양도소득세

다른 세대와 반씩 가진 임대아파트도 중과배제가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

별도세대와 반씩 공동소유한 장기일반민간임대주택도 다른 요건을 갖추면 다주택 중과세율이 배제되는 장기임대주택에 해당합니다. 국세청은 0.5호만 임대해도 장기임대주택으로 보고, 자진말소 뒤 1년 안에 팔면 중과배제 특례도 적용된다고 회신했습니다. 지금은 등록말소일과 잔금일이 1년 안에 들어오는지부터 확인해야 합니다.

공동명의인 두 세대가 함께 말소하고 함께 팔아야만 하는 것은 아닙니다. 중과 여부는 세대별로 따로 따지므로, 각 세대가 자기 지분의 말소일과 양도일을 기준으로 요건을 맞추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 조정대상지역에 거주주택 한 채를 가지고 있었고, 따로 사는 형과 2017년 아파트 한 채를 2분의 1씩 사서 2018년 장기일반민간임대주택(임대의무기간 8년)으로 함께 등록했습니다. 형 세대는 거주주택 외에 다세대주택도 한 채 더 가지고 있었습니다. 두 사람은 4년 넘게 임대한 뒤 2025년 11월 임차인 동의를 받아 등록을 자진말소했고, 2026년 9월 이 아파트를 9억원에 팔기로 했습니다. 한시 중과배제가 2026. 5. 9. 양도분으로 끝난 뒤라 A씨는 반쪽 지분만 가진 임대주택도 중과배제를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지분 2분의 1만 임대해도 장기임대주택이 되나요?

네, 별도세대와 아파트 한 채를 반씩 가지고 함께 임대했다면 각 세대가 0.5호만 임대한 것이어도 중과배제 대상인 장기임대주택에 해당할 수 있습니다. 시행령은 1주택을 여러 사람이 공동으로 가지면 각자 그 주택을 소유한 것으로 봅니다. 장기일반민간임대주택 요건에는 10년 이상 임대, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하, 임대료 증가율 100분의 5 이하가 있을 뿐, 한 사람이 1호 이상 가져야 한다는 요건은 없습니다.

세대별 주택 수가 2채인지 3채 이상인지에 따라 중과 조문은 다르지만, 두 경우 모두 이 장기임대주택 요건을 끌어다 씁니다. 2주택 세대는 1세대 2주택 중과 배제 조항이 같은 장기임대주택을 그대로 인용합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」으로 확인한 내용입니다.

자진말소한 공동소유 임대아파트도 중과배제가 되나요?

네, 2020. 8. 18. 폐지된 유형인 아파트 장기일반민간임대주택을 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대하고 자진말소했다면, 말소일부터 1년 안에 팔 때 중과배제를 받을 수 있습니다. 이 경우 10년 임대기간 요건은 묻지 않지만 기준시가와 임대료 증가율 같은 다른 요건은 갖춰야 합니다. 등록 당시 임대의무기간이 8년이었다면 4년 이상 임대해야 하고, 말소 신청 때 임대차계약이 있으면 임차인 동의가 필요합니다.

국세청은 공동소유 임대주택을 어떻게 해석했나요?

국세청은 1호 미만을 임대하는 장기임대주택도 마목의 장기임대주택에 해당하고, 별도세대와 함께 1호를 임대하는 폐지유형 임대주택만 있어도 자진말소 특례인 사목에 해당한다고 답했습니다(서면-2022-법규재산-1774, 2024. 11. 14.). 국세청은 기획재정부 재산세제과-1291(2024. 11. 6.)을 참고하라고 회신했고, 기획재정부는 두 쟁점 모두 해당한다는 안이 타당하다고 보았습니다.

질의 사안은 별도세대인 두 사람이 2017. 12. 4. 아파트를 반씩 사서 2018. 9. 12. 8년 장기일반민간임대주택으로 등록한 경우였습니다. 한 세대는 조정대상지역 2주택, 다른 세대는 3주택이었습니다. 검토내용은 공동소유 주택은 각자 소유로 본다는 시행령 규정과, 마목과 「민간임대주택에 관한 특별법」 어디에도 1인당 1호 이상 요건이 없다는 점을 이유로 들었습니다. 이 회신은 등록 시기와 임대 요건을 갖춘 사실관계를 전제로 하므로, 2020. 7. 11. 이후 등록했거나 조정대상지역에서 새로 취득한 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다. 다만 1주택 이상 보유 상태에서 조정대상지역 주택을 새로 취득한 경우를 빼는 규정은 2018. 9. 13. 이전에 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 낸 주택에는 적용되지 않으므로, 2017년에 취득한 회신 사안은 이 제외 사유에 걸리지 않습니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정 시행령은 폐지유형 아파트 장기일반민간임대주택이 중과배제를 받으려면 정해진 기한까지 팔도록 마목에 양도기한을 붙였습니다. 기한은 원칙적으로 2027. 12. 31.이고, 자진말소해 사목에 해당하면 말소일부터 1년이 기한입니다. 개정 시행령 부칙에 별도 적용례가 없어 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 적용됩니다. 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나는 주택은 2027. 12. 31.과 자동말소일부터 1년이 되는 날 중 늦은 날까지입니다. 이와 별도로 보유기간 2년 이상 주택의 한시 중과배제는 2026. 5. 9.까지 양도분(일부 계약 요건 충족분 제외)으로 끝났으므로, 지금은 장기임대주택 요건을 갖췄는지가 중과 여부를 가릅니다.

공동소유 임대주택 중과배제 대응 순서

• 등록 내역 확인 - 임대사업자 등록일, 등록 유형, 임대의무기간을 확인합니다. 2020. 7. 11. 이후 등록한 아파트 장기일반이면 중과배제 대상이 아닙니다.
• 임대 요건 점검 - 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하인지, 임대료를 100분의 5 넘게 올린 적이 없는지 계약서로 확인합니다.
• 말소일 확정 - 자진말소라면 임대의무기간의 2분의 1 이상을 채웠는지, 말소일이 언제인지 등록말소 통지서로 확인합니다.
• 양도일 맞추기 - 자진말소는 말소일부터 1년 안, 자동말소는 2027. 12. 31.까지 잔금을 받도록 일정을 잡습니다. 두 세대의 기한이 다르면 각자 기준으로 맞춥니다.
• 신고와 불복 - 잔금일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하고, 중과세율로 고지되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 취득 당시 다른 주택 보유 여부, 조정대상지역 공고일, 임대료 변경 이력에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 등록증과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 경정청구와 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공동명의 임대주택은 주택 수에 각자 들어가나요?
  네. 1주택을 여러 사람이 공동으로 가지면 시행령에 특별한 규정이 없는 한 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 봅니다. 그래서 별도세대와 반씩 가진 아파트도 각 세대의 주택 수에 한 채씩 들어갑니다. 동시에 같은 원리로 각 세대가 그 주택을 장기임대주택으로 인정받을 수도 있습니다.
• 자동말소된 임대아파트는 언제까지 팔아야 하나요?
  임대의무기간이 끝나 자동말소된 폐지유형 아파트는 임대의무기간이 끝난 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 2026. 10. 1. 시행 개정으로 이런 주택은 원칙적으로 2027. 12. 31.까지 팔아야 중과배제를 받습니다. 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나면 자동말소일부터 1년이 되는 날과 비교해 늦은 날이 기한입니다.
• 자진말소하려면 임차인 동의가 꼭 필요한가요?
  말소를 신청할 때 이미 맺은 임대차계약이 있으면 임차인의 동의를 받아야 자진말소를 신청할 수 있습니다. 공실 상태라면 동의 요건은 문제되지 않습니다. 동의 없이 말소된 것으로 다투어지면 사목 요건이 흔들릴 수 있으므로, 동의서와 말소 신청서 접수일을 함께 보관해 두어야 합니다.
• 2020년 8월 이후 등록한 아파트도 해당되나요?
  아니요. 2020. 7. 11. 이후 임대사업자등록을 신청한 아파트 장기일반민간임대주택은 마목의 중과배제 장기임대주택에서 빠집니다. 단기임대주택을 2020. 7. 11. 이후 장기일반으로 바꿔 신고한 주택도 같습니다. 등록 신청일이 그 전인지 등록증과 변경신고 이력으로 확인해야 합니다.
• 임대료를 5% 넘게 올린 적이 있으면요?
  마목의 장기임대주택은 임대보증금이나 월세의 증가율이 100분의 5를 넘지 않아야 합니다. 자진말소해 사목 특례를 받더라도 임대기간 요건만 면제될 뿐, 이 증액 제한은 그대로 갖춰야 합니다. 보증금과 월세를 서로 바꾼 경우에는 민간임대주택법의 전환 기준으로 계산하므로 계약서를 모두 모아 다시 계산해 봐야 합니다.
• 한시 중과배제는 지금도 적용되나요?
  보유기간 2년 이상 주택에 대한 한시 중과배제는 2026. 5. 9.까지 양도한 주택에 적용되었습니다. 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 주택 등 일부는 계약일부터 4개월(일부 지역 6개월) 안에 팔면 적용됩니다. 그 밖에 지금 파는 주택은 장기임대주택 같은 개별 배제 요건을 갖춰야 중과세율을 피할 수 있습니다.
• 중과세율로 고지되면 어떻게 다투나요?
  세무서가 장기임대주택 요건을 부인하고 중과세율로 세금을 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 이미 중과세율로 신고·납부했는데 요건을 갖췄던 것으로 확인되면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 차액을 돌려 달라고 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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