세금

착오로 이중 발급한 세금계산서는 어떻게 취소하고 가산세는 없나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

착오로 같은 거래에 전자세금계산서를 두 번 발급했다면 처음 발급한 내용 그대로 음의 수정세금계산서를 한 장 발급하면 됩니다. 이렇게 바로잡으면 실제 거래는 한 번만 남아 별도 가산세 문제는 생기지 않는 것이 원칙입니다. 다만 그대로 두고 신고하면 매입자의 이중 공제가 부인되고 가산세가 붙을 수 있습니다.

착오로 같은 거래에 전자세금계산서를 두 번 발급했다면 처음 발급한 내용 그대로 음의 수정세금계산서를 한 장 발급하면 됩니다. 이렇게 바로잡으면 실제 거래는 한 번만 남아 별도 가산세 문제는 생기지 않는 것이 원칙입니다. 다만 그대로 두고 신고하면 매입자의 이중 공제가 부인되고 가산세가 붙을 수 있습니다.

같은 거래에 세금계산서가 두 번 나가면 무엇이 문제인가요?

전자세금계산서는 발급과 동시에 국세청에 자료가 남습니다. 같은 거래가 두 번 발급되면 공급자의 매출과 매입자의 매입이 모두 두 배로 잡힙니다. 홈택스 자료를 그대로 신고에 옮기면 공급자는 매출세액을 더 내고, 매입자는 매입세액을 더 공제받게 됩니다.

두 쪽의 위험은 방향이 다릅니다. 공급자는 세금을 더 낸 상태이므로 나중에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 매입자는 세금을 덜 낸 상태이므로 세무서가 발견하면 과다 공제분을 추징하고 과소신고 가산세와 납부지연 가산세를 매깁니다.

더 큰 문제는 이중 발급분의 성격입니다. 두 번째 세금계산서에는 대응하는 실제 거래가 없습니다. 그대로 방치하면 문언상 재화나 용역의 공급 없이 주고받은 세금계산서에 해당한다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없지만, 그러면 공급가액의 3퍼센트 가산세가 공급자와 매입자 모두에게 매겨질 수 있습니다. 착오가 명백했다는 사정은 정당한 사유로 다투는 근거가 됩니다.

이중 발급은 어떻게 취소하나요?

부가가치세법 시행령은 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우의 수정 방법을 따로 두고 있습니다. 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음의 표시를 한 수정세금계산서를 발급하면 됩니다. 새로 양의 세금계산서를 다시 발급할 필요는 없습니다.

작성일은 이중 발급된 세금계산서의 작성일과 같게 적습니다. 그래서 수정분과 이중 발급분이 같은 과세기간에서 서로 상쇄됩니다. 매입자 쪽에서도 같은 과세기간의 매입이 자동으로 줄어듭니다. 공급자가 수정세금계산서를 발급하면 매입자는 따로 할 일이 없지만, 신고 전에 홈택스 목록에서 상쇄되었는지 확인해야 합니다.

이 사유는 착오 기재 정정과 달리 시행령 문언상 세무조사 통지 전이라는 제한이 붙어 있지 않습니다. 기한 제한도 따로 두지 않았습니다. 그렇더라도 신고 전에 정리하는 것이 가장 간단합니다. 시간이 지날수록 거래처 담당자가 바뀌거나 착오 경위를 설명할 자료가 흩어집니다. 신고 뒤에 정리하면 처음 과세기간의 신고까지 고쳐야 하기 때문입니다.

바로잡지 않고 신고했다면 가산세가 나오나요?

공급자가 이중 발급분까지 매출로 신고했다면 가산세 문제는 거의 없습니다. 납부할 세금보다 많이 냈기 때문입니다. 음의 수정세금계산서를 발급한 뒤 경정청구로 더 낸 세금을 돌려받으면 됩니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 할 수 있습니다.

매입자가 이중으로 공제받았다면 수정신고가 필요합니다. 예를 들어 공급가액 1,000만원 거래가 두 번 발급되었다면 매입세액 100만원이 과다 공제된 상태입니다. 과다 공제한 매입세액을 내고, 과소신고 가산세와 납부지연 가산세를 함께 냅니다. 법정신고기한이 지난 뒤 빨리 수정신고할수록 과소신고 가산세가 많이 줄어듭니다. 1개월 안이면 90퍼센트, 6개월 안이면 50퍼센트를 감면받습니다. 예정신고에서 이중 공제한 것을 확정신고기한까지 바로잡으면 그 가산세의 50퍼센트가 감면됩니다. 다만 세무조사 통지 등으로 경정할 것을 미리 알고 낸 수정신고에는 기간별 감면이 적용되지 않습니다.

착오로 생긴 이중 발급을 바로잡은 경우 당초분과 수정분은 하나의 거래로 볼 수 있습니다. 조세심판원 2026. 6. 12. 조심 2026서1050 결정은 기재사항 착오로 당초 세금계산서를 당일 취소하고 다시 발급한 거래를 다뤘습니다. 이때 당초분에까지 세금계산서 불성실 가산세를 매긴 부분은 잘못이라고 보았습니다. 이중 발급을 수정한 경우에도 같은 취지로 다툴 수 있습니다.

면세 거래에 발급한 경우도 같은 방법으로 고치나요?

네, 면세 등 세금계산서 발급 대상이 아닌 거래에 발급한 경우도 처음 내용대로 음의 수정세금계산서를 한 장 발급합니다. 다만 면세 거래라면 세금계산서 대신 계산서를 따로 발급해야 하는지 함께 확인해야 합니다. 이 문제는 「면세나 국외 거래에 계산서 대신 세금계산서를 끊었다면 가산세가 나오나요?」에서 다뤘습니다.

과세 거래인데 세율을 잘못 적용한 경우는 다릅니다. 처음 내용대로 음의 세금계산서를 발급하고, 바른 세율로 다시 발급해야 합니다. 이 경우는 세무서가 경정할 것을 미리 안 뒤에는 할 수 없습니다.

이중 발급 세금계산서 대응 순서

• 중복 확인 - 홈택스 발급 목록에서 같은 거래처·같은 금액·같은 작성일 건을 추립니다.
• 거래처 통지 - 매입자에게 이중 발급 사실과 취소 예정을 미리 알립니다.
• 음의 수정발급 - 처음 내용대로 음의 수정세금계산서를 한 장 발급합니다.
• 신고 반영 - 신고 전이면 상쇄된 금액으로 신고하고, 신고 뒤면 경정청구나 수정신고를 합니다.
• 재발 방지 - 전송 오류로 다시 발급하기 전에 처음 건의 발급 상태를 확인하는 절차를 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이중 발급을 언제 알았는지와 매입자가 이중으로 공제받았는지에 따라 정리 방법과 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 수정세금계산서와 가산세를 둘러싼 세무조사 대응과 조세심판 절차를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이중 발급을 취소하려면 매입자 동의가 필요한가요?
  법령은 매입자 동의를 요건으로 두지 않습니다. 공급자가 음의 수정세금계산서를 발급하면 매입자 매입 자료에도 반영됩니다. 다만 매입자가 이미 신고했을 수 있으므로 미리 알리는 것이 분쟁을 줄입니다.
• 종이 세금계산서를 두 장 발급했다면 어떻게 하나요?
  시행령 제70조 제1항 제7호는 전자세금계산서의 이중 발급을 정한 규정입니다. 종이 세금계산서는 한 장을 회수해 폐기하는 방식으로 정리하는 것이 실무상 일반적입니다. 이미 신고했다면 신고 내용도 고쳐야 합니다.
• 이중 발급분에 대응하는 대금을 받지 않았는데도 문제가 되나요?
  네, 대금 수령과 관계없이 세금계산서 자료는 국세청에 남습니다. 대금이 없다는 사정은 이중 발급이 착오였다는 자료로 쓰이지만, 수정세금계산서를 발급해야 자료가 정리됩니다.
• 매입자가 이중으로 공제받은 사실을 몰랐다면 가산세가 면제되나요?
  몰랐다는 사정만으로는 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다. 법정신고기한 뒤 빨리 수정신고해 과소신고 가산세를 감면받는 것이 현실적인 방법입니다. 1개월 안이면 90퍼센트가 줄어듭니다.
• 이중 발급을 공급자가 끝내 취소해 주지 않으면 어떻게 하나요?
  매입자는 실제 거래분만 매입세액으로 신고하면 됩니다. 이중 발급분을 공제받지 않았다는 점을 거래 자료로 설명할 수 있게 보관하십시오. 공급자에게 서면으로 취소를 요청한 기록도 남겨 두십시오.
• 월합계 세금계산서와 개별 세금계산서가 겹쳐 발급된 것도 이중 발급인가요?
  같은 거래가 월합계와 개별 건으로 함께 발급되었다면 이중 발급에 해당합니다. 겹친 쪽을 처음 내용대로 음의 수정세금계산서로 취소하고 거래처에도 알리면 됩니다.

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