양도소득세

인적분할로 받은 신설회사 주식을 팔면 양도세 취득가액은 언제 기준인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

요건을 갖춘 인적분할로 받은 신설회사 주식을 팔면 양도세 취득가액은 원래 회사 주식을 처음 취득한 때를 기준으로 정합니다. 대법원은 기준시가로 계산할 때도 분할 전 회사 주식의 취득 당시 기준시가를 써야 과세 공백이 생기지 않는다고 판단했습니다. 지금은 분할 당시 의제배당 과세가 있었는지부터 확인하십시오.

분할 때 의제배당 세금을 내지 않았다고 해서 그 부분이 영영 과세되지 않는 것은 아니지만, 분할 당시에 따로 신고할 것도 없습니다. 미뤄진 과세는 신설회사 주식을 팔 때 한 번에 정산됩니다.

이런 상담이 많습니다

B씨 가족은 2010년대 초 비상장 제조회사 주식을 취득해 보유해 왔습니다. 회사는 2019년 사업부문 하나를 떼어 새 회사를 만드는 인적분할을 했고, 주주들은 지분 비율대로 새 회사 주식만 받았습니다. B씨 가족은 2024년 새 회사 주식을 팔고 양도소득세를 신고했는데, 오래전 취득 자료가 남아 있지 않아 기준시가로 양도차익을 계산하게 됐습니다. 세무서는 새 회사 주식의 취득가액을 분할 당시가 아니라 원래 회사 주식을 처음 산 때의 기준시가로 보아 세금을 더 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

인적분할로 받은 주식의 취득가액은 언제 기준으로 정하나요?

요건을 갖춘 인적분할로 받은 신설회사 주식은 원래 회사 주식을 처음 취득한 때를 기준으로 취득가액을 정합니다. 분할 당시에 의제배당으로 과세되지 않은 몫은 신설회사 주식을 팔 때 양도소득세로 과세된다는 뜻입니다.

실지거래가액으로 계산할 때는 원래 회사(분할법인) 주식을 취득하는 데 든 총금액을 분할로 받은 주식 수로 나누어 1주당 취득가액을 정합니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「소득세법 시행령」이 이 계산을 명문으로 두고 있습니다.

분할 당시의 의제배당 계산에서도 법인세법이 정한 적격분할 요건을 갖추면 받은 주식의 가액을 분할법인 주식의 취득가액으로 봅니다. 그래서 분할 시점에는 의제배당이 생기지 않고 과세가 뒤로 미뤄집니다.

실지거래가액을 모르면 기준시가로 어떻게 계산하나요?

기준시가로 계산할 때도 결론은 같습니다. 대법원은 요건을 갖춘 인적분할로 신설회사 주식을 받으면서 의제배당 과세가 없었다면, 그 주식의 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 분할 전 회사 주식을 취득했을 당시 그 주식의 기준시가로 보아야 한다고 판단했습니다.

이유는 과세 공백입니다. 신설회사 주식을 받은 때의 기준시가를 취득가액으로 쓰면, 원래 회사 주식을 산 때부터 분할 때까지 오른 가치는 분할 때도 과세되지 않고 나중에 팔 때도 과세되지 않습니다. 원심은 분할 전 회사 주식의 취득 당시 기준시가에 분할비율을 곱해 신설회사 주식의 취득가액을 계산했고, 대법원은 이를 그대로 인정했습니다.

반대로 요건을 갖추지 못한 인적분할이라 분할 때 이미 의제배당으로 과세됐다면, 이중과세를 막기 위해 신설회사 주식을 받은 때의 기준시가가 취득가액이 됩니다.

양도가액과 취득가액의 계산 방식이 달라도 되나요?

됩니다. 양도가액을 기준시가로 정하면 취득가액도 기준시가로 정해야 하지만, 법은 둘의 구체적인 산정 방식까지 같을 것을 요구하지 않습니다. 그래서 양도가액은 비상장인 신설회사 기준으로, 취득가액은 상장사였던 원래 회사 기준으로 산정해도 위법하지 않다고 보았습니다.

실지거래가액을 장부나 증명서류로 확인할 수 없을 때 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가 등으로 추계하는 순서도 법령에 정해져 있습니다. 기준시가로 가기 전에 다른 방법을 쓸 수 있는지부터 따져 보아야 합니다.

인적분할 주식 양도세 대응 순서

• 분할 요건 확인 - 분할 당시 법인세법상 적격분할 요건을 갖췄는지 확인합니다. 의제배당 과세 여부가 취득가액 기준 시점을 가릅니다.
• 원래 주식 취득 자료 찾기 - 분할 전 회사 주식을 산 계약서, 이체 내역, 증여·상속 신고서를 모읍니다. 실지거래가액이 확인되면 기준시가 계산을 피할 수 있습니다.
• 분할비율 확인 - 분할계획서와 등기 서류에서 분할비율을 확인합니다. 취득가액은 이 비율로 나뉩니다.
• 세무서 계산 검토 - 고지서의 취득가액 산정 시점과 기준시가 산정 방식을 확인합니다. 잘못된 시점이나 비율을 썼는지 봅니다.
• 불복 기한 관리 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 분할 때 금전 등을 함께 받았거나 분할 후 다시 합병·증자가 있었다면 분할계획서와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 불복과 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 인적분할 때 주식을 받으면 바로 세금을 내야 하나요?
  법인세법이 정한 적격분할 요건을 갖추고 분할대가를 모두 주식으로 받았다면 분할 당시에는 의제배당이 생기지 않습니다. 받은 주식의 가액을 분할법인 주식의 취득가액으로 보기 때문입니다. 요건을 갖추지 못했거나 금전을 함께 받았다면 분할 당시 의제배당 과세가 생길 수 있습니다.
• 실지거래가액으로 계산하면 1주당 취득가액은 어떻게 정하나요?
  분할 당시 보유하던 분할법인 주식을 취득하는 데 든 총금액을 분할로 받은 주식 수로 나누어 계산합니다. 이때 의제배당 금액은 더하고, 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액은 뺍니다. 분할 전 주식을 언제 얼마에 샀는지가 계산의 출발점입니다.
• 취득 자료가 없으면 기준시가 시점은 언제인가요?
  대법원 2026. 6. 5. 선고 2025두35546 판결은 요건을 갖춘 인적분할로 의제배당 과세가 없었다면, 특별한 사정이 없는 한 분할법인 주식을 취득했을 당시 그 주식의 기준시가를 취득가액으로 보아야 한다고 판단했습니다. 판결 사건에서는 여기에 분할비율을 곱해 신설회사 주식의 취득가액을 계산했습니다.
• 분할 때 의제배당 세금을 냈다면 달라지나요?
  달라집니다. 요건을 갖추지 못한 인적분할로 분할 당시 이미 의제배당 과세가 이루어졌다면, 같은 가치 상승분에 두 번 과세하지 않도록 신설회사 주식을 취득한 당시의 기준시가를 취득가액으로 산정해야 한다고 대법원은 보았습니다. 분할 당시 신고 내역을 확인해야 하는 이유입니다.
• 양도가액과 취득가액의 기준시가 산정 방식이 달라도 되나요?
  됩니다. 소득세법 제100조 제1항은 양도가액을 기준시가에 따르면 취득가액도 기준시가에 따르도록 할 뿐, 구체적인 산정 방식까지 같을 것을 요구하지 않습니다. 대법원은 양도가액을 비상장법인 방식으로, 취득가액을 상장법인 방식으로 산정한 것을 위법하지 않다고 보았습니다.
• 양도세 고지서를 받으면 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 내야 합니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구 결정을 거친 뒤, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 제기해야 합니다. 분할 관련 자료를 모으는 데 시간이 걸리므로 고지 직후 준비를 시작해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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