법인세·소득세

예전 합병으로 받은 신주도 2년 안에 취득한 합병포합주식으로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 합병법인이 보유하던 회사가 피합병법인에 먼저 흡수합병되어 받은 신주는 그 신주를 받은 날이 아니라 종전 주식을 처음 취득한 날부터 보유기간을 셉니다. 합병으로 소멸회사 주식이 존속회사 주식으로 바뀐 것은 주주가 스스로 주식을 사고판 것이 아니어서, 합병대가를 미리 금전으로 준 것과 같다고 볼 수 없기 때문입니다. 지금은 포합주식마다 처음 취득한 날과 지금 지분 구성을 표로 정리하십시오.

종전 합병으로 받은 신주의 취득일이 최근이라는 이유만으로 적격합병을 포기할 필요는 없습니다. 합병법인이 돈을 주고 새로 산 주식이 아니라면 보유기간은 처음 산 주식부터 이어서 셉니다.

이런 상담이 많습니다

갑법인은 오래전부터 자동차부품 계열사 A법인, B법인, C법인의 주식을 모두 갖고 있었습니다. 2025년 4월 A법인이 B법인과 C법인을 흡수합병하면서 갑법인은 B·C법인 주식 대신 A법인 신주를 받았습니다. 2026년 갑법인이 A법인을 다시 흡수합병하려 하자, 담당자는 2025년에 받은 A법인 신주가 합병 전 2년 안에 취득한 포합주식이 되어 적격합병이 깨지는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

합병포합주식은 적격합병에 어떤 영향을 주나요?

합병법인이 합병등기일 전 2년 안에 취득한 피합병법인 주식이 있으면 그 주식에 준 합병교부주식 가액을 금전으로 준 것으로 보아 주식교부비율을 계산합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 적격합병 요건으로 합병대가 총합계액 중 합병법인 주식 가액이 100분의 80 이상일 것을 요구합니다.

합병법인이 피합병법인의 지배주주등이면 2년 안에 취득한 포합주식 전부가 금전 교부로 간주됩니다. 지배주주등이 아니면 2년 안에 취득한 포합주식이 발행주식총수의 100분의 20을 넘는 부분만 간주됩니다.

종전 합병으로 받은 신주는 언제 취득한 것으로 보나요?

종전 합병으로 소멸회사 주식 대신 받은 신주는 소멸회사 주식을 처음 취득한 날을 기준으로 2년 안 취득 여부를 판단합니다. 2년 규정은 합병 직전에 돈을 주고 피합병법인 주식을 사 두는 것을 합병대가를 미리 금전으로 준 것으로 보기 위한 것인데, 다른 회사들끼리의 합병으로 주식이 바뀐 것은 합병법인이 대가를 주고 새로 산 것이 아니기 때문입니다.

대법원도 회사 합병으로 피합병회사 주식이 존속회사 주식으로 바뀌는 것은 주주가 자기 의사로 주식을 처분하고 새로 취득하는 것이 아니라 보유 자산이 대체되는 것에 불과하다고 보았습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 합병법인이 피합병법인을 흡수합병하는 경우, 그 전에 합병법인이 보유한 주식의 발행법인이 피합병법인에 흡수합병되어 받은 피합병법인 주식이 2년 안에 취득한 합병포합주식인지는 종전 주식의 취득일을 기준으로 판정한다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석법인-0050, 2019. 4. 4.). 합병법인의 의사와 무관하게 대가 없이 취득한 주식은 2년 내 취득 포합주식에서 빼는 것이 입법 취지에 맞다는 이유였습니다.

이 회신은 종전 합병이 적격합병이었고 합병법인이 소멸회사 주식을 이전부터 보유한 사실관계를 전제로 합니다. 종전 합병 직전에 소멸회사 주식을 새로 샀다면 그 주식의 취득일이 2년 안에 들어올 수 있습니다.

세 회사 이상을 한꺼번에 합병하면 어떻게 계산하나요?

신설합병이나 3개 이상 법인이 함께 합병하면서 피합병법인이 다른 피합병법인 주식을 갖고 있으면, 그 주식을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 같은 방식으로 금전 교부 간주액을 계산합니다. 두 번에 나눠 진행하는 순차 합병에서 종전 합병 신주의 기산일을 정한 이 회신과는 다른 상황입니다.

그래서 여러 계열사를 정리할 때 한 번에 합병할지, 순서를 나눠 합병할지에 따라 포합주식 계산이 달라질 수 있습니다. 2026. 2. 27. 개정 시행령은 주식교부비율을 따질 때 합병법인 주식뿐 아니라 합병법인의 모회사 주식도 합병교부주식등에 넣도록 정했으므로, 합병 구조를 정하기 전에 여러 방식으로 주식교부비율을 계산해 보는 것이 안전합니다.

합병포합주식 보유기간 대응 순서

• 취득 경로 분류 - 포합주식을 매수 취득분과 종전 합병 신주분으로 나눕니다.
• 기산일 확정 - 종전 합병 신주는 소멸회사 주식의 최초 취득일을 계약서와 장부로 확인합니다.
• 교부비율 계산 - 2년 안 취득분만 금전 교부로 보아 주식교부비율 100분의 80 충족 여부를 계산합니다.
• 신고 - 적격합병이면 피합병법인이 합병법인과 함께 합병과세특례 신청서를 법인세 신고 때 냅니다.
• 다툼 대비 - 포합주식 계산 때문에 비적격으로 과세되면 과세전적부심사 또는 고지 뒤 90일 안 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종전 합병 직전에 주식을 사들였거나 합병 사이에 지분 매매가 끼어 있으면 거래 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병 관련 법인세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 포합주식에 합병신주를 주지 않아도 계산에 넣나요?
  네, 합병법인이 보유한 포합주식에 합병교부주식을 실제로 주지 않더라도 지분비율에 따라 준 것으로 보아 합병대가를 계산합니다. 그 간주 교부분 가운데 2년 안에 취득한 포합주식분이 금전 교부로 간주됩니다.
• 지배주주등이 아니면 2년 안에 산 주식도 괜찮나요?
  합병법인이 피합병법인의 지배주주등이 아니면 2년 안에 취득한 포합주식이 발행주식총수의 100분의 20을 넘는 부분만 금전 교부로 봅니다. 100분의 20 이하라면 주식교부비율 계산에 영향이 없습니다.
• 세 회사를 한꺼번에 합병하면 어떻게 계산하나요?
  신설합병이나 3개 이상 법인이 합병하면서 피합병법인이 다른 피합병법인 주식을 갖고 있으면, 그 주식을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 같은 방식으로 금전 교부 간주액을 계산합니다. 순차 합병과 계산 결과가 달라질 수 있으므로 구조를 정하기 전에 비교해 보아야 합니다.
• 분할로 받은 주식도 같은 기준인가요?
  회신은 합병으로 받은 신주에 관한 것입니다. 분할로 받은 주식에 대해 같은 기산일을 적용할지는 분할의 성격과 대가 지급 여부에 따라 달라질 수 있으므로, 분할 신주가 섞여 있다면 별도 해석을 확인해야 합니다.
• 주식교부비율 80%를 못 채우면 어떤 세금이 생기나요?
  비적격합병이 되면 피합병법인은 양도가액과 순자산 장부가액의 차액을 양도손익으로 계산해 법인세를 내고, 합병법인은 승계 자산을 시가로 취득한 것으로 봅니다. 합병 전 구조를 설계할 때 계산해 보아야 할 부분입니다.
• 이미 비적격으로 신고했다면 바로잡을 수 있나요?
  포합주식 기산일을 잘못 판단해 비적격으로 신고하고 세금을 더 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다. 다만 적격합병 과세특례는 신고 때 합병과세특례 신청서를 내야 하므로 경정청구로 받아들여질지는 따로 따져야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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