세금

합병이나 분할로 자산을 넘기면 부가가치세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

분할로 사업부문을 통째로 넘기면 사업양도로서 부가가치세가 나오지 않습니다. 합병은 소멸회사의 권리의무가 포괄적으로 승계되므로 자산 이전에 세금계산서를 발급하지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 다만 분할하면서 사업부문이 아닌 개별 자산만 떼어 넘기면 재화의 공급으로 과세될 수 있습니다.

분할로 사업부문을 통째로 넘기면 사업양도로서 부가가치세가 나오지 않습니다. 합병은 소멸회사의 권리의무가 포괄적으로 승계되므로 자산 이전에 세금계산서를 발급하지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 다만 분할하면서 사업부문이 아닌 개별 자산만 떼어 넘기면 재화의 공급으로 과세될 수 있습니다.

회사를 분할하면 넘어가는 자산에 부가가치세가 붙나요?

사업부문 전체를 넘기는 분할이라면 붙지 않습니다. 시행령은 상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우 같은 사업장 안에서 사업부문별로 나누어 넘기는 것도 사업양도로 봅니다. 그 사업부문에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜야 합니다.

법인세법상 적격분할 요건을 갖춘 분할도 사업양도에 포함됩니다. 인적분할은 법인세법 제46조 제2항, 물적분할은 제47조 제1항의 요건을 갖춘 경우입니다. 이 요건을 갖추면 사업부문 승계 여부를 따로 다투지 않아도 됩니다.

적격분할이 아니라도 사업부문을 포괄 승계했다면 사업양도가 될 수 있습니다. 대법원은 사업양도를 사업용 재산과 인적·물적 시설, 권리의무를 포괄적으로 넘기는 것이라고 했습니다. 사업의 동일성을 유지하면서 경영 주체만 바꾸는 것이어야 합니다. 분할계획서에 그 사업부문의 인력, 계약, 채권·채무가 함께 적혀 있어야 하는 이유입니다.

분할하면서 건물 한 채만 떼어 넘기면 어떻게 되나요?

사업부문이 아닌 개별 자산만 넘기면 사업양도가 아니어서 재화의 공급으로 과세될 수 있습니다. 예를 들어 임대용 건물만 신설회사로 넘기고 임대차계약과 관련 채무는 남기는 경우입니다. 이때는 건물 몫에 부가가치세가 생기고 분할회사가 세금계산서를 발급해야 합니다.

부동산만 따로 떼어 내는 분할이라면 그 부동산이 독립된 사업을 이루는지부터 봐야 합니다. 독립된 사업을 이루지 않으면 사업양도 요건을 갖추기 어렵습니다. 임대업에 쓰는 건물이라면 임대차계약과 보증금 반환채무까지 함께 넘겨야 사업부문 승계로 볼 여지가 생깁니다.

사업양도 해당 여부가 분명하지 않을 때는 대리납부를 쓸 수 있습니다. 신설회사가 대가를 줄 때 부가가치세를 징수해 직접 납부하는 방법입니다. 대리납부한 세액은 신설회사가 과세사업에 쓰는 한 매입세액으로 공제받습니다. 분할 후 과세 다툼을 줄이는 방법입니다.

합병으로 넘어가는 자산은 부가가치세가 없나요?

합병은 소멸회사의 권리의무가 존속회사나 신설회사에 법률상 당연히 포괄 승계되는 것입니다. 개별 자산을 계약으로 넘기는 것이 아니라 회사 자체가 합쳐지는 구조입니다. 그래서 합병으로 넘어가는 자산에 세금계산서를 발급하지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 합병을 공급에서 빼는 명문 규정은 없고 직접 판단한 대법원 판결도 아직 없습니다. 그러나 합병은 계약에 따른 개별 이전이 아니라 법률상 당연한 포괄승계라는 점에서 이렇게 보는 것이 체계에 맞습니다.

시행령 제23조는 분할을 명시하고 합병은 따로 적고 있지 않습니다. 다만 합병은 사업 전체를 포괄적으로 넘기는 점에서 사업양도와 같은 구조입니다. 합병으로 사업 일부만 넘어가는 경우는 상정하기 어렵습니다. 그래서 실제 쟁점은 합병 전후의 거래 정리에서 생깁니다. 합병계약 전에 상대방과 진행 중인 거래 목록을 만들어 두면 이 단계의 다툼을 줄일 수 있습니다.

자산 이전에는 세금이 없어도 소멸회사의 세금은 그대로 넘어옵니다. 존속회사는 소멸회사에 부과됐거나 소멸회사가 내야 할 국세를 납부할 의무를 집니다. 합병 뒤 세무조사로 소멸회사의 부가가치세가 추징되면 존속회사가 냅니다. 분할은 조금 다릅니다. 분할등기일 전에 성립한 분할회사의 국세는 신설회사가 연대해 냅니다. 다만 분할로 승계한 재산가액이 한도입니다.

합병 전에 소멸회사와 맺은 거래는 합병으로 같은 회사 안의 거래가 됩니다. 이 경우 합병 이후 남은 대가를 어떻게 처리할지가 문제됩니다. 이 부분은 다음 질문에서 봅니다.

합병 전에 하던 할부 거래는 합병일에 한꺼번에 과세되나요?

조세심판원은 그렇게 보지 않았습니다. 한 회사가 자회사에 장비를 장기할부로 공급하며 회차마다 세금계산서를 발급하던 중 자회사를 흡수합병한 사안이었습니다. 세무서는 합병일에 남은 할부 대가를 한꺼번에 공급한 것으로 보아 부가가치세를 부과했습니다.

심판원은 합병으로 피합병법인의 권리의무를 승계했고 남은 대가를 재무제표상 적정하게 상계 처리한 점을 들었습니다. 그리고 잔여 대가를 세금계산서 발급 대상인 재화의 공급으로 보기 어렵다며 부과처분을 취소했습니다.

이 결정은 자기가 공급한 상대방을 흡수합병한 사안입니다. 다른 구조의 합병에도 그대로 적용된다고 단정하기는 어렵습니다. 합병 전 계약의 회계 처리와 상계 내역을 정리해 두어야 비슷한 다툼에서 근거로 쓸 수 있습니다.

합병·분할 부가가치세 대응 순서

• 이전 범위 확정 - 분할계획서나 합병계약서에 넘길 사업부문과 자산을 특정합니다.
• 사업양도 점검 - 인력, 계약, 채권·채무가 함께 넘어가는지 확인합니다.
• 개별 자산 처리 - 사업부문이 아닌 자산은 과세 거래나 대리납부로 정리합니다.
• 기존 거래 정리 - 합병 상대방과의 미완료 거래와 할부 대가를 회계상 정리합니다.
• 신고 마무리 - 과세 거래로 정리한 자산은 그 과세기간 확정신고에 반영합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 넘기는 자산이 사업부문을 이루는지와 합병 전 거래의 정리 방식에 따라 과세 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병·분할 등 조직재편의 부가가치세와 법인세 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분할로 넘긴 사업부문에 미수금과 미지급금이 빠져도 사업양도인가요?
  네, 미수금과 미지급금에 관한 것은 빼고 승계시켜도 포괄 승계로 봅니다. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물도 일정한 경우 빼고 넘길 수 있습니다.
• 분할 신설회사가 새로운 업종을 추가하면 사업양도가 깨지나요?
  아니요, 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 변경한 경우도 사업양도에 포함됩니다. 승계받은 사업 자체를 유지하고 있는지가 기준입니다.
• 분할로 받은 건물의 매입세액은 신설회사가 공제받나요?
  사업양도로 처리하면 공급이 아니므로 공제할 매입세액이 없습니다. 과세 거래나 대리납부로 처리했다면 신설회사가 과세사업에 쓰는 한 세금계산서나 납부액으로 공제받습니다.
• 합병으로 소멸한 회사의 부가가치세 환급금은 누가 받나요?
  합병 후 존속회사가 소멸회사의 권리의무를 승계하므로 환급청구권도 승계합니다. 소송이나 경정청구도 존속회사 명의로 해야 하므로 합병등기 뒤 서류 명의를 확인해야 합니다.
• 사업양도로 넘긴 뒤 다시 원래 회사로 되돌리면 과세되나요?
  되돌리는 거래도 그 자체로 사업양도 요건을 갖추면 공급이 아닙니다. 요건을 갖추지 못하면 다시 넘기는 자산에 부가가치세가 나올 수 있으므로 되돌리는 범위를 먼저 정해야 합니다.
• 분할 때 사업양도 요건을 못 갖추면 누가 부가가치세를 내나요?
  자산을 넘긴 분할회사가 공급자로서 부가가치세를 냅니다. 인적분할로 분할회사가 소멸하면 분할계획서에 따라 승계한 회사가 그 의무를 지는지 함께 보아야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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