세금

외국 본사에 내는 경영지원 수수료, 손금 인정 요건은 무엇인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

외국 본사에 내는 경영지원 수수료는 사전 약정대로 용역을 실제로 받아야 손금이 됩니다. 그 용역으로 수익 증가나 비용 절감을 기대할 수 있어야 합니다. 같은 용역이 중복되지 않아야 하고 이를 증명하는 문서도 보관해야 합니다. 하나라도 빠지면 금액이 적정해도 손금에서 빠집니다.

외국 본사에 내는 경영지원 수수료는 사전 약정대로 용역을 실제로 받아야 손금이 됩니다. 그 용역으로 수익 증가나 비용 절감을 기대할 수 있어야 합니다. 같은 용역이 중복되지 않아야 하고 이를 증명하는 문서도 보관해야 합니다. 하나라도 빠지면 금액이 적정해도 손금에서 빠집니다.

경영지원 수수료가 손금이 되려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

네 가지를 모두 갖춰야 합니다. 첫째, 용역 제공자와 사전에 약정을 맺고 그 약정에 따라 용역을 실제로 받아야 합니다. 둘째, 그 용역으로 국내 법인에 추가 수익이 생기거나 비용이 줄 것을 기대할 수 있어야 합니다.

셋째, 중복 용역이 아니어야 합니다. 같은 용역을 다른 특수관계인이 이미 자체 수행하고 있거나 제3자가 다른 특수관계인을 위해 제공하고 있으면 안 됩니다. 다만 구조조정이나 조직 개편처럼 합리적 사유로 일시적으로 겹치는 경우는 예외입니다. 넷째, 첫째와 둘째 사실을 증명하는 문서를 보관·비치해야 합니다.

이 요건은 금액이 정상가격 범위 안인지와 별개입니다. 수수료율이 적정해도 요건 하나가 빠지면 비용 전체가 손금에서 빠집니다. 본사 주주로서의 감독 활동처럼 국내 법인에 편익이 없는 비용은 둘째 요건에서 걸리기 쉽습니다. 그룹 상장 유지 비용, 본사 이사회 운영비, 지주 차원의 투자 검토 비용이 대표적입니다. 배분 내역에 이런 항목이 섞여 있으면 그 부분만이라도 빼고 받는 편이 안전합니다.

본사가 정한 배분 금액을 그대로 내면 정상가격으로 인정되나요?

당연히 인정되지는 않습니다. 원가를 기준으로 계산할 때는 용역 제공에 든 직접·간접 비용을 모두 원가에 넣어야 합니다. 본사가 제3자에게 맡긴 일을 재청구하면 본사가 직접 한 부분에만 이윤을 붙일 수 있습니다.

일정한 지원 용역은 원가에 5%를 더한 금액을 정상가격으로 봅니다. 연구개발, 원재료 구입, 제조, 판매, 마케팅·홍보, 금융·보험이 아닌 지원 성격의 용역이어야 합니다. 독특한 무형자산을 쓰거나 만들지 않고, 제공자가 중대한 위험을 지지 않아야 합니다. 양쪽 모두 제3자와 비슷한 용역거래를 하지 않아야 합니다.

다만 그해 이런 용역의 원가에 5%를 더한 합계가 일정 금액을 넘으면 이 간편 기준을 쓸 수 없습니다. 그 금액은 국내 법인 매출액의 5%와 영업비용의 15% 중 작은 금액입니다. 이때는 비교 대상 거래를 찾아 정상가격을 산출해야 합니다. 본사의 배분표만 받아 두는 것으로는 부족하고 원가 산정 자료와 배분 기준을 함께 받아야 합니다.

수수료를 낼 때 원천징수와 부가가치세는 어떻게 하나요?

용역 성격에 따라 원천징수 여부가 달라집니다. 본사가 국외에서 수행한 경영자문은 원칙적으로 국내원천 인적용역소득이 아닙니다. 다만 조세조약이 그 용역 소득을 국내에서 발생한 것으로 보면 원천징수 대상이 됩니다. 본사 직원이 국내에 와서 용역을 했다면 국내원천 인적용역소득으로 원천징수 대상이 될 수 있습니다.

부가가치세는 대리납부 문제가 있습니다. 국내사업장이 없는 외국법인에게서 국내에서 용역을 받으면 받는 쪽이 부가가치세를 징수해 납부해야 합니다. 다만 그 용역을 과세사업에 쓰면 대리납부 대상이 아닙니다. 면세사업에 쓰거나 매입세액이 공제되지 않는 경우는 대상입니다.

조세심판원 2016. 4. 14. 조심 2016서0332 결정은 면세사업자인 보험사 사안입니다. 국외 관계회사가 국외에서 경영지원 용역을 수행했어도 결과물이 국내에서 쓰였다면 대리납부 대상이라고 보았습니다. 은행·보험사처럼 면세 비중이 큰 법인은 이 점을 놓치기 쉽습니다. 과세·면세 사업에 함께 쓰는 용역이면 안분해 계산합니다.

세무조사에서 수수료가 부인되면 무엇을 다투나요?

세 갈래로 다툽니다. 첫째, 네 가지 손금 요건을 갖췄다는 점입니다. 약정서, 용역 결과물, 본사와 주고받은 메일과 회의록이 핵심 자료입니다. 둘째, 금액이 정상가격 범위 안이라는 점입니다. 셋째, 같은 용역을 다른 곳에서 받지 않았다는 점입니다.

용역 결과물이 없는 수수료가 가장 많이 부인됩니다. 매달 같은 금액이 나가는데 무엇을 받았는지 보여 줄 자료가 없는 경우입니다. 국내 법인이 직접 요청한 업무와 본사가 그룹 전체를 위해 한 업무를 나눠 기록해 두어야 합니다. 세무조사 단계에서 사후에 만든 자료는 신빙성을 의심받기 쉬우므로 용역 당시 기록이 중요합니다.

정상가격 조정으로 익금산입된 금액이 반환되지 않으면 배당으로 처분하거나 출자로 조정합니다. 손금 요건 미충족 부인도 같은지 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 같은 경로로 볼 수 있습니다. 시행령 제12조가 정상가격 산출 규정 안에 있기 때문입니다. 반대로 단순 손금불산입이어서 법인세법상 소득처분을 따른다는 논거도 있습니다. 정상가격 다툼의 전체 구조는 「해외 관계회사와의 거래가격이 정상가격이 아니라며 과세됐다면 소송에서 무엇을 다투나요?」에서 다루었습니다.

경영지원 수수료 대응 순서

• 사전 약정 - 용역 범위, 대가 산정 방식, 보고 의무를 담은 약정을 용역 개시 전에 맺습니다.
• 결과물 보관 - 보고서, 회의록, 시스템 접속 기록처럼 실제 제공을 보여 주는 자료를 모읍니다.
• 편익 설명 - 용역으로 늘어난 수익이나 줄어든 비용을 연도별로 정리합니다.
• 원가 자료 확보 - 본사 원가 산정 내역과 배분 기준, 재청구 여부를 받아 둡니다.
• 세금 처리 - 원천징수 대상인지와 부가가치세 대리납부 대상인지를 지급 전에 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 약정 시기와 용역 결과물, 원가 산정 자료에 따라 손금 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국외특수관계인 용역 수수료의 손금 요건 검토와 이전가격 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 약정서를 나중에 작성해 소급 적용하면 안 되나요?
  시행령은 사전에 약정을 맺고 그에 따라 용역을 제공할 것을 요구합니다. 사후 작성 약정은 사전 약정으로 인정받기 어려우므로 용역 개시 전 계약을 원칙으로 해야 합니다.
• 본사가 그룹사 전체에 매출 비율로 비용을 나누면 되나요?
  배분 기준이 용역의 편익과 연결되어야 합니다. 매출 비율만으로 나눈 금액이라도 국내 법인이 실제 받은 용역과 편익을 설명하지 못하면 손금이 부인될 수 있습니다.
• 5% 간편 기준은 어떤 용역에 쓸 수 있나요?
  회계·인사·전산 지원처럼 핵심 사업과 직접 관련 없는 지원 용역에 쓸 수 있습니다. 연구개발, 제조, 판매, 마케팅, 금융 용역에는 쓸 수 없습니다.
• 외국 본사 직원이 한국에 와서 자문했다면요?
  국내에서 제공된 인적용역의 대가가 되어 원천징수 대상이 될 수 있습니다. 체류 기간이 길면 고정사업장 문제도 생길 수 있어 출장 기록을 함께 관리해야 합니다.
• 과세사업만 하는 회사도 대리납부를 해야 하나요?
  아니요, 받은 용역을 과세사업에 쓰면 대리납부 대상이 아닙니다. 다만 매입세액이 공제되지 않는 용역이라면 과세사업자라도 대리납부 대상이 됩니다.
• 중복 용역이라는 이유로 부인되면 어떻게 대응하나요?
  국내 법인이 자체 수행하는 업무와 본사 용역의 범위가 다르다는 점을 보여야 합니다. 구조조정 같은 합리적 사유로 일시적으로 겹친 경우는 예외로 인정됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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