양도소득세

임대주택과 지방 저가주택을 빼면 한 채뿐인데 팔 때 중과되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 장기임대주택과 수도권 밖 기준시가 3억원 이하 주택을 빼고 1채만 남으면 그 집은 다주택 중과 없이 기본세율로 과세됩니다. 소득세법 시행령은 이 1채를 일반주택으로 보아 3주택 이상 중과에서 제외합니다. 지금은 임대주택이 장기임대주택 요건을 지키고 있는지부터 확인해야 합니다.

지방 저가주택이나 임대주택을 먼저 정리해야 남은 집의 중과를 피한다고 생각할 필요는 없습니다. 요건을 갖춘 두 종류의 주택을 그대로 두어도 남은 한 채는 일반주택으로 기본세율을 적용받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2015년에 산 단독주택에 살고 있고, 2017년에 임대사업자로 등록한 빌라 2채를 세놓고 있습니다. 2024년에는 수도권 밖 도 지역의 시에 있는 기준시가 6,000만원짜리 아파트와 수도권 읍 지역에 있는 기준시가 1억원짜리 주택을 샀습니다. B씨는 2026년 11월 조정대상지역에 있는 단독주택을 9억원에 팔려는데, 집이 5채라 30%포인트가 더해지는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중과에서 빠지는 일반주택은 어떻게 판단하나요?

장기임대주택과 수도권 밖 기준시가 3억원 이하 주택 등을 빼고 나면 1채만 남는 경우, 그 1채는 3주택 이상 중과 대상이 아닙니다. 시행령은 이런 집을 「일반주택」이라 부르며 중과에서 빠지는 주택으로 정합니다. 위 사례에서 지방 아파트와 읍 지역 주택은 수도권·광역시·특별자치시 밖(수도권의 읍·면 포함)에 있고 3억원 이하이므로 처음부터 주택 수에도 넣지 않습니다. 임대 빌라 2채가 장기임대주택 요건을 갖추었다면 이를 빼고 남는 집은 단독주택 1채뿐입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」에 따라 이 단독주택은 기본세율로 과세됩니다.

• 지방 저가주택 - 수도권·광역시·특별자치시 밖, 양도 당시 기준시가 3억원 이하
• 장기임대주택 - 사업자등록과 민간임대주택 등록, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하, 임대료 증가율 100분의 5 이하 등
• 일반주택 - 위 주택 등을 빼고 남은 1채

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 장기임대주택 2채와 기준시가 3억원 이하 주택 2채를 빼면 1채만 남는 경우, 그 집을 팔 때는 기본세율을 적용한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석재산-0019, 2018. 5. 1.). 질의자는 공동주택가격 4,600만원인 지방 아파트, 개별주택가격 약 1억원인 수도권 면 지역 겸용주택, 등록 임대아파트 2채를 가진 상태에서 2013년에 산 지정지역 단독주택을 4억원에 팔았습니다. 국세청은 당시 시행령의 일반주택 규정(제167조의3 제1항 제10호)을 적용해 중과 대상이 아니라고 보았습니다.

이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 사전답변입니다. 임대주택이 장기임대주택 요건을 갖추지 못했거나 지방 주택의 기준시가가 3억원을 넘으면 남는 주택이 2채 이상이 되어 결론이 달라집니다.

회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 지정지역(투기지역) 주택이 중과 대상이었지만, 2017. 12. 19. 법 개정으로 지금은 조정대상지역에 있는 주택이 중과 대상입니다. 현행법은 조정대상지역의 3주택 이상 주택에 기본세율보다 30%포인트, 2주택에 20%포인트를 더합니다. 일반주택 규정은 그대로 남아 있어, 조정대상지역에 있는 집이라도 일반주택이면 중과되지 않습니다. 2주택 중과 판단에도 지방 저가주택과 장기임대주택을 빼고 1채만 남으면 그 집을 중과하지 않는 같은 구조의 규정이 있습니다.

보유기간 2년 이상 주택의 중과 한시 배제는 2026. 5. 9.까지 양도한 주택(그날까지 계약한 일부 주택 포함)에만 적용되었습니다. 그 뒤 파는 집은 일반주택에 해당하는지가 다시 결론을 가릅니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정된 시행령은 종전 장기일반민간임대주택이나 단기민간임대주택 중 아파트를 임대하는 장기임대주택에 양도기한을 붙였습니다. 원칙적인 기한은 2027. 12. 31.이고, 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나는 주택은 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날이 더 늦으면 그날까지입니다. 개정 시행령 부칙에는 이 기한에 관한 별도 적용례가 없어 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 적용됩니다. 임대주택이 아파트라면 일반주택을 팔 때와 임대아파트를 팔 때의 순서를 함께 정해야 합니다.

임대주택 보유 다주택자 일반주택 양도 대응 순서

• 주택 목록 작성 - 세대원 전체가 가진 주택을 소재지, 취득일, 양도 예정일 기준 기준시가와 함께 적습니다. 조정대상지역 여부는 양도 당시 기준으로 확인합니다.
• 지방 저가주택 분류 - 수도권·광역시·특별자치시 밖(수도권 읍·면 포함)에 있고 3억원 이하인 주택을 골라 주택 수에서 뺍니다.
• 장기임대주택 요건 점검 - 등록 시기, 임대개시일 당시 기준시가, 임대료 증가율, 임대기간을 계약서로 확인합니다. 의무임대기간을 채우기 전에 일반주택을 팔아도 장기임대주택으로 봅니다.
• 신고서류 준비 - 예정신고 때 장기임대주택 신청서, 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록표 등본을 함께 냅니다.
• 불복 검토 - 세무서가 주택 수를 달리 보아 중과로 고지하면 90일 안에 심판청구를, 중과세율로 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택 등록이 말소되었거나 임대료를 올린 적이 있다면 임대차계약서와 등록 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과와 주택 수 산정을 둘러싼 양도소득세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 일반주택은 장기보유특별공제도 받을 수 있나요?
  받을 수 있습니다. 장기보유특별공제는 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택에만 배제됩니다. 일반주택은 중과 대상인 3주택 이상 주택에 해당하지 않으므로 보유기간 3년 이상이면 보유기간별 공제율을 적용받습니다. 1세대1주택 비과세 요건은 이와 별도로 판단합니다.
• 임대주택 의무기간을 다 채우지 못했는데 괜찮나요?
  장기임대주택의 의무임대기간을 채우기 전에 일반주택을 팔아도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 일반주택 규정을 적용합니다. 다만 나중에 의무임대기간을 채우지 못하면 문제가 될 수 있으므로 임대 계획을 함께 세워야 합니다.
• 임대주택이 자동말소됐으면 장기임대주택이 아닌가요?
  민간임대주택법 개정 법률(제17482호) 부칙이 적용되는 임대주택이 임대의무기간이 끝나 등록이 말소되면, 그날 해당 목의 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다. 그래서 말소 뒤에도 장기임대주택으로 보아 주택 수를 계산할 수 있지만, 임대료 증가율 등 다른 요건은 따로 확인해야 합니다.
• 지방 저가주택의 3억원은 언제 기준으로 보나요?
  해당 주택이나 그 밖의 주택을 양도할 당시의 기준시가로 봅니다. 일반주택을 팔 때는 그 양도일에 공시된 지방 주택의 공동주택가격이나 개별주택가격과 부수토지 가격을 합쳐 3억원 이하인지 확인합니다. 공시가격이 오르면 결론이 바뀔 수 있습니다.
• 2주택이면 일반주택 규정이 없나요?
  2주택 중과에도 같은 구조의 규정이 있습니다. 시행령은 지방 저가주택, 장기임대주택 등 제1호부터 제7호까지의 주택을 빼고 1개의 주택만 가진 경우 그 주택을 2주택 중과에서 제외합니다. 3주택 이상 규정과 빼는 주택의 범위가 조금 다르므로 조문을 나눠 봐야 합니다.
• 중과 한시 배제는 지금도 적용되나요?
  보유기간 2년 이상 주택의 중과 한시 배제는 2026. 5. 9.까지 양도한 주택과, 그날까지 계약하고 계약금을 받은 일부 주택으로서 정해진 기간 안에 양도한 주택에만 적용되었습니다. 그 뒤 계약해 파는 집은 일반주택 등 다른 제외 사유가 있어야 중과를 피합니다.
• 중과로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 중과세율로 결정해 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 해야 합니다. 스스로 중과세율로 신고했는데 일반주택에 해당했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 세액을 바로잡을 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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