세금

일본에서 일하는데 한국 거주자로 종합소득세가 나왔다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

다툴 수 있습니다. 한국 세법상 거주자이더라도 일본에서도 거주자라면 한·일 조세조약으로 거주지국을 다시 정합니다. 양국에 항구적 주거가 있으면 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라가 거주지국입니다. 한국에 아파트와 주민등록이 남아 있다는 사정만으로 결론이 정해지지는 않습니다.

다툴 수 있습니다. 한국 세법상 거주자이더라도 일본에서도 거주자라면 한·일 조세조약으로 거주지국을 다시 정합니다. 양국에 항구적 주거가 있으면 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라가 거주지국입니다. 한국에 아파트와 주민등록이 남아 있다는 사정만으로 결론이 정해지지는 않습니다.

한국에 아파트와 주민등록이 있으면 한국 거주자인가요?

한국 세법만 보면 거주자로 판정될 수 있습니다. 소득세법은 국내에 주소를 두거나 183일 이상 거소를 둔 개인을 거주자로 봅니다. 주소는 국내에서 생계를 같이하는 가족과 국내 자산 같은 생활관계의 객관적 사실로 판정합니다.

대법원은 일본 구단에서 뛰던 프로축구선수 사건에서 이 부분은 원심 판단을 그대로 두었습니다. 선수 소유 아파트에 부모와 누나가 살았고 주민등록도 그곳이었습니다. 그래서 소득세법상으로는 한국 거주자에 해당한다고 보았습니다.

중요한 것은 그다음 단계입니다. 한국 거주자이면서 일본 세법상으로도 거주자라면 이중거주자가 됩니다. 이때는 조세조약이 정한 기준으로 어느 한 나라의 거주자로 봅니다.

이 판정이 중요한 이유는 과세 범위가 달라지기 때문입니다. 거주자는 국내외 모든 소득에 한국 소득세를 냅니다. 비거주자는 국내원천소득에만 냅니다. 일본 구단 연봉은 국외에서 생긴 소득이어서, 일본 거주자로 보면 한국에서 과세할 근거가 사라집니다.

일본에서도 거주자이면 어느 나라 기준으로 과세하나요?

한·일 조세조약 제4조 제2항의 순서대로 정합니다. 먼저 이용할 수 있는 항구적 주거가 있는 나라의 거주자로 봅니다. 양국 모두에 항구적 주거가 있으면 중대한 이해관계의 중심지를 봅니다.

항구적 주거는 여행이나 출장 같은 단기체류용이 아닌, 계속 머물기 위한 모든 형태의 주거입니다. 대법원은 주거를 소유했는지 임차했는지는 고려할 사항이 아니라고 했습니다. 회사가 제공한 숙소도 항구적 주거가 될 수 있다는 뜻입니다.

중대한 이해관계의 중심지는 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라입니다. 가족관계, 사회관계, 직업, 정치·문화 활동, 사업장소, 재산 관리장소를 종합해 봅니다. 이것으로도 정할 수 없으면 일상적 거소, 국적, 양국 당국 간 상호합의 순으로 넘어갑니다.

대법원은 일본 구단 선수의 거주지국을 어떻게 판단했나요?

대법원은 그 선수를 일본 거주자로 보아야 한다며 원심을 파기했습니다. 원심은 한국 소유 아파트와 주민등록을 근거로 한국 거주자로 보았습니다. 대법원은 양국 모두에 항구적 주거가 있다고 보고 이해관계의 중심지를 따졌습니다.

대법원이 본 사실은 이렇습니다. 선수는 고등학교 졸업 직후부터 일본 리그에서만 뛰었습니다. 구단은 3년 계약기간 동안 가구가 갖춰진 주거와 차량을 제공했습니다. 부모도 해마다 53일에서 129일까지 그 집에서 함께 지냈습니다.

국외 체류일수는 평균 337일, 국내 체류일수는 평균 28일이었습니다. 국내 체류는 대부분 국가대표 소집에 따른 일시 방문이었습니다. 국내 재산은 아파트와 예금 정도여서 일본에서도 관리할 수 있었다고 보았습니다. 가족이 국내 아파트에 산 것은 부양을 위한 것일 뿐이라고 판단했습니다.

한국 거주자로 판정되면 일본에서 낸 세금은 어떻게 되나요?

한국 거주자로 보더라도 일본에서 낸 소득세는 한국 세금에서 공제받을 수 있습니다. 한·일 조세조약과 소득세법이 외국납부세액공제를 정하고 있기 때문입니다. 다만 공제에는 한도가 있어 세율 차이만큼 한국 세금이 더 나올 수 있습니다.

위 사건에서도 선수는 일본 세금을 외국납부세액공제로 반영해 신고했습니다. 그런데도 과세관청은 추계 방식으로 소득금액을 다시 계산해 세액을 늘렸습니다. 결국 다툼의 실익은 공제 뒤에 남는 차액과 가산세에 있습니다.

따라서 처음부터 일본 거주자라는 입장을 정리해 두어야 합니다. 거주자 판정이 바뀌면 신고 방식, 공제, 가산세가 한꺼번에 달라집니다. 이 문제는 「한국과 외국 모두 거주자라면 어느 나라 거주자로 보고 과세하나요?」에서도 다루었습니다.

일본 근무자의 거주자 과세 대응 순서

• 고지 내용 확인 - 납부고지서와 결정 근거에서 과세관청이 한국 거주자로 본 이유를 먼저 확인합니다.
• 일본 거주자 자료 확보 - 일본에서 주민세·소득세를 낸 기록과 체류 자격, 근무 계약서를 모읍니다.
• 이해관계 자료 정리 - 연도별 출입국 일수, 일본 주거 사용 내역, 국내 재산 관리 방식을 표로 만듭니다.
• 불복 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구 등 불복 절차를 밟습니다.
• 상호합의 검토 - 일본에서도 과세가 겹치면 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 상호합의 신청을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 일본 주거의 사용 실태와 국내 체류 목적에 따라 거주지국이 달라집니다. 법무법인 윤성은 한·일 이중거주자 판정을 둘러싼 종합소득세 불복과 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 국내 체류일수가 183일보다 적으면 무조건 비거주자인가요?
  아니요, 체류일수만으로 정하지 않습니다. 국내에 생계를 같이하는 가족과 자산이 있으면 주소가 국내에 있다고 볼 수 있습니다. 그래서 체류일수가 적어도 한국 세법상 거주자가 될 수 있습니다.
• 일본에서 낸 주민세도 한국 세금에서 공제되나요?
  한·일 조세조약은 일본의 소득세, 법인세, 주민세를 대상 조세로 정합니다. 한국 거주자로 과세되면 일본에서 낸 이들 세금을 소득세법의 한도 안에서 공제받는 구조입니다.
• 이미 한국에 종합소득세를 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 일본 거주자였다는 자료를 갖춰 한국 거주자로 신고한 부분을 바로잡아 달라고 청구하는 방식입니다.
• 조세심판을 하면서 상호합의도 함께 신청할 수 있나요?
  함께 진행할 수 있습니다. 상호합의절차가 개시되면 그 기간은 심판청구 기간에 산입하지 않습니다. 다만 합의를 이행받으려면 관련 불복을 취하해야 합니다.
• 부모가 한국 집에 살고 있으면 불리한가요?
  불리한 사정이 될 수 있지만 그것만으로 정해지지 않습니다. 대법원은 성년 자녀가 소득 없는 가족을 부양하려고 집을 제공한 사정으로 보았습니다. 생활비 송금 내역 등으로 그 성격을 설명해야 합니다.
• 항구적 주거와 이해관계로도 정해지지 않으면 어떻게 되나요?
  일상적 거소가 있는 나라, 국적이 있는 나라 순으로 정합니다. 양국 국적이 있거나 어느 쪽도 아니면 양국 권한 있는 당국이 상호합의로 정합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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