세금

이전가격 과세를 받아도 과소신고가산세를 내지 않을 수 있는 경우가 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

이전가격 조정으로 법인세가 늘어도, 신고 때 정상가격 산출방법 증명자료를 보관했거나 개별기업보고서를 기한까지 내고 합리적으로 방법을 골랐다면 과소신고가산세를 부과하지 않습니다. 상호합의나 일방적 사전승인에서 과실이 없다고 확인된 경우도 같습니다. 증명자료 항목과 합리성 판정 기준을 정리했습니다.

이전가격 조정으로 법인세가 늘면 보통 과소신고가산세도 함께 나옵니다. 그런데 국제조세조정법은 납세자가 신고할 때 정상가격 산출방법을 합리적으로 고르고 그 과정을 기록해 두었다면, 결과적으로 정상가격과 차이가 났더라도 과소신고가산세를 부과하지 않는 특례를 둡니다. 신고 때 남겨 둔 서류가 조사 뒤의 가산세를 가릅니다.

이런 상담이 많습니다

G사는 의료기기 제조업체로 미국과 독일에 판매법인을 두고 있고, 매출액 규모상 개별기업보고서 제출 대상은 아닙니다. 대신 매년 법인세 신고 때 외부 전문기관에 이전가격 분석을 맡겨 비교대상업체 선정 과정과 산출방법 선택 이유를 담은 보고서를 받아 보관해 왔습니다. 2026. 9. 조사에서 조사관은 비교대상 범위를 달리 잡아 2023 사업연도 법인세 1억 2,000만원과 과소신고가산세 1,200만원을 추징하겠다고 예고했습니다. G사 대표 H씨는 그 보고서가 있으면 가산세는 빠질 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이전가격 과세에도 과소신고가산세가 붙나요?

원칙적으로 붙습니다. 법정신고기한까지 신고했지만 납부할 세액을 적게 신고하면 과소신고한 세액의 10%가 가산세입니다. 부정행위로 과소신고했다면 40%, 그 부정행위가 역외거래에서 생긴 것이면 60%로 올라갑니다. 이전가격 조정은 대부분 거래가격 판단의 차이에서 생기므로 10% 가산세가 문제 되는 경우가 많습니다.

여기에 납부지연가산세가 따로 계산됩니다. 국제조세조정법의 특례는 과소신고가산세만 정하고 있어 납부지연가산세는 별도로 따져야 합니다.

어떤 경우에 과소신고가산세를 부과하지 않나요?

세 가지 경우입니다. 첫째, 신고한 거래가격과 정상가격의 차이에 납세의무자의 과실이 없다고 상호합의절차 결과로 확인되는 경우입니다. 둘째, 일방적 사전승인을 받은 경우로서 국세청장이 과실이 없다고 판정하는 경우입니다. 셋째, 소득세나 법인세를 신고할 때 적용한 정상가격 산출방법의 증명자료를 보관·비치하거나 개별기업보고서를 기한까지 제출하고, 합리적 판단에 따라 그 방법을 선택해 적용한 것으로 인정되는 경우입니다.

G사 같은 회사가 기댈 곳은 셋째입니다. 개별기업보고서 제출 대상이 아니더라도 증명자료를 보관·비치하는 길이 열려 있습니다. 반대로 개별기업보고서 제출 대상인 회사는 보고서를 기한까지 냈는지가 먼저 확인되고, 국제거래정보통합보고서는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 12개월 안에 내야 합니다. 기한을 넘겼다면 증명자료 보관·비치 요건으로 다시 주장할 수 있는지 따져 봅니다.

증명자료로 무엇을 갖춰 두어야 하나요?

시행령은 증명자료를 구체적으로 정합니다. 사업에 관한 개략적 설명자료와 자산·용역 가격에 영향을 주는 요소의 분석자료, 국외특수관계인과의 구조를 설명하는 자료, 그리고 산출방법을 선택하게 된 경위를 확인할 수 있는 자료입니다. 마지막 자료에는 선택 근거가 된 경제적 분석과 예측 자료, 비교대상 수치와 조정 내용의 설명, 대안이 될 수 있었던 다른 방법과 그 방법을 택하지 않은 이유, 신고 때 추가된 관련 자료가 들어갑니다.

과세당국이 요구하면 요구받은 날부터 30일 안에 내야 합니다. 신고 뒤에 급히 만든 자료는 「신고할 때 적용한 방법」의 증명자료로 인정받기 어려우므로, 작성 시점이 드러나도록 보관하는 것이 좋습니다.

합리적 판단이었는지는 어떻게 보나요?

시행령은 세 요건을 고려하라고 합니다. 과세기간 종료 시점을 기준으로 모은 비교대상 수치가 대표성이 있고, 반드시 넣어야 할 수치를 빼서 납세자에게 유리한 결과를 끌어내지 않았어야 합니다. 모은 자료를 체계적으로 분석해 산출방법을 선택·적용했어야 합니다. 이전 과세연도 사전승인에서 합의된 방법이나 과세당국이 세무조사에서 택한 방법이 있는데 다른 방법을 썼다면 그 타당한 이유가 있어야 합니다.

조사청이 다른 비교대상 범위를 잡았다는 사정만으로 회사의 선택이 곧바로 비합리적이 되는 것은 아니라고 볼 수 있습니다. 회사 분석에서 특정 수치를 빼거나 넣은 이유를 설명할 수 있는지가 관건입니다.

신고 뒤에 새 자료를 알게 됐다면 어떻게 하나요?

신고 시점에는 확인할 수 없었던 정상가격 산출방법 관련 중요 자료를 신고기한이 지난 뒤 알게 됐다면, 그 사실을 안 때부터 60일 안에 수정신고하면 가산세를 부과하지 않습니다. 이때도 증명자료와 합리적 판단 기준이 똑같이 적용됩니다. 사전승인을 받은 거주자가 그 승인 내용에 따라 수정신고하는 경우도 가산세가 없습니다.

조사 결과통지를 이미 받았다면 가산세 특례 주장도 과세전적부심사에서 함께 내야 합니다. 그 절차는 「이전가격 세무조사 결과통지를 받았다면 고지 전에 무엇을 다툴 수 있나요?」에서 설명했습니다.

이전가격 가산세 특례 대응 순서

• 신고 당시 자료 확인 - 신고 때 보관한 이전가격 분석 자료의 작성일과 내용을 확인합니다.
• 증명자료 항목 대조 - 시행령 제39조 제2항의 각 항목이 빠짐없이 들어 있는지 점검합니다.
• 합리성 설명 준비 - 비교대상 선정 기준, 제외한 수치와 그 이유, 다른 방법을 택하지 않은 이유를 정리합니다.
• 30일 안 제출 - 과세당국의 요구를 받은 날부터 30일 안에 자료를 냅니다.
• 가산세 부분 불복 - 결과통지나 고지에 과소신고가산세가 포함됐다면 본세와 별도로 특례 적용을 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신고 당시 보관한 증명자료의 내용과 작성 시점, 비교대상 선정이 합리적이었다고 설명할 수 있는지에 따라 가산세 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 과세의 본세·가산세 불복과 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이전가격 조정으로 세금이 늘면 가산세도 붙나요?
  원칙적으로 과소신고한 세액의 10%가 과소신고가산세로 붙고, 부정행위면 40%, 역외거래 부정행위면 60%입니다. 납부지연가산세도 따로 계산됩니다. 다만 국제조세조정법의 특례 요건을 갖추면 과소신고가산세는 부과하지 않습니다.
• 어떤 경우에 과소신고가산세가 빠지나요?
  상호합의 결과 과실이 없다고 확인된 경우, 일방적 사전승인을 받고 국세청장이 과실이 없다고 판정한 경우, 증명자료를 보관하거나 개별기업보고서를 기한까지 내고 합리적으로 산출방법을 고른 것으로 인정되는 경우입니다.
• 개별기업보고서 제출 대상이 아니어도 특례를 받을 수 있나요?
  받을 수 있습니다. 신고할 때 적용한 정상가격 산출방법에 관한 증명자료를 보관·비치하고 합리적 판단에 따라 그 방법을 선택한 것으로 인정되면 특례가 적용됩니다.
• 증명자료에는 무엇이 들어가야 하나요?
  사업의 개략적 설명과 가격 영향 요소 분석, 국외특수관계인과의 구조 설명, 산출방법 선택 경위 자료입니다. 선택 경위에는 경제적 분석, 비교대상 수치와 조정 설명, 택하지 않은 대안 방법과 그 이유가 포함됩니다.
• 증명자료는 언제까지 내야 하나요?
  과세당국이 요구하면 요구받은 날부터 30일 안에 내야 합니다. 국제거래 자료 일반의 60일 기한보다 짧으므로 요구서의 근거 조문을 확인해야 합니다.
• 합리적 판단인지는 어떻게 판정하나요?
  비교대상 수치의 대표성과 유리한 결과를 위한 누락이 없는지, 자료를 체계적으로 분석했는지, 종전 사전승인이나 조사에서 택한 방법과 다르다면 타당한 이유가 있는지를 고려합니다.
• 신고 뒤 새 자료를 알게 되면 가산세 없이 고칠 수 있나요?
  신고 시점에 확인할 수 없었던 중요 자료를 신고기한 뒤 알게 된 경우 그 사실을 안 때부터 60일 안에 수정신고하면 가산세를 부과하지 않습니다. 증명자료와 합리성 기준은 같이 적용됩니다.

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