세금

해외 자회사에 경영지원을 해 주고 대가를 받지 않았다면 세무조사에서 문제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

본사가 해외 자회사의 회계·인사·전산 업무를 지원하고 대가를 받지 않았다면 용역거래의 정상가격만큼 조정될 수 있습니다. 원가에는 직접·간접 비용이 모두 들어가고, 지원적 성격의 저부가가치용역은 매출액 5%·영업비용 15% 한도 안에서 원가에 5%를 더한 금액이 정상가격입니다.

본사 직원이 해외 자회사의 회계 마감이나 전산 운영을 도와주는 일은 흔하지만, 그 대가를 받지 않으면 이전가격 조정 대상이 될 수 있습니다. 다만 모든 지원 활동에 대가를 받아야 하는 것은 아니고, 얼마를 받아야 하는지도 용역의 성격에 따라 다릅니다. 지원적 성격의 용역이라면 원가에 5%를 더한 금액으로 정리할 길도 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 IT 서비스 회사로 인도네시아와 태국에 자회사를 두고 있습니다. 2023년부터 2025년까지 본사 재무팀, 인사팀, 전산팀 직원 여섯 명이 자회사의 월말 회계 마감, 급여 시스템 운영, 서버 관리를 원격으로 지원했지만 대가는 받지 않았습니다. 2026. 8. 법인세 조사에서 조사관은 지원 인력 인건비와 서버 비용에 이윤을 붙인 금액을 익금에 산입하겠다고 예고했습니다. 담당자 D씨는 원가에 5%만 붙이면 되는지, 출장비와 사무실 비용 같은 간접비까지 원가에 넣어야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대가를 받지 않은 경영지원도 과세 대상인가요?

대상이 될 수 있습니다. 시행령은 경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원과 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 국외특수관계인과의 용역거래로 봅니다. 자회사에 실제로 용역을 제공하고 대가를 받지 않았다면 정상가격과의 차이가 조정됩니다.

다만 어떤 활동이 자회사에 제공한 용역인지는 따로 따져야 합니다. 시행령은 용역을 받는 쪽이 그 용역으로 추가 수익이나 비용 절감을 기대할 수 있어야 비용으로 인정된다고 정하는데, 같은 기준에 비추어 모회사가 투자 관리를 위해 스스로 하는 감독 활동은 자회사에 대가를 청구할 용역으로 보기 어렵다고 볼 여지가 있습니다. 대법원 2025. 10. 16. 선고 2024두54065 판결은 수입·판매 거래에 관한 사안이지만, 계약서도 따로 없고 대가도 별도로 정하지 않은 유지보수 지원을 의료장비 공급 거래와 별도의 독립 거래로 보기 어렵다고 판단했습니다. 거래를 어떻게 특정하는지가 조정 범위를 정한다는 뜻입니다.

얼마를 받아야 정상가격인가요?

용역거래에 원가가산방법이나 거래순이익률방법을 적용할 때는 그 용역 제공을 위해 직접 또는 간접으로 발생한 비용을 모두 원가에 넣습니다. 지원 인력의 인건비뿐 아니라 출장비, 사무실과 서버 비용 중 그 용역에 배분되는 몫도 원가입니다. 본사가 외부 업체에 일을 맡기고 그 대금을 자회사에 다시 청구하는 경우에는 본사가 직접 수행한 활동의 원가에만 이윤을 붙이는 것이 원칙입니다.

여러 자회사에 같은 지원을 하고 비용을 나눠 청구한다면 배분 기준이 합리적이어야 하고, 과세관청은 그 배분 자료를 요구할 수 있습니다.

원가에 5%만 붙이면 되는 경우는 언제인가요?

저부가가치용역거래에 해당하면 원가에 5%를 더한 금액을 정상가격으로 봅니다. 요건은 세 가지입니다. 첫째, 연구개발, 천연자원 탐사·가공, 원재료 구입, 제조, 판매, 마케팅·홍보, 금융·보험이 아닌 지원적 성격의 용역으로서 핵심 사업활동과 직접 관련되지 않아야 합니다. 둘째, 독특하고 가치 있는 무형자산을 쓰거나 만들지 않고, 용역 제공자가 중대한 위험을 부담하지 않아야 합니다. 셋째, 양쪽 모두 특수관계 없는 제3자와 비슷한 용역거래를 하지 않아야 합니다.

금액 한도도 있습니다. 해당 과세연도에 원가에 5%를 더한 금액의 합계가 거주자 매출액의 5%와 영업비용의 15% 중 작은 금액을 넘으면 이 특례를 쓸 수 없습니다. 회계 마감, 급여, 전산 운영 지원은 첫째 요건에 맞을 여지가 크지만, C사처럼 IT 서비스가 본업이라면 서버 관리가 핵심 사업과 직접 관련되는지가 쟁점이 될 수 있습니다.

세무조사에서는 어떤 자료로 용역을 증명하나요?

과세관청이 요구할 수 있는 자료는 용역거래계약서, 거주자와 국외특수관계인의 관계도, 양쪽의 내부 조직도와 조직별 설명자료, 비용의 지출항목별 명세서, 용역 제공 일정표·공정표와 인력 현황, 간접 청구 방식이라면 비용 배분 자료입니다. 대가를 받지 않은 경우에도 이 자료가 있어야 어느 활동이 용역이고 어느 활동이 아닌지, 원가가 얼마인지를 회사 쪽에서 먼저 정리할 수 있습니다.

반대 방향, 즉 해외 본사에 경영관리수수료를 내는 국내 법인이라면 손금 인정 요건이 따로 있습니다. 이 문제는 「해외 본사에 낸 경영관리수수료가 세무조사에서 손금으로 인정되지 않는다면 어떻게 하나요?」에서 설명했습니다.

해외 자회사 경영지원 대가 대응 순서

• 지원 활동 목록화 - 부서별로 자회사에 해 준 일을 나열하고, 자회사에 이익이 되는 용역과 모회사 자신의 관리 활동을 나눕니다.
• 원가 집계 - 인건비, 출장비, 시스템·사무실 비용 중 해당 용역에 배분되는 몫을 근거와 함께 계산합니다.
• 저부가가치용역 해당 여부 판단 - 용역의 성격, 무형자산·위험 여부, 제3자 거래 유무와 매출액·영업비용 한도를 확인합니다.
• 조사청 계산과 대조 - 조사청이 붙인 이윤율과 원가 범위가 시행령 기준에 맞는지 검토합니다.
• 앞으로의 계약 정비 - 용역 범위, 대가 산정 방식, 청구 시기를 담은 계약서를 쓰고 실제로 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지원 활동이 자회사에 대한 용역인지와 원가를 어디까지 넣는지, 저부가가치용역 요건을 갖추는지에 따라 조정 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 그룹 내 용역거래의 이전가격 조사 대응과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해외 자회사 업무를 도와주고 돈을 안 받으면 세금이 나오나요?
  경영관리, 전산지원, 기술지원 같은 용역을 실제로 제공하고 대가를 받지 않았다면 국외특수관계인과의 용역거래로서 정상가격과의 차이가 익금에 산입될 수 있습니다. 다만 모회사 자신의 관리 활동은 자회사에 대한 용역으로 보기 어려울 수 있습니다.
• 용역 원가에는 무엇까지 넣어야 하나요?
  원가가산방법이나 거래순이익률방법을 적용할 때 그 용역 제공을 위해 직접 또는 간접으로 발생한 비용을 모두 포함합니다. 인건비 외에 출장비, 사무실·시스템 비용 중 그 용역에 배분되는 몫도 들어갑니다.
• 외부 업체 비용을 자회사에 넘길 때도 이윤을 붙이나요?
  제3자에게 용역을 맡기고 대금을 한꺼번에 지급한 뒤 자회사에 재청구하는 경우에는 본사가 직접 수행한 활동의 원가에만 통상의 이윤을 더하는 것이 원칙입니다. 거래 상황과 관행에 비추어 합리적인 경우는 예외입니다.
• 원가에 5%만 더하면 되는 용역은 무엇인가요?
  연구개발, 제조, 판매, 마케팅, 금융 등이 아닌 지원적 성격의 용역으로서 독특한 무형자산이나 중대한 위험이 없고 양쪽이 제3자와 비슷한 용역거래를 하지 않는 경우입니다. 이 요건을 모두 갖춘 저부가가치용역이면 원가에 5%를 더한 금액을 정상가격으로 봅니다.
• 저부가가치용역 특례에도 한도가 있나요?
  있습니다. 해당 과세연도에 원가에 5%를 더한 금액의 합계가 거주자 매출액의 5%와 영업비용의 15% 중 작은 금액을 넘으면 특례를 적용하지 않습니다.
• 세무조사에서 어떤 자료를 요구받나요?
  용역거래계약서, 관계도, 내부 조직도와 설명자료, 비용 지출항목별 명세서, 용역 제공 일정표와 인력 현황, 간접 청구 방식이면 비용 배분 자료를 요구받을 수 있습니다. 요구받은 날부터 60일 안에 내야 합니다.
• 계약서 없이 해 준 지원도 별도 거래로 보나요?
  사안에 따라 다릅니다. 대법원 2024두54065 판결은 계약서도 별도 대가도 없던 유지보수 지원을 의료장비 공급 거래와 별개의 독립 거래로 보기 어렵다고 했습니다. 거래를 어떻게 특정하는지가 조정 범위를 가릅니다.

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