하지 않을 수 있습니다. 재량 규정이므로 늦어진 사정이 부득이한 사유인지가 쟁점이 됩니다.
• 자료 제출 기한은 얼마나 되나요?
  자료 제출을 요구받은 날부터 60일 안에 내야 하고, 부득이한 사유로 연장을 신청하면 60일 범위에서 한 차례 연장이 승인될 수 있습니다. 기한까지 내지 않으면 과세관청이 정상가격을 추정할 수 있습니다.
• 비교대상업체가 우리와 다르면 과세가 잘못된 건가요?
  차이가 본질적이고 이익률에 중대한 영향을 주는데 합리적 조정이 없다면 정상가격으로 볼 수 없습니다. 다만 대법원 2024두54065 판결처럼 비슷한 거래를 하는 업체를 고르고 최선의 노력으로 합리적으로 산출했다면 차이 조정이 없다는 이유만으로 틀렸다고 단정하지 않습니다.
• 조사받지 않은 연도에도 같은 방식이 적용되나요?
  과세당국이 같은 산출방법으로 둘 이상 과세연도의 정상가격을 산출해 일부 연도를 경정하면 나머지 연도도 그 정상가격으로 경정해야 합니다. 회사도 정상가격 기준 수정신고나 경정청구를 할 수 있습니다.
• 상호합의는 언제까지 신청해야 하나요?
  조세조약에 따른 조세조정이 필요하면 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청할 수 있고, 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나 신청하면 개시 요청이 거절될 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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