양도소득세

임대의무기간을 채운 뒤 비워 두고 팔아도 장기임대주택 장특공제 특례가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 장기일반민간임대주택을 요건을 갖추어 의무임대기간 동안 계속 임대한 뒤라면 양도일에 임대주택으로 등록해 임대하고 있지 않아도 조세특례제한법 제97조의3의 장기보유특별공제 특례를 적용받을 수 있습니다. 국세청은 2022년 3월 회신에서 의무기간 뒤 계속 임대·임대료 상한·등록 유지는 요건이 아니라고 보았습니다. 다만 현행 조문은 건설임대주택 10년 임대 70%로 바뀌었으므로 지금은 등록일 기준으로 어느 조문이 적용되는지부터 확인해 두십시오.

의무임대기간을 채운 뒤에는 양도일까지 임대를 계속하거나 임대료 상한을 지키거나 등록을 유지할 필요가 없습니다. 비워 두거나 직접 쓰다가 팔아도 특례에는 영향이 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2015년 12월 수도권 밖의 전용면적 59제곱미터 아파트 6채를 장기일반민간임대주택(8년)으로 등록하고 임대를 시작했습니다. 임대개시 당시 기준시가는 채당 2억원 안팎이었고 임대료는 매번 5% 안에서만 올렸습니다. 8년 임대의무기간이 2023년 12월에 끝나 등록이 자동말소됐고, A씨는 2024년부터 한 채씩 팔고 있습니다. 2026년에 팔 한 채는 말소 뒤 세입자가 나가 비어 있고 세무서 사업자등록도 정리했습니다. A씨는 이 주택에도 임대기간 중 양도차익에 대한 장기보유특별공제 50% 특례가 적용되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 의무임대기간 뒤 임대요건을 안 지킨 경우를 어떻게 해석했나요?

장기일반민간임대주택을 시행령의 요건을 모두 갖추어 의무임대기간 동안 계속 임대한 뒤 양도하면, 양도일 현재 임대주택으로 등록해 임대하고 있지 않더라도 조세특례제한법 제97조의3의 특례를 적용받을 수 있다고 보았습니다. 국세청은 서면-2021-법규재산-8062(2022. 3. 16.) 회신에서, 2021년 4월 장기일반민간임대주택 15호의 8년 임대의무기간이 끝나 2022년 중 1호를 양도하려는 질의자에게, 양도일까지 계속 임대하고 있어야 하는지, 임대료 증액상한 5%를 지켜야 하는지, 임대 외의 목적으로 써도 되는지를 묻는 질의에 이렇게 답했습니다. 특례 요건인 8년 이상 계속 임대와 임대료 증액 제한은 의무임대기간 동안 갖추면 되고, 그 뒤 양도일까지의 상태는 요건이 아니라는 취지입니다. 이 회신은 의무임대기간 동안 요건을 모두 갖춘 사실관계를 전제로 하므로, 의무기간 중 임대료를 5% 넘게 올렸거나 중간에 공실이 길었던 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 이후 장기일반민간임대주택 특례는 어떻게 바뀌었나요?

회신 당시 조세특례제한법 제97조의3은 2020년 12월 31일까지 등록한 장기일반민간임대주택을 8년 이상 계속 임대하면 임대기간 중 양도소득에 50%, 10년 이상이면 70%의 장기보유특별공제율을 적용했습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제97조의3 제1항은 민간건설임대주택으로서 2027년 12월 31일까지 등록한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 10년 이상 계속 임대한 뒤 양도하는 경우에 70%의 공제율을 적용하는 것으로 바뀌었고, 매입임대주택과 8년 임대 50% 공제는 조문에서 빠졌습니다. 다만 개정 법률(법률 제19199호, 2022. 12. 31.) 부칙 제38조는 2023. 1. 1. 전에 등록한 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택의 과세특례에는 개정 규정에도 불구하고 종전 규정을 따르도록 했습니다. 회신 사안이나 사례의 A씨처럼 2022년 이전에 등록한 매입임대주택은 종전 규정의 8년 50%, 10년 70% 구조로 판단합니다.

현행 시행령은 임대료 증가율 5% 이하, 국민주택규모 이하, 임대개시일부터 10년 이상 임대, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하를 요건으로 정하고, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 안분해 계산합니다. 임대료 증액 청구는 계약 체결이나 증액 뒤 1년 안에는 할 수 없고, 보증금과 월세를 서로 바꾸면 민간임대주택에 관한 특별법의 전환 기준을 준용합니다.

• 의무임대기간 중 - 계속 임대, 임대료 5% 상한, 국민주택규모, 기준시가 요건을 모두 지켜야 합니다.
• 의무임대기간 뒤 - 임대 여부, 등록 유지, 사용 목적은 묻지 않습니다.
• 공제 대상 - 임대기간 중 발생한 양도차익에만 특례 공제율을 적용하고, 그 전후 기간은 일반 공제율입니다.
• 중복 배제 - 제97조의4 장기임대주택 특례와는 함께 적용되지 않습니다.

장기일반민간임대주택 특례 양도 대응 순서

• 등록일 확인 - 임대사업자등록증으로 등록일과 임대 유형(건설·매입, 장기일반)을 확인합니다. 2023. 1. 1. 전 등록분은 부칙 경과조치에 따라 종전 조문이 적용됩니다.
• 의무기간 중 요건 점검 - 임대개시일부터 의무임대기간 동안의 임대차계약서로 임대료 인상률 5% 이하와 공실 기간을 확인합니다.
• 기준시가·면적 확인 - 임대개시일 당시 공시가격이 6억원(수도권 밖 3억원) 이하인지, 전용면적이 국민주택규모 이하인지 확인합니다.
• 임대기간 중 양도차익 계산 - 임대개시일과 종료일의 기준시가로 안분해 특례 공제가 적용되는 양도차익을 미리 계산합니다.
• 신청서 제출 - 예정신고와 함께 과세특례적용신청서를 냅니다. 특례가 부인되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 의무기간 중 공실이 있었거나 자진말소·재등록을 거친 주택, 재건축이 진행된 주택은 등록증·계약서·말소 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 과세특례 부인과 장기보유특별공제를 둘러싼 양도소득세 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의무임대기간이 끝난 뒤 임대료를 5% 넘게 올려도 되나요?
  국세청은 서면-2021-법규재산-8062(2022. 3. 16.)에서 의무임대기간 동안 요건을 갖추어 임대한 뒤라면 양도일까지 임대료 증액상한을 지키지 않아도 특례를 적용받을 수 있다고 보았습니다. 증액 제한 요건은 의무임대기간 중에만 적용됩니다. 다만 의무기간 중 한 번이라도 5%를 넘겼다면 특례 자체가 부인됩니다.
• 지금 등록하는 임대주택도 특례를 받을 수 있나요?
  현행 조세특례제한법 제97조의3은 민간건설임대주택으로서 2027년 12월 31일까지 등록한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 10년 이상 계속 임대한 뒤 양도하는 경우에만 70% 공제율을 적용합니다. 매입임대주택은 현행 조문의 대상이 아닙니다.
• 회신 당시 등록한 매입임대주택은 어느 조문이 적용되나요?
  회신 당시 조문은 2020년 12월 31일까지 등록한 장기일반민간임대주택을 8년 이상 임대하면 50%, 10년 이상이면 70%를 적용했습니다. 2022. 12. 31. 개정 법률 부칙 제38조는 2023. 1. 1. 전에 등록한 장기일반민간임대주택 등에는 종전 규정을 따르도록 했으므로, 그 전에 등록한 매입임대주택은 종전 조문으로 판단합니다.
• 특례 공제는 양도차익 전부에 적용되나요?
  아니요. 임대기간 중 발생한 양도차익에만 특례 공제율을 적용합니다. 임대기간 중 양도차익은 전체 양도차익에 실제 임대기간 마지막 날과 개시일의 기준시가 차이를 양도일과 취득일의 기준시가 차이로 나눈 비율을 곱해 계산합니다. 나머지 기간의 양도차익에는 일반 공제율이 적용됩니다.
• 기준시가와 면적 요건은 무엇인가요?
  임대개시일 당시 주택과 부수토지의 기준시가 합계가 6억원(수도권 밖 3억원)을 넘지 않아야 하고, 주택법의 국민주택규모 이하여야 합니다. 다가구주택은 가구당 전용면적으로 판단합니다. 임대개시일 당시 공시가격 자료를 남겨 두어야 합니다.
• 임대기간은 언제부터 세나요?
  세무서 사업자등록과 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록해 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 봅니다. 등록 전 임대한 기간은 들어가지 않습니다. 재개발·재건축이나 리모델링으로 임대할 수 없는 기간은 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 계속 임대한 것으로 보되, 임대기간에는 실제 임대기간만 넣습니다.
• 특례 신청은 어떻게 하나요?
  해당 주택의 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고와 함께 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 예정신고 기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월입니다. 특례가 부인되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다.

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