주식·명의신탁

아버지 회사와 제 회사를 합병하면 합병비율 때문에 증여세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

나올 수 있습니다. 특수관계 법인끼리 합병하면서 합병비율이 실제 평가액과 달라 과대평가된 회사의 대주주(특수관계인 포함 1% 이상 또는 액면 3억원 이상)가 이익을 얻으면, 그 이익이 합병 후 주식 평가가액의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상일 때 합병등기일을 증여일로 증여세를 냅니다. 상장법인의 자본시장법상 합병은 제외됩니다.

가족 회사끼리 합병한다고 해서 곧바로 증여세가 나오는 것은 아닙니다. 특수관계 있는 법인 사이의 합병에서 합병비율이 실제 가치와 달라 한쪽 회사의 대주주가 이익을 얻고, 그 이익이 기준금액 이상일 때 과세합니다. 상장법인이 자본시장법 절차에 따라 하는 합병은 대상에서 빠집니다. 결국 합병비율을 정한 근거가 상속세 및 증여세법 평가액과 얼마나 다른지가 출발점입니다.

이런 상담이 많습니다

H씨는 아버지가 지분 전부를 가진 제조회사와 자신이 지분 전부를 가진 판매회사를 합치기로 했습니다. 2026. 8. 20. 아버지 회사가 H씨 회사를 흡수합병하는 등기를 마쳤고, 합병비율은 H씨 회사 주식 1주당 아버지 회사 신주 2주였습니다. 합병 실무를 맡은 회계법인은 두 회사 장부상 자본을 기준으로 비율을 정했는데, 상속세 및 증여세법으로 평가하면 두 회사 모두 1주당 가치가 1만원으로 같았습니다. H씨는 이 합병으로 자신에게 증여세가 나오는지, 나온다면 얼마인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 합병이 증여세 대상인가요?

특수관계에 있는 법인 간의 합병이어야 합니다. 특수관계는 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 한 번이라도 있었는지로 판단합니다. 법인세법상 특수관계 법인, 같은 사람이 임원 임면이나 사업방침 결정으로 두 회사 경영에 영향력을 행사하는 관계 등이 여기에 해당합니다.

이익을 얻은 사람은 주가가 과대평가된 회사의 대주주등이어야 합니다. 대주주등은 특수관계인 지분을 합쳐 1% 이상이거나 가진 주식의 액면가액이 3억원 이상인 주주입니다. 주권상장법인이 자본시장법에 따라 다른 법인과 하는 합병은 특수관계 법인 간 합병으로 보지 않습니다.

합병 이익은 어떻게 계산하나요?

합병대가를 주식으로 받은 경우 합병 후 회사의 1주당 평가가액에서, 과대평가된 회사의 1주당 평가가액을 받은 주식 수 기준으로 환산한 금액을 빼고, 대주주가 받은 신주 수를 곱합니다. 비상장 회사라면 합병 후 1주당 평가가액은 두 회사의 합병 직전 가액을 합쳐 합병 후 주식 수로 나눈 금액입니다. 이때 평가액에는 최대주주 20% 할증을 하지 않습니다.

사례에서 아버지 회사는 80만주에 80억원, H씨 회사는 10만주에 10억원입니다. 합병 뒤 주식은 100만주, 가치는 90억원이므로 1주당 9천원입니다. H씨 회사 1주당 1만원을 받은 주식 수로 환산하면 1주당 5천원이므로, 차이 4천원에 신주 20만주를 곱한 8억원이 H씨의 이익입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「상속세 및 증여세법」에 따른 계산입니다.

합병 직전 가액은 상속세 및 증여세법상 시가나 보충적 평가액으로 정하고, 평가기준일은 상법상 합병 대차대조표 공시일입니다. 합병 후 회사가 상장법인이면 합병 후 실제 시세로 계산한 가액과 위 계산 가액 중 적은 금액을 씁니다. 합병대가를 주식 대신 현금 등으로 받았다면 1주당 평가가액이 액면가에 못 미치는데도 그보다 많이 받은 부분을 이익으로 보고, 이때 기준금액은 3억원입니다.

H씨가 나중에 합병 신주를 팔 때는 증여세가 과세된 8억원을 취득가액에 더합니다. 증여세와 양도세가 같은 이익에 겹치지 않도록 신고서를 보관해 두십시오.

얼마 이상이면 과세되나요?

합병대가를 주식으로 받은 경우 기준금액은 합병 후 회사 주식 평가가액의 30%와 3억원 중 적은 금액입니다. 이익이 이보다 적으면 과세하지 않고, 3억원 이상이면 비율과 관계없이 과세 대상입니다. 사례의 8억원은 기준을 넘으므로 아버지에게서 8억원을 증여받은 것으로 보아 증여세를 계산합니다.

국세청 기준으로는 3억원 판단을 대주주 1인 기준으로 합니다. 이익을 준 쪽이 대주주가 아닌 주주로서 2명 이상이면 그들을 1명으로 보아 계산합니다. 같은 사람이 두 회사 주주를 겸한 경우에는 자기 자신에게서 받은 이익을 빼고 계산하며, 대주주가 받은 재산이 원래 주식 취득가액을 넘으면 의제배당도 함께 검토합니다. 이 실무 기준은 바뀔 수 있습니다.

회사 주주가 법인이면 무엇이 달라지나요?

합병당사법인의 주주가 법인이고 불공정한 비율로 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 나눠 주었다면, 그 법인에는 증여세가 아니라 법인세 부당행위계산 부인이 적용됩니다. 국세청은 주식변동 분석에서 불공정합병을 중점 검토 유형으로 두고, 합병비율 산정에 쓴 1주당 평가액, 피합병법인의 청산소득 신고, 합병에 따른 상장 이익 발생 여부를 함께 확인합니다.

합병당사법인끼리도 같은 문제가 생깁니다. 특수관계 법인 간 합병에서 불공정한 비율로 합병해 합병에 따른 양도손익을 줄였다면 그 법인에도 부당행위계산이 적용될 수 있습니다. 개인 대주주의 증여세, 법인주주의 법인세, 합병당사법인의 양도손익이 한 번의 합병에서 함께 검토되는 이유입니다.

합병 증여세 대응 순서

• 특수관계 기간 확인 - 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 두 회사가 특수관계였는지 확인합니다.
• 평가액 다시 계산 - 합병비율을 정한 근거와 상속세 및 증여세법 평가액을 나란히 놓고 차이를 봅니다.
• 대주주별 이익 계산 - 과대평가 회사 대주주별로 이익을 계산하고 30%와 3억원 기준을 대조합니다.
• 신고 - 기준을 넘으면 합병등기일이 속한 달 말일부터 3개월 안에 증여세를 신고합니다.
• 다툼 - 평가 방법을 두고 이견이 있으면 결과통지 30일 안에 과세전적부심사, 고지 후 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 두 회사의 평가 방법, 합병대가의 종류, 주주 구성에 따라 이익과 과세 여부가 크게 달라지므로 합병비율 확정 전에 계산해 보는 편이 좋습니다. 법무법인 윤성은 특수관계 법인 합병의 증여세 검토와 주식변동조사 대응, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병 직전에 특수관계를 끊으면 대상에서 빠지나요?
  빠지지 않을 수 있습니다. 특수관계는 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 한 번이라도 있었는지로 판단하므로, 그 기간 중에 특수관계가 있었다면 대상이 됩니다.
• 상장회사와 합병해도 증여세가 나오나요?
  주권상장법인이 자본시장법과 같은 법 시행령이 정한 절차에 따라 다른 법인과 합병하면 특수관계 법인 간 합병으로 보지 않아 이 규정이 적용되지 않습니다. 다만 합병에 따른 상장 이익 규정은 별도로 검토해야 합니다.
• 대주주는 누구를 말하나요?
  특수관계인 지분을 합쳐 해당 법인 발행주식의 1% 이상을 가졌거나, 가진 주식의 액면가액이 3억원 이상인 주주입니다. 이 기준에 들지 않는 소액주주의 이익은 이 규정으로 과세하지 않습니다.
• 합병 이익의 증여일은 언제인가요?
  합병등기일입니다. 증여세 신고기한은 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월이므로, 합병등기를 마치면 바로 대주주별 이익 계산을 시작하는 편이 좋습니다. 평가에는 합병 직전 재무제표가 필요합니다.
• 합병 이익 계산에도 최대주주 할증을 하나요?
  하지 않습니다. 합병에 따른 이익을 계산할 때 쓰는 주식 평가액은 최대주주 20% 할증 대상에서 제외됩니다. 일반 증여 평가와 계산 방식이 다르므로 같은 회사라도 평가액이 다를 수 있습니다.
• 주주가 법인이면 증여세 대신 무엇이 문제 되나요?
  법인주주가 불공정 비율 합병으로 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 나눠 주었다면 법인세 부당행위계산 부인이 적용됩니다. 이런 자본거래 혐의는 그 거래만 확인하는 법인세 부분조사 사유가 될 수도 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 증자·감자·합병 때 주식이 움직이면 국세청은 무엇을 확인하나요? 과세유형별 점검표
• 합병·주식교환으로 받은 차명 신주에 증여세가 또 나왔다면 다툴 수 있나요?
• 적격합병 뒤 지배주주가 받은 합병법인 주식을 자녀에게 증여해도 처분인가요?
• 일감몰아주기 증여세를 낸 주식, 합병상장이익 계산 때 취득가액에 더해 주나요?
• 합병 전에 갖고 있던 피합병법인 주식에 합병신주를 받으면 의제배당인가요?
• 아버지 회사 비상장주식을 증여받을 때 20% 할증평가는 언제 빠지나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기