법인세

회사를 합병·분할하면 세금이 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

원칙적으로 나옵니다. 법인세법 제44조와 제46조는 합병·분할을 자산을 시가로 넘긴 것으로 보아 소멸하는 법인에 법인세를, 주주에게 의제배당 소득세를 과세하도록 정합니다. 다만 적격합병·적격분할 요건을 갖추면 과세를 이연할 수 있고, 물적분할은 같은 법 제47조의 특례가 따로 있습니다.

네 요건을 등기일 기준으로 대조합니다

적격 여부는 합병·분할등기일을 기준으로 판단하고, 법정 신청 기한은 따로 없습니다. 1년 이상 사업 계속, 합병대가의 80% 이상 주식 교부와 지배주주의 보유, 승계한 사업의 계속, 근로자 80% 이상 승계를 순서대로 대조하고 하나라도 빠지면 이연은 없습니다. 분할은 여기에 독립된 사업부문 요건이 더해져, 분리해 사업이 가능한 부문을 자산·부채와 함께 포괄 이전해야 합니다.

사후관리 2년을 지나기 전에 매각 계획까지 함께 봅니다

등기 후에는 사후관리 기간 2년, 고용 유지는 3년 동안 요건을 유지해야 합니다. 합병등기일이 속한 사업연도의 다음 해부터 사후관리 기간 안에 승계한 사업을 폐지하거나 지배주주가 주식을 처분하거나 고용이 줄면, 이연된 양도손익과 자산조정계정이 그 사업연도 소득에 한꺼번에 들어갑니다. 위반 사유별로 예외가 있으므로 구조조정 뒤의 매각 계획까지 함께 잡아 발생 전에 검토해야 합니다.

법인세 말고 어떤 세목이 함께 걸리는지 봅니다

주주의 의제배당 소득세, 부동산 승계에 따른 취득세, 부가가치세와 증권거래세를 함께 봅니다. 취득세와 증권거래세의 감면은 법인세의 적격 요건과 별도로 정해져 있어 각각 확인해야 합니다. 합병·분할이 있는 사업연도는 세무조사에서 요건 충족 여부와 합병비율의 적정성을 중점적으로 보므로, 요건 판단 자료와 주식 평가 근거를 등기 시점에 맞춰 보관해 둡니다.

준비 자료와 질문

합병·분할의 구조도와 예정 등기일, 주주 구성과 지분율, 사업부문별 자산·부채 내역, 근로자 현황과 승계 계획, 주식 평가 자료를 준비합니다. 질문은 ‘네 요건 가운데 어디가 위태로운가’, ‘사후관리 기간에 예정된 처분이 있는가’, ‘취득세와 증권거래세는 어떻게 되는가’로 나누면 정리가 빠릅니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 적격합병 요건을 갖추면 세금이 아예 없어지나요?
  없어지지 않고 뒤로 미뤄집니다. 합병법인이 자산을 장부가액으로 승계하므로 나중에 그 자산을 처분할 때 이연된 차익이 과세되고, 주주도 신주를 처분할 때 양도차익으로 과세됩니다.
• 분할도 합병과 같은 요건인가요?
  큰 틀은 같지만 분할은 「독립된 사업부문」 요건이 추가됩니다. 분리해 사업이 가능한 부문을 자산·부채와 함께 포괄 이전해야 하고, 물적분할은 별도의 특례로 과세를 이연합니다.
• 법인세 외에 어떤 세금을 봐야 하나요?
  주주의 의제배당 소득세, 부동산 승계에 따른 취득세, 부가가치세와 증권거래세를 함께 봅니다. 취득세와 증권거래세 감면은 법인세 적격 요건과 별도로 정해져 있어 각각 확인해야 합니다.

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