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양도소득세

건물 담보 대출을 안고 임대사업을 법인에 넘기면 양도세 이월과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

대출이 임대사업과 직접 관련된 부채가 아니라면, 그 대출을 빼고 주식을 적게 받은 현물출자는 양도소득세 이월과세를 받지 못합니다. 대법원은 2025두35727 판결에서 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호의 공제 부채를 사업과 직접 관련된 부채로 한정했습니다. 지금은 건물 담보 대출마다 실제로 어디에 썼는지 증빙부터 확인해 두십시오.

기한

중소기업 통합 이월과세는 통합일이 속하는 과세연도의 양도소득세 과세표준신고(예정신고 포함) 때 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 내야 받을 수 있습니다.

현물출자 계약을 하기 전에 건물에 잡힌 대출을 모두 갚아 둬야만 이월과세를 받을 수 있는 것은 아닙니다. 그 대출이 임대사업과 직접 관련된 것인지가 기준입니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2000년대부터 자기 소유 상가건물에서 부동산 임대업을 해 왔습니다. 2023년 E씨는 이 건물을 담보로 은행에서 10억원을 빌렸는데, 그 돈은 임대사업이 아닌 다른 용도에 썼습니다. 2024년 E씨는 임대사업 전체를 법인에 현물출자하면서 이 10억원을 사업 부채에 넣어 순자산가액을 낮추고 그만큼 주식을 적게 받은 뒤, 중소기업 통합 이월과세를 신청했습니다. 2026년 세무조사에서 세무서는 그 대출이 사업과 무관하다며 이월과세를 부인하고 양도소득세 약 20억원을 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

개인사업을 법인에 현물출자하면 양도소득세 이월과세를 받을 수 있나요?

요건을 갖추면 받을 수 있습니다. 소비성서비스업이 아닌 사업을 하는 중소기업자가 사업장별로 주된 자산을 모두 승계시켜 사업의 동일성을 유지한 채 법인과 통합하면, 사업용고정자산을 넘길 때 생기는 양도소득세를 법인이 그 자산을 팔 때까지 미룰 수 있습니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「조세특례제한법」과 같은 법 시행령도 이 요건을 그대로 두고 있습니다.

여러 요건 가운데 다툼이 잦은 것은 순자산가액 요건입니다. 통합으로 받는 주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하고, 순자산가액은 통합일 현재 시가로 평가한 자산 합계에서 충당금을 포함한 부채 합계를 뺀 금액입니다. 부채를 많이 넣을수록 순자산가액이 줄고 받아야 할 주식도 줄어드는 구조입니다.

건물 담보 대출을 부채로 넣으면 순자산가액에서 빼 주나요?

사업과 직접 관련된 부채만 뺍니다. 대법원 2026. 6. 24. 선고 2025두35727 판결은 순자산가액을 계산할 때 공제하는 「충당금을 포함한 부채」는 통합으로 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정된다고 보았습니다. 건물을 담보로 잡혔다는 사정만으로는 사업 부채가 되지 않습니다.

사업 무관 부채를 넣었을 때 순자산가액 비교
사업 무관 부채를 넣었을 때 순자산가액 비교
신고한 순자산가액(받은 주식)38억원
사업 무관 대출 제외 후 순자산가액48억원

단순 예시 계산(자산 시가 약 50억원, 사업 부채 약 2억원, 사업 무관 대출 10억원)

대법원은 사업과 무관한 부채까지 빼 주면 통합 직전에 임의로 빚을 만들어 순자산가액을 낮추고, 시가와 주식 가액의 차이만큼을 사실상 현금으로 가져가는 효과가 생긴다고 보았습니다. 그런 거래는 유상양도의 성격이 있어 사업의 동일성 요건을 채우지 못한다는 것입니다. 사업용고정자산도 당해 사업에 직접 사용하는 유형·무형자산으로 정해져 있어, 부채도 같은 기준으로 본 것입니다.

그 결과 이 사건에서는 사업과 무관한 대출 10억원을 빼고 다시 계산한 순자산가액이 받은 주식 가액보다 커져 이월과세 요건을 채우지 못했고, 양도소득세 부과가 유지됐습니다. 예를 들어 자산 시가가 약 50억원이고 사업 부채가 약 2억원인데 무관한 대출 10억원까지 빼면 순자산가액은 38억원이 됩니다. 그러나 무관한 대출을 빼지 않고 다시 계산하면 48억원이 되어, 38억원어치 주식으로는 요건을 채우지 못합니다.

이월과세를 받은 뒤 5년 안에 주식을 팔면 어떻게 되나요?

이월과세를 받은 사람이 사업용고정자산을 넘긴 날부터 5년 안에 통합으로 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하거나, 법인이 승계받은 사업을 폐지하면 미뤄 둔 양도소득세를 직접 내야 합니다. 납부 기한은 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내입니다.

법인이 승계받은 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다. 법인 전환 뒤 건물 일부를 팔 계획이 있다면 이 기준부터 확인해야 합니다.

중소기업 통합 이월과세 대응 순서

  • 부채 분류 - 대출마다 받은 날짜, 쓴 곳, 담보 물건을 표로 정리합니다. 사업 운영에 쓴 대출만 순자산가액에서 빠집니다.
  • 시가 평가 - 감정평가로 자산 시가를 확정하고 사업 부채만 공제해 순자산가액을 계산합니다. 받을 주식 가액이 이 금액 이상이어야 합니다.
  • 주식 수 결정 - 순자산가액에 맞춰 발행 주식 수를 정합니다. 주식을 적게 받으면 이월과세가 부인될 수 있습니다.
  • 적용신청서 제출 - 양도소득세 신고 때 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 냅니다. 신고 때 내지 않으면 요건을 갖춰도 다툼이 생깁니다.
  • 사후관리 점검 - 5년 동안 주식 처분 비율과 사업용고정자산 처분 비율을 관리합니다. 기준을 넘으면 양도소득세를 직접 내야 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대출금 일부가 사업에 쓰이고 일부가 다른 데 쓰였거나 가족 법인과 통합하는 경우라면 대출 용도 증빙과 법인 주주 구성을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분 취소 심판·소송을 수행합니다.

실무상 착안점

법인 전환을 준비하는 임대사업자들은 「건물에 붙은 대출은 당연히 사업 부채」라고 여깁니다. 그런데 이월과세 요건에서 보는 것은 담보가 어디에 잡혔는지가 아니라 빌린 돈을 어디에 썼는지입니다. 담보 대출이라는 사실만으로 부채 공제를 기대하면 이월과세 전체가 무너질 수 있습니다.

그래서 대출을 받은 날짜, 대출 실행 계좌에서 돈이 나간 내역, 그 돈으로 한 일이 대출 건별로 남아 있어야 합니다. 세무조사는 현물출자 뒤 몇 년이 지나 나오는 일이 많고, 그때 가서 대출 용도를 설명하려면 은행 거래내역과 공사·운영비 증빙이 이미 흩어져 있습니다. 감정평가서와 현물출자계약서에 부채 명세를 어떻게 적었는지도 그대로 쟁점이 됩니다.

불복 단계에서는 이 자료가 사업 관련성을 증명하는 직접 증거가 됩니다. 일부만 사업에 쓴 대출이라면 금액을 나눠 다시 계산해 주식 가액이 순자산가액 이상인지를 보여야 하고, 그 계산이 맞으면 이월과세 부인을 다툴 여지가 생깁니다. 증빙 없이 「사업 부채였다」고만 주장하면 결론을 바꾸기 어렵습니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 법인 전환과 현물출자에 따른 양도소득세 부과처분 다툼을 수행해 왔으며, 부채별 사업 관련성과 순자산가액 계산을 먼저 다시 맞춘 뒤 이월과세 요건 충족 여부를 검토하는 방식으로 대응합니다.

  • 종합소득세 부과처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
  • 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.

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