주식·명의신탁

비상장주식 소액주주인데 회사가 중소기업이 아니면 세율이 달라지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 비상장주식을 판 소액주주는 회사가 중소기업이면 10%, 중소기업이 아니면 20% 세율을 적용하므로 중소기업 여부를 잘못 판단하면 세액이 두 배로 달라집니다. 중소기업 여부는 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」 기준으로 판단합니다(소득세법 시행령 제157조의2). 지금은 회사의 전년도 말 자산총액과 주주 구성부터 확인해 보십시오.

회사가 작다고 들었다는 이유만으로 10%를 적용하면 과소신고가 될 수 있고, 확인이 어렵다고 20%로 내면 세금을 더 낼 수 있습니다. 판정 기준과 기준일이 법에 정해져 있어 회사 자료로 확인합니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2019년 지인이 창업한 비상장회사 K사에 소액을 투자해 주식을 받았습니다. K사는 그 뒤 크게 성장해 2024년 자산총액 5천억원이 넘는 회사의 자회사로 편입됐습니다. I씨는 2026년 상반기 K사 주식을 다른 투자자에게 직접 팔아 과세표준 1억원의 이익을 냈고, 창업 초기 회사라는 생각에 중소기업 소액주주 세율 10%로 1천만원을 예정신고했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비상장주식 소액주주 세율은 10%와 20% 중 무엇인가요?

비상장주식을 판 소액주주는 회사가 중소기업이면 10%, 중소기업이 아니면 20% 세율을 적용합니다. 투자 금액이나 지분율이 작다는 사정은 세율을 정하는 기준이 아닙니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목은 대주주가 아닌 사람이 양도하는 주식등을 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20%로 나눕니다. 여기서 중소기업은 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 말합니다.

사례의 K사가 중소기업이 아니라면 I씨의 본세는 과세표준 1억원에 20%를 적용한 2천만원입니다. 신고한 1천만원과의 차액 1천만원에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 더해집니다.

중소기업인지는 언제를 기준으로 판단하나요?

중소기업 여부는 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단합니다. 주식을 산 때나 투자 계약을 맺은 때에 중소기업이었는지는 상관이 없습니다.

양도한 해에 새로 설립된 법인이라면 직전 사업연도가 없으므로 주식을 판 날 현재를 기준으로 판단합니다. 사례의 I씨는 2026년에 팔았으므로 K사의 2025년 말 현재 상태를 봐야 합니다.

중소기업에 해당하는지는 무엇으로 확인하나요?

중소기업은 업종별 매출액 기준과 자산총액 기준, 소유와 경영의 독립성 기준을 모두 갖춰야 합니다. 매출액이 작아도 자산총액이 5천억원 이상이거나 대기업 집단에 속하면 중소기업이 아닙니다.

• 규모 기준 - 주된 업종별 평균매출액 등이 기준 이하이고 자산총액이 5천억원 미만일 것
• 독립성 기준 - 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식의 30% 이상을 가진 지분 1순위 출자자인 회사가 아닐 것
• 기업집단 제외 - 공시대상기업집단에 속하는 회사가 아닐 것

회사에 직전 사업연도 말 기준 재무제표와 주주 구성, 중소기업 확인 자료를 요청해 대조합니다. 회사가 다른 회사에 인수되거나 계열사로 편입된 해가 있으면 그 시점과 직전 사업연도 말의 선후를 따로 확인합니다. 편입이 직전 사업연도 말보다 뒤라면 그해 판정에는 영향을 주지 않습니다.

「중소기업기본법」은 규모 확대 등으로 중소기업에서 벗어난 기업을 그다음 연도부터 5년간 중소기업으로 보되, 합병이나 대통령령으로 정한 사유로 벗어난 경우는 제외합니다. 이 유예가 해당 회사에 적용되는지에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 회사가 받은 중소기업 확인 자료도 함께 요청합니다.

K-OTC에서 팔았다면 결론이 달라지나요?

네, 대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회의 K-OTC에서 중소기업이나 중견기업 비상장주식을 팔았다면 양도소득세 과세 대상이 아닙니다. 사례처럼 투자자끼리 직접 팔았다면 이 예외가 적용되지 않습니다.

중견기업 해당 여부는 주식을 판 날 현재 「조세특례제한법 시행령」상 중견기업인지로 판단합니다. 중소기업과 판정 기준일이 다르므로 K-OTC 거래라면 두 기준을 따로 확인합니다.

비상장주식 세율 오류 대응 순서

• 기준일 확정 - 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일을 기준일로 정합니다. 양도한 해에 설립된 회사면 양도일이 기준일입니다.
• 회사 자료 확보 - 기준일 현재 재무제표, 주주명부, 계열 편입 여부 자료를 회사에서 받습니다.
• 세율 결정 - 중소기업이면 10%, 아니면 20%를 적용하고 K-OTC 거래였는지도 함께 표시합니다.
• 수정신고 - 10%로 잘못 신고했다면 과세표준수정신고서와 주식등 양도소득금액 계산명세서를 다시 냅니다. 20%로 더 냈다면 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 불복 검토 - 중소기업인데 20%로 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 업종이 여러 개이거나 관계기업 매출을 합산해야 하는 회사라면 재무 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비상장주식 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식을 살 때는 중소기업이었는데도 20%인가요?
  세율은 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업인지로 정하므로 취득 당시 중소기업이었다는 사정만으로 10%를 적용하지 않습니다. 그 사이 회사 규모나 주주 구성이 바뀌었는지를 기준일 자료로 확인합니다.
• 올해 설립된 회사 주식은 언제 기준인가요?
  주식을 판 해에 새로 설립된 법인은 직전 사업연도가 없으므로 주식을 판 날 현재를 기준으로 중소기업 여부를 판단합니다. 설립 직후 큰 회사가 지분을 가졌다면 독립성 기준을 함께 확인합니다.
• 매출이 작으면 무조건 중소기업인가요?
  아니요, 매출액 기준을 충족해도 자산총액이 5천억원 이상이거나 자산총액 5천억원 이상 법인이 30% 이상을 가진 지분 1순위 출자자인 회사라면 중소기업이 아닙니다. 공시대상기업집단에 속한 회사도 제외됩니다.
• K-OTC에서 팔면 세금이 없나요?
  대주주가 아닌 사람이 K-OTC에서 중소기업이나 중견기업 비상장주식을 팔면 양도소득세 과세 대상이 아닙니다. 투자자끼리 직접 팔거나 회사에 판 경우에는 이 예외가 적용되지 않습니다.
• 중견기업은 어떻게 판단하나요?
  K-OTC 예외에서 중견기업은 주식을 판 날 현재 「조세특례제한법 시행령」에 따른 중견기업에 해당하는지로 판단합니다. 중소기업의 기준일인 직전 사업연도 종료일과 다르므로 따로 확인합니다.
• 20%로 냈는데 중소기업이었다면요?
  중소기업 주식인데 20%로 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 더 낸 세액을 돌려 달라고 할 수 있습니다. 기준일 현재 중소기업이었다는 재무 자료와 주주 구성 자료를 함께 냅니다.
• 10%로 잘못 냈으면 가산세는요?
  적게 신고한 세액의 10%가 과소신고가산세이고 적게 낸 기간만큼 납부지연가산세가 더해집니다. 세무서가 경정하기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 최대 90%까지 감면받습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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