불복·환급

통상 경정청구를 안 했는데 나중에 후발적 경정청구를 할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 통상 경정청구를 할 수 있었는데 하지 않았더라도 세무서가 손익 귀속시기를 바꾸는 경정을 했다면 다른 사업연도에 대해 후발적 경정청구를 할 수 있습니다. 국세청은 통상 경정청구가 가능했다는 사정만으로 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다고 회신했습니다. 지금은 경정 통지를 받아 사유를 안 날부터 3개월이 지났는지부터 확인해야 합니다.

통상 경정청구를 할 수 있었는데 하지 않은 이유를 세무서에 해명할 필요는 없습니다. 후발적 경정청구는 청구하는 시점에 법이 정한 사유가 있는지만 따집니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2020 사업연도 법인세를 신고하면서 원래 2019 사업연도에 손금으로 넣었어야 할 비용을 뒤늦게 알고, 지난 사업연도 경정청구 대신 2020 사업연도 손금으로 넣었습니다. 2025년 시작된 세무조사에서 과세관청은 그 비용의 귀속 사업연도가 2019 사업연도라고 보아 2026년 초 2020 사업연도 손금을 부인하는 경정을 했습니다. 2019 사업연도는 법정신고기한인 2020년 3월 말부터 5년이 지난 2025년 3월 말에 통상의 경정청구 기간도 끝난 상태였습니다. E사는 처음부터 경정청구를 하지 않은 사정 때문에 이제 와서 2019 사업연도 세금을 줄여 달라고 할 수 없는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

손익 귀속시기를 바꾸는 경정도 후발적 경정청구 사유인가요?

네, 세무서가 손익의 귀속시기를 바꾸는 경정을 해서 다른 사업연도에 처음 신고한 세액이 세법에 따라 신고했어야 할 세액보다 많아졌다면 후발적 경정청구 사유가 됩니다. 비용을 이 사업연도가 아니라 앞 사업연도의 손금이라고 본다면, 앞 사업연도에는 그만큼 세금을 더 낸 셈이 되기 때문입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「국세기본법」은 결정·경정으로 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정)이나 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정)의 세액이 과다해진 경우를 후발적 사유로 적고 있습니다. 기획재정부도 손익의 귀속시기를 변경하는 경정은 이 사유에 해당한다고 해석했고(조세법령운용과-1312, 2017. 12. 4.), 이 해석은 국세청의 세법해석 정비 뒤에도 유지사례로 남아 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 통상의 경정청구를 할 수 있었다는 사정만으로 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다고 회신했습니다(기준-2018-법령해석기본-0158, 2018. 8. 23.). 질의 법인은 2012 사업연도 신고 때 2011 사업연도 손금불산입이 과다하다는 것을 알았지만 업무가 복잡하다는 이유로 경정청구 대신 2012 사업연도 손금으로 넣었습니다. 과세관청은 조사 결과 그 손금의 귀속시기가 2011 사업연도라며 2012 사업연도 손금 산입을 취소하는 경정을 했고, 법인은 2011 사업연도에 대해 후발적 경정청구를 했습니다.

국세청은 후발적 경정청구 제도가 통상의 경정청구 기간이 지난 뒤 사정이 바뀐 납세자를 구제하려는 것이므로, 사유가 신고 때 이미 있었는지보다 청구 시점에 사유가 있는지가 기준이라고 보았습니다. 법은 경정청구 사유 말고 다른 요건을 두지 않으므로, 납세자의 주관적 사정이나 경위를 따지는 것은 법 문언에 없는 요건을 만드는 해석이라고 했습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이어서, 귀속시기 변경이 아닌 다른 이유의 경정이라면 결론이 달라질 수 있습니다.

통상 경정청구와 후발적 경정청구는 무엇이 다른가요?

통상의 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 신고한 세액이 많았다는 이유로 하는 것이고, 후발적 경정청구는 그 뒤 판결·경정 같은 사유가 생겼을 때 그 사유를 안 날부터 3개월 안에 하는 것입니다. 통상의 경정청구는 신고서를 낸 사람이 하지만, 후발적 경정청구는 신고서를 낸 사람뿐 아니라 세무서의 결정을 받은 사람도 할 수 있습니다. 후발적 사유에는 귀속시기 변경 외에도 판결로 거래가 다르게 확정된 경우, 소득의 귀속을 제3자에게 바꾸는 경정, 조세조약 상호합의가 있습니다. 계약이 해제권 행사로 해제되는 경우처럼 시행령이 정한 사유도 있습니다.

귀속시기 변경 후발적 경정청구 대응 순서

• 경정 내용 확인 - 결정통지서에서 어느 항목이 어느 사업연도로 귀속이 바뀌었는지 확인합니다. 귀속시기 변경인지가 사유 판단의 출발점입니다.
• 연동 사업연도 계산 - 귀속이 옮겨 간 사업연도의 과세표준과 세액을 다시 계산합니다. 처음 신고한 세액보다 줄어드는 금액이 청구 대상입니다.
• 3개월 기한 확인 - 경정 통지를 받아 사유를 안 날부터 3개월이 기준입니다. 통상 경정청구 기간이 남아 있으면 그 기간 안에 함께 검토합니다.
• 경정청구서 제출 - 결정통지서와 손금 귀속 자료를 붙여 관할 세무서에 냅니다. 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 거부 시 심판청구 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 귀속시기 변경과 함께 다른 항목의 증액이 섞여 있거나 결손금 이월공제가 연결된 사업연도라면 사업연도별 계산을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 후발적 경정청구와 경정거부처분에 대한 심판청구·취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 통상 경정청구와 후발적 경정청구는 무엇이 다른가요?
  통상의 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 신고한 세액이 많았다는 이유로 합니다. 후발적 경정청구는 판결이나 귀속시기 변경 경정 같은 사유가 생겼을 때 그 사유를 안 날부터 3개월 안에 합니다. 통상 기간이 지났어도 후발적 사유가 있으면 청구할 수 있습니다.
• 후발적 경정청구는 언제까지 해야 하나요?
  후발적 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 안에 해야 합니다. 세무서의 경정이 사유라면 보통 결정통지서를 받은 날이 기준이 되므로, 통지서 수령일을 기록해 두어야 합니다. 통상 경정청구 기간 5년과는 따로 계산합니다.
• 일부러 경정청구를 안 했어도 괜찮나요?
  국세청은 납세자가 통상의 경정청구를 할 수 있었다는 주관적 사정을 이유로 후발적 경정청구를 배제할 수 없다고 회신했습니다. 법은 경정청구 사유 말고 다른 요건을 두지 않으므로, 청구 시점에 사유가 있는지만 따집니다.
• 귀속시기 변경 말고 어떤 사유가 있나요?
  판결로 거래가 다르게 확정된 경우, 소득 귀속을 제3자로 바꾸는 경정, 조세조약 상호합의가 다르게 이루어진 경우가 있습니다. 시행령은 계약이 해제권 행사로 해제되거나 성립 후 부득이한 사유로 해제·취소된 경우 등도 사유로 정합니다.
• 신고 없이 결정을 받은 경우도 되나요?
  네, 후발적 경정청구는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 낸 사람뿐 아니라 국세의 과세표준과 세액의 결정을 받은 사람도 할 수 있습니다. 통상의 경정청구와 주체 범위가 다르게 정해져 있습니다.
• 세무서가 후발적 경정청구를 거부하면요?
  세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 거부 통지를 받으면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있고, 2개월 안에 통지가 없으면 그 다음 날부터 불복할 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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