양도소득세

옛집을 헐고 새로 지은 집, 장기보유특별공제 기간은 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

건물 부분은 새로 지은 집의 사용승인서 교부일부터 보유기간과 거주기간을 세고, 헐기 전 옛집에 살던 기간은 더하지 않습니다. 국세청은 임의재건축한 1세대 1주택의 건물 양도차익에 장기보유특별공제 표2를 적용할 때 멸실 전 주택의 보유·거주기간을 통산하지 않는다고 회신했습니다. 지금은 사용승인서 교부일과 새 집에 실제로 전입해 산 기간, 비과세 판정과는 기준이 다르다는 점부터 확인해야 합니다.

옛집을 헐고 새로 지었다고 해서 1세대 1주택 비과세의 2년 보유·거주 요건까지 처음부터 다시 채울 필요는 없습니다. 비과세 판정에서는 멸실된 주택과 재건축한 주택의 기간을 합쳐 세고, 공제율 계산에서만 건물의 기산일이 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1988년 단독주택을 사서 가족과 28년을 살았습니다. 집이 낡아 2016년 헐고 다가구주택으로 다시 지어 2017년 4월 사용승인을 받았는데, 완공 뒤에는 세를 놓고 본인은 다른 곳에 전세로 살았습니다. 2026년 이 집을 20억원에 팔 계획인데, 1세대 1주택이라 12억원까지는 비과세가 되더라도 초과분에 대한 장기보유특별공제를 1988년부터 38년 보유, 28년 거주로 계산해 80%를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

헐기 전 집의 보유·거주기간을 새 집 건물에 더할 수 있나요?

아니요, 임의로 재건축한 주택의 건물 부분에 1세대 1주택 장기보유특별공제 표2를 적용할 때 보유기간과 거주기간은 새 건물의 사용승인서 교부일부터 셉니다. 자기가 지은 건물의 취득시기는 사용승인서 교부일이고, 교부일 전에 실제로 사용했거나 임시사용승인을 받았다면 그중 빠른 날입니다. 장기보유특별공제의 보유기간은 자산의 취득일부터 양도일까지이므로, 멸실된 옛 건물과 새 건물은 서로 다른 자산이고 옛 건물의 기간은 새 건물로 이어지지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」 제95조 제4항과 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호가 이 구조를 그대로 두고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 1세대가 기존주택을 멸실하고 임의재건축한 주택을 양도할 때 건물 부분 양도차익에 소득세법 제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간과 거주기간은 재건축한 건물의 사용승인서 교부일부터 기산한다고 회신했습니다(서면-2021-법규재산-2385, 2023. 6. 28.). 질의자는 1984년 서울의 단독주택을 사서 살다가 2012년 헐고 임의재건축해 2013년 다가구주택 사용승인을 받았고, 완공된 집에는 살지 않은 채 2021년 이후 고가주택으로 팔 예정이었습니다. 국세청은 사용승인서 교부일 전에 실제로 사용했거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날부터 기산한다고 덧붙였고, 멸실 전 주택에 살던 기간은 건물 부분 공제율 계산에 더하지 않는다고 보았습니다.

이 회신은 재개발·재건축조합을 거치지 않고 소유자가 스스로 헐고 지은 임의재건축 사안입니다. 정비사업으로 조합에 기존 건물을 제공하고 새 집을 받은 경우에는 시행령 제166조에 따라 관리처분계획 인가일을 기준으로 기간을 나누어 계산하므로 결론이 다릅니다.

토지와 비과세 판정은 기준이 다른가요?

네, 같은 집이라도 세 가지 판단의 기산일이 서로 다릅니다. 비과세 2년 요건을 볼 때는 소실·무너짐·노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 멸실 전 주택과 합쳐 셉니다. 부수토지의 장기보유특별공제는 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용한다는 기획재정부 해석(재산세제과-34, 2017. 1. 16.)이 있고, 표2를 적용할 자격인 거주기간 2년을 볼 때는 노후로 멸실된 주택에 살던 기간을 합산한다는 해석(재산세제과-1007, 2022. 8. 19.)도 있습니다. 회신은 이 해석들을 함께 인용하면서 건물 부분의 공제율 계산 기간만 사용승인일부터 센다고 정리했습니다.

• 비과세 2년 보유·거주 - 멸실 전 주택과 재건축 주택의 기간을 통산합니다.
• 표2 적용 자격(거주 2년) - 멸실된 주택에 거주한 기간을 합산합니다.
• 토지 공제율 - 종전주택 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간으로 계산합니다.
• 건물 공제율 - 사용승인서 교부일(또는 그 전의 실제 사용일·임시사용승인일)부터 계산합니다.

각색 사례로 계산하면, 건물 부분은 2017년 4월 사용승인일부터 2026년 양도일까지 9년 보유로 보유기간별 공제율 36%이고 새 집에 살지 않았으므로 거주기간별 공제율은 없습니다. 옛집 기간을 더해 보유 38년·거주 28년으로 계산했을 때의 80%와 차이가 큽니다. 건물 부분 양도차익이 2억원이면 공제액은 7,200만원입니다(단순 예시 계산).

임의재건축 주택 장기보유특별공제 대응 순서

• 기산일 확정 - 건축물대장과 사용승인서로 사용승인서 교부일을 확인하고, 그 전에 실제 입주했거나 임시사용승인을 받았는지 전입 기록과 함께 확인합니다.
• 건물·토지 분리 - 양도가액과 취득가액을 건물과 토지로 나누고, 건물은 사용승인일부터, 토지는 종전주택 부수토지였던 기간을 포함해 보유기간을 각각 셉니다.
• 거주기간 정리 - 새 건물에 전입해 산 기간이 있으면 주민등록 초본으로 정리합니다. 2년 이상이면 건물 부분에도 거주기간별 공제율이 붙습니다.
• 12억원 초과분 계산 - 양도가액이 12억원을 넘으면 초과 비율만큼의 양도차익에 건물·토지별 공제율을 적용해 예정신고합니다.
• 부인 시 대응 - 세무서가 공제율을 달리 보아 고지하면 90일 안에 심판청구를 검토하고, 신고한 공제율이 적었다면 5년 안의 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 정비사업 여부와 사용승인 전 실제 사용 여부, 새 집 거주기간에 따라 결론이 달라지므로 건축물대장·사용승인서·주민등록 초본을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사용승인 전에 먼저 입주했으면 그날부터 세나요?
  네, 사용승인서 교부일 전에 실제로 사용했거나 임시사용승인을 받았다면 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날부터 보유기간을 셉니다. 건축허가 없이 지은 건물은 사실상 사용일이 기준입니다. 전입신고일, 공과금 납부 시작일 같은 기록으로 실제 사용일을 증명할 수 있어야 합니다.
• 새 집에 2년 살지 않았는데 표2 공제를 받을 수 있나요?
  표2를 적용하려면 1세대 1주택으로서 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 기획재정부는 노후로 멸실되어 임의로 재건축한 경우 멸실된 주택에 거주한 기간을 합산해 이 거주기간을 산정한다고 해석했습니다(재산세제과-1007, 2022. 8. 19.). 다만 건물 부분의 공제율을 계산하는 거주기간은 사용승인일부터 새 집에 산 기간만 봅니다.
• 토지 부분은 옛집 때부터 보유한 것으로 보나요?
  기획재정부는 노후 등으로 종전주택을 멸실하고 재건축한 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제를 계산할 때 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용한다고 해석했습니다(재산세제과-34, 2017. 1. 16.). 건물과 토지의 양도가액을 나누어 각각 계산해야 합니다.
• 비과세 2년 요건도 사용승인일부터 다시 채워야 하나요?
  아니요, 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산합니다. 옛집에서 2년 이상 보유·거주했다면 새 집을 바로 팔아도 1세대 1주택 비과세 요건은 갖춘 것입니다. 공제율 계산과 비과세 판정의 기준이 다른 점을 구분해야 합니다.
• 재건축조합을 통해 새 집을 받은 경우도 같은가요?
  아니요, 재개발·재건축사업으로 조합에 기존 건물과 토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 새 집을 받은 경우에는 시행령 제166조에 따라 관리처분계획 인가일을 기준으로 양도차익과 보유기간을 나누어 계산합니다. 이 회신은 조합 없이 소유자가 스스로 헐고 지은 임의재건축에 관한 것이므로 정비사업 사안에는 그대로 적용되지 않습니다.
• 12억원 초과분은 어떻게 계산하나요?
  양도가액이 12억원을 넘는 1세대 1주택은 전체 양도차익에 (양도가액 - 12억원) ÷ 양도가액을 곱한 금액만 과세 양도차익이 되고, 장기보유특별공제액도 같은 비율로 계산합니다. 양도가액 20억원이면 양도차익의 40%가 과세 대상입니다(단순 예시 계산). 건물과 토지의 보유기간이 다르면 12억원을 양도가액 비율로 안분합니다.
• 공제율을 적게 신고했으면 돌려받을 수 있나요?
  토지 부분까지 사용승인일부터 계산하는 등 공제율을 적게 적용해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 반대로 세무서가 건물 부분에 옛집 기간을 인정하지 않고 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 재건축 청산금을 내고 받은 새 아파트, 장기보유특별공제 거주 2년은 어떻게 세나요?
• 같이 살던 부모님께 상속받은 고가주택, 장특공에 부모님 기간도 합치나요?
• 아내가 전근으로 못 산 집, 나머지 가족 거주로 비과세·장특공 받나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기