세금

합병으로 받은 주식을 팔 때 양도소득세 취득가액은 얼마로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

1주당 취득가액은 합병 전 옛 주식을 사는 데 든 총금액을 기준으로 계산합니다. 여기에 합병 때 의제배당으로 과세된 금액을 더하고 받은 금전 등을 뺀 뒤 주식 수로 나눕니다. 합병 당시 새 주식의 시가가 기준인 것은 아닙니다. 적격합병 요건을 갖춰 의제배당이 없었다면 옛 주식 취득가액이 그대로 이어집니다.

1주당 취득가액은 합병 전 옛 주식을 사는 데 든 총금액을 기준으로 계산합니다. 여기에 합병 때 의제배당으로 과세된 금액을 더하고 받은 금전 등을 뺀 뒤 주식 수로 나눕니다. 합병 당시 새 주식의 시가가 기준인 것은 아닙니다. 적격합병 요건을 갖춰 의제배당이 없었다면 옛 주식 취득가액이 그대로 이어집니다.

합병 당시 주가가 아니라 옛 주식 매입가가 기준인가요?

네, 출발점은 합병으로 사라진 회사의 주식을 처음 살 때 든 총금액입니다. 시행령은 그 총금액을 합병으로 받은 주식 수로 나눠 1주당 취득가액을 정합니다. 합병비율에 따라 주식 수가 바뀌어도 총금액이 그대로 옮겨 가는 구조입니다.

예를 들어 피합병법인 주식 1만주를 1억원에 샀고, 합병비율 1대 2로 합병법인 주식 2만주를 받았다고 해 봅니다. 의제배당과 합병교부금이 없었다면 1주당 취득가액은 5,000원입니다. 합병 당시 합병법인 주가가 1만원이었더라도 취득가액은 5,000원으로 봅니다.

이 구조 때문에 합병 전에 쌓인 차익은 사라지지 않고 신주를 팔 때 과세됩니다. 옛 주식의 매매계약서와 대금 지급 내역을 합병 뒤에도 보관해야 하는 이유입니다. 합병 무렵 증권사 계좌를 옮겼다면 이전 계좌의 거래내역도 함께 챙겨 두어야 합니다. 옛 주식을 여러 번에 나눠 샀다면 각 매입금액을 모두 더한 총금액이 기준입니다.

합병 때 의제배당으로 세금을 냈다면 취득가액에 더해 주나요?

네, 합병 때 의제배당으로 과세된 금액은 취득가액에 더합니다. 의제배당은 합병으로 받은 대가가 옛 주식 취득가액을 넘는 금액입니다. 이미 배당소득으로 과세된 부분을 양도할 때 다시 과세하지 않으려는 장치입니다.

의제배당이 생기는지는 합병 요건에 따라 갈립니다. 법인세법상 적격합병의 사업목적·지분연속 요건을 갖추었다면 받은 주식을 옛 주식 취득가액으로 평가합니다. 완전 모자회사 사이 합병처럼 법인세법 제44조 제3항에 해당하는 경우도 같습니다. 이때는 의제배당이 없고 옛 주식 취득가액이 그대로 이어집니다.

요건을 갖추지 못하면 받은 주식을 취득 당시 시가로 평가합니다. 시가가 옛 주식 취득가액보다 높으면 그 차액이 의제배당이 되고, 같은 금액이 신주 취득가액에 더해집니다. 예를 들어 옛 주식 취득가액 1억원에 시가 2억원어치 신주 2만주를 받았다면 의제배당은 1억원입니다. 이 경우 신주 취득가액은 2억원, 1주당 1만원이 됩니다. 결국 합병 때 배당소득으로 과세된 만큼 나중 양도차익이 줄어듭니다. 합병 당시 의제배당 신고 내역이 없다면 취득가액을 다시 계산해 볼 필요가 있습니다.

합병교부금을 함께 받았다면 어떻게 계산하나요?

합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액은 취득가액 총금액에서 뺍니다. 교부금으로 이미 회수한 부분까지 신주 취득가액에 남겨 두지 않기 위해서입니다. 교부금은 의제배당을 계산할 때 합병대가에 포함됩니다. 교부금과 신주를 합친 대가가 옛 주식 취득가액을 넘으면 그 차액이 배당소득이 됩니다.

적격 요건을 갖춘 합병이라도 주식과 금전을 함께 받았다면 한 가지를 더 봅니다. 받은 주식의 시가가 옛 주식 취득가액보다 낮으면 그 주식은 시가로 평가합니다. 이 경우 의제배당 계산과 신주 취득가액이 모두 달라지므로 합병 당시 시가 자료가 필요합니다.

예를 들어 옛 주식 취득가액이 1억원이고 교부금 2,000만원과 신주 2만주를 받았다고 해 봅니다. 의제배당이 없었다면 1억원에서 2,000만원을 뺀 8,000만원을 2만주로 나눠 1주당 4,000원이 됩니다.

합병 전에 증여세를 낸 주식이면 취득가액이 달라지나요?

네, 그 주식과 관련해 증여세를 과세받았다면 증여재산가액이나 증여의제이익을 취득가액에 더합니다. 합병상장이익, 일감몰아주기 증여의제이익처럼 상속세 및 증여세법의 이익 증여 규정으로 과세된 경우가 해당합니다. 이미 증여세로 과세된 가치 상승분을 양도소득세로 다시 과세하지 않기 위한 규정입니다. 나중에 증여세가 감액경정되면 그 감액분은 취득가액에서 뺍니다.

특수관계인에게서 옛 주식을 싸게 사서 법인세법상 상여나 배당으로 처분된 금액이 있었다면 그 금액도 더합니다. 합병 전후 여러 단계에서 과세된 금액을 빠뜨리지 않고 모아야 정확한 취득가액이 나옵니다. 일감몰아주기 증여의제이익을 더하는 문제는 「일감몰아주기 증여세를 낸 주식, 합병상장이익 계산 때 취득가액에 더해 주나요?」에서 다룹니다.

합병신주 양도소득세 취득가액 대응 순서

• 옛 주식 자료 확보 - 피합병법인 주식의 매매계약서, 증자 납입 내역, 계좌 거래내역을 모읍니다.
• 합병 조건 확인 - 합병비율, 교부금 유무, 적격합병 요건 충족 여부를 합병계약서와 신고서로 확인합니다.
• 과세 이력 반영 - 합병 때 의제배당, 과거 증여세 증여재산가액, 상여·배당 처분 금액을 더합니다.
• 1주당 금액 계산 - 총금액에서 교부금을 빼고 받은 주식 수로 나눠 1주당 취득가액을 정합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 신고하고, 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병의 적격 여부와 합병 전후 과세 이력에 따라 취득가액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병·분할 주식의 양도소득세 취득가액 검토와 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분할로 받은 신설회사 주식도 같은 방식으로 계산하나요?
  네, 구조가 같습니다. 분할법인 주식 취득 총금액에 분할 의제배당 금액을 더하고 분할교부금을 뺍니다. 그 금액을 받은 주식 수로 나눠 1주당 취득가액을 정합니다.
• 소액주주인데 옛 주식을 산 가격을 모르면 어떻게 하나요?
  의제배당을 계산할 때 소액주주이고 주주가 많거나 거래가 잦아 취득금액이 불분명하면 액면가액을 취득금액으로 봅니다. 다른 가액을 증명하면 그 금액을 씁니다.
• 합병신주를 일부만 팔면 취득가액은 어떻게 나누나요?
  1주당 취득가액에 판 주식 수를 곱해 계산합니다. 시행령이 총금액을 받은 주식 수로 나눈 1주당 금액을 정하므로 일부 양도도 같은 단가를 씁니다.
• 합병법인이 상장회사면 양도소득세를 내지 않나요?
  상장주식은 대주주가 아닌 주주가 증권시장에서 판 경우 양도소득세 과세대상에서 빠집니다. 대주주이거나 장외에서 팔았다면 이 글의 취득가액 계산이 그대로 필요합니다.
• 합병 의제배당을 신고하지 않았다면 지금 어떻게 해야 하나요?
  의제배당은 배당소득이므로 해당 연도 종합소득세 신고 대상인지부터 확인합니다. 신고를 고치면 신주 취득가액도 같은 금액만큼 늘어나므로 두 세목을 함께 정리합니다.
• 취득가액을 낮게 신고해 세금을 더 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 예정신고나 확정신고를 기한 안에 했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 의제배당 과세 내역과 옛 주식 매입 자료를 함께 냅니다.

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