부가가치세 과세대상이 아닌 국외 인도 거래나 면세 거래에 세금계산서를 발급했다면 법인세법상 계산서를 발급한 것으로 보므로 계산서 미발급 가산세 2%는 원칙적으로 붙지 않습니다. 다만 받은 쪽이 그 세금계산서로 매입세액을 공제받았다면 공제가 부인되고 가산세가 생길 수 있습니다.
기한
계산서를 발급시기에 끊지 못했다면 법인은 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지, 개인사업자는 다음 연도 1월 25일까지 발급해야 가산세가 2%에서 1%로 줄어듭니다.
부가가치세 과세대상이 아닌 거래나 면세 거래에는 세금계산서가 아니라 계산서를 끊어야 합니다. 그런데 실무에서는 습관대로 세금계산서를 발급하는 경우가 많습니다. 이때 공급자에게 계산서 미발급 가산세가 붙는지, 받은 쪽의 매입세액 공제는 어떻게 되는지를 나누어 보아야 합니다. 결론부터 말하면 공급자의 계산서 가산세는 대부분 피할 수 있지만, 받은 쪽의 공제 문제는 따로 남을 수 있습니다.
이런 상담이 많습니다
원단 무역을 하는 C사는 중국 공장에서 만든 원단을 국내 의류업체 D사에 현지에서 넘겨주고, 계약과 대금 3억원은 국내에서 주고받았습니다. C사는 수출로 생각해 D사에 영세율 세금계산서를 발급했습니다. 2026. 9. 법인세 조사에서 조사 담당자가 국외에서 인도한 물건은 계산서 대상이라며 계산서 미발급 가산세 2%를 언급하자, C사 대표는 세금계산서를 끊었는데도 가산세를 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
국외에서 넘긴 물건은 왜 세금계산서 대상이 아닌가요?
재화의 이동이 필요한 거래는 이동이 시작되는 장소가 공급장소입니다. 물건이 중국에서 출발해 중국에서 인도되었다면 공급장소가 국외이므로 국내 부가가치세 과세거래가 아닙니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
부가가치세 과세거래가 아니어도 법인이 재화를 공급하면 법인세법에 따라 계산서를 발급해야 합니다. 국세청도 국내에서 계약하고 대가를 받았더라도 재화의 이동이 국외에서 이루어졌다면 세금계산서가 아닌 계산서를 발급해야 한다고 봅니다.
수출로 보아 영세율을 적용하려면 물건이 국내에서 국외로 반출되어야 합니다. 처음부터 국외에 있던 물건을 국외에서 넘긴 거래는 영세율 대상도 아닙니다. 영세율 세금계산서를 발급하고 영세율 과세표준으로 신고했더라도 그 신고가 과세대상 거래를 만들지는 않으므로, 이 거래는 법인세 신고에서 매출로 반영하고 증빙만 따로 갖추어 두면 됩니다. 국외에서 생산을 맡겨 국내 업체에 넘기는 삼국 간 거래가 늘면서 같은 문제가 자주 생깁니다.
세금계산서를 끊었는데 계산서 미발급 가산세가 붙나요?
법인세법은 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급한 분은 계산서를 발급한 것으로 본다고 정합니다. 개인사업자도 소득세법에 같은 규정이 있습니다.
계산서 대상 거래에서 발급한 증빙에 따라
세금계산서를 발급한 경우
(유리)계산서 발급으로 봄
계산서 미발급 가산세 원칙적으로 없음
받은 쪽 매입세액 공제 여부 확인
조세회피 목적이 없음을 소명
아무 증빙도 발급하지 않은 경우
(불리)공급가액의 2% 가산세
사업연도 말 다음 달 25일까지 발급하면 1%
법인세 산출세액이 없어도 부과
출처 - 법인세법 제121조 제6항, 제75조의8 제1항 제4호
이 규정에 따라 국세청과 재정경제부는 국외에서 이루어진 계산서 대상 거래에 영세율 세금계산서를 발급한 경우, 관련 매입세액을 공제받지 않는 등 조세회피 목적이 있다고 보기 어렵다면 계산서 미발급 가산세를 적용하지 않는다고 봅니다. 면세 용역을 공급하면서 세금계산서를 발급한 경우에도 계산서 가산세를 적용하지 않는다고 봅니다.
따라서 C사는 세금계산서 발급 사실과 대금 흐름, 받은 쪽이 매입세액을 공제받지 않은 사실을 정리해 가산세 대상이 아니라고 소명할 수 있습니다. 다만 받은 쪽이 그 세금계산서로 매입세액을 공제받았다면 판단이 달라질 수 있습니다. 영세율 세금계산서는 세액이 0원이어서 공제 문제가 거의 없지만, 10% 세금계산서였다면 받은 쪽의 신고 내역을 먼저 확인해야 합니다. 조사 담당자도 이 부분을 근거로 조세회피 목적을 따지는 경우가 많습니다.
면세 거래에 10% 세금계산서를 끊었다면 무엇이 문제인가요?
면세 거래에는 부가가치세가 없으므로, 세금계산서에 10%를 적어 받았더라도 받은 쪽이 매출세액에서 뺄 매입세액이 아니라고 볼 수 있습니다. 받은 쪽이 공제를 받았다면 공제가 부인되고 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다.
공급한 쪽은 과세대상이 아닌 거래를 매출세액에 넣어 부가가치세를 더 낸 셈이므로, 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다. 다만 나중에 마이너스 수정세금계산서로 처음 세금계산서를 취소한다면 계산서를 발급한 것으로 보는 근거도 함께 사라지므로, 같은 거래의 계산서를 따로 발급해야 합니다. 수정세금계산서 발급과 환급 절차는 「면세 거래인데 세금계산서를 끊고 부가세를 받았다면 낸 부가세를 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다. 이때는 거래 상대방과 이미 주고받은 세액을 어떻게 정산할지도 함께 정해 두어야 분쟁이 생기지 않습니다. 받은 쪽이 공제를 부인당해 추징된 세액을 공급자에게 돌려 달라고 요구하는 경우가 많기 때문입니다.
계산서 대상인데 아무것도 끊지 않았다면요?
세금계산서도 계산서도 발급하지 않았다면 공급가액의 2%가 가산세입니다. 발급시기를 놓쳤어도 법인은 사업연도 말의 다음 달 25일까지 발급하면 1%로 줄고, 이 가산세는 법인세 산출세액이 없어도 부과됩니다. C사 거래라면 2%는 600만원, 1%는 300만원입니다. 같은 거래에 부가가치세법상 세금계산서 가산세가 적용되는 부분에는 이 계산서 가산세를 겹쳐 매기지 않습니다. 계산서 기재사항을 빠뜨리거나 틀리게 적은 경우는 공급가액의 1%이고, 매출처별 계산서합계표를 기한까지 내지 않은 경우는 0.5%입니다.
계산서 관련 가산세
상황
법인
개인사업자
발급시기에 미발급 (핵심 행)
2%
2%
사업연도 말 다음 달 25일(개인은 다음 연도 1. 25.)까지 지연 발급
1%
1%
전자계산서 의무자가 종이 계산서 발급
1%
1%
계산서 기재사항 누락·오류
1%
1%
부가가치세법상 세금계산서를 발급한 분은 계산서를 발급한 것으로 봅니다.
출처 - 법인세법 제75조의8 제1항, 소득세법 제81조의10 제1항
국외 거래 증빙 대응 순서
거래 구조 확인 - 물건이 어디에서 출발해 어디에서 인도되었는지 선하증권, 인도 확인서로 확정합니다.
증빙 종류 점검 - 세금계산서, 계산서, 무증빙 중 무엇을 발급했는지 거래별로 나눕니다. 무증빙 거래는 사업연도 말의 다음 달 25일이 지나기 전에 계산서를 발급합니다.
상대방 공제 여부 확인 - 받은 쪽이 매입세액을 공제받았는지 확인하고, 추징이 예상되면 세액 반환과 비용 부담을 서면으로 정합니다.
소명서 제출 - 세금계산서 발급으로 계산서 발급이 의제된다는 점과 조세회피 목적이 없다는 점을 정리합니다.
과세전적부심사·경정청구 - 과세예고통지 후 30일 안에 과세전적부심사를, 더 낸 부가가치세는 5년 안에 경정청구를 변호사와 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 물건이 인도된 장소와 받은 쪽의 매입세액 공제 여부, 발급한 증빙의 종류에 따라 가산세와 추징 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 증빙 가산세 소명, 과세전적부심사와 부가가치세 경정청구를 수행합니다.
실무상 착안점
계산서 대상 거래인지는 계약서보다 물건이 실제로 출발하고 인도된 장소로 가려집니다. 해외 공장에서 국내 업체로 넘긴 물건을 수출로 처리한 회사가 많으니 선하증권과 인도 조건을 먼저 확인해 보십시오.
공급자 쪽 가산세는 법인세법 제121조 제6항으로 대부분 정리되지만, 문제는 받은 쪽입니다. 10% 세금계산서를 받아 매입세액을 공제했다면 공제 부인과 가산세가 받은 쪽에 생기고, 그 부담을 두고 거래처 분쟁으로 번지기 쉽습니다.
잘못 끊은 세금계산서를 바로 취소하거나 계산서로 다시 발급하는 것이 늘 정답은 아닙니다. 발급 시점과 상대방 신고 상태에 따라 수정 방법이 달라지므로 조사 중이라면 정정 전에 영향을 계산해 보는 편이 낫습니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 무역·면세 사업자의 증빙 가산세 소명과 과세전적부심사, 잘못 낸 부가가치세의 경정청구를 수행해 왔으며, 거래 상대방과의 세액 정산 문제도 함께 검토합니다.
세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
법인세 경정거부처분 취소소송
과세처분 고지 후 조세불복 병행
허위 세금계산서 관련 부가가치세 과세 다툼
이 상황에서 자주 묻는 것
물건이 국외에서 출발해 국외에서 인도되었다면 공급장소가 국외여서 국내 부가가치세 과세거래가 아니고 영세율 대상도 아닙니다. 법인은 이런 거래에 계산서를 발급해야 합니다.
부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급한 분은 계산서를 발급한 것으로 보므로 계산서 미발급 가산세는 원칙적으로 붙지 않습니다. 국세청도 조세회피 목적이 없으면 적용하지 않는다고 봅니다.
면세 거래에는 부가가치세가 없으므로 세금계산서에 세액이 적혀 있어도 공제받을 매입세액이 아니라고 볼 수 있습니다. 공제받았다면 공제 부인과 과소신고가산세가 생길 수 있습니다.
과세대상이 아닌 거래를 매출세액에 넣어 부가가치세를 더 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다. 거래 상대방과 주고받은 세액 정산도 함께 정해야 합니다.
공급가액의 2%입니다. 법인은 사업연도 말의 다음 달 25일까지, 개인사업자는 다음 연도 1월 25일까지 발급하면 1%로 줄고, 산출세액이 없어도 부과됩니다.
세금계산서 발급 내역과 대금 흐름, 거래처가 매입세액을 공제받지 않은 사실을 정리해 소명하고, 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.
법무법인 윤성 × Lexle
허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록
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