양도소득세

살던 집이 있는데 이사하려고 재건축 입주권을 샀다면 살던 집은 비과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 살던 집을 산 지 1년이 지난 뒤 조합원입주권을 샀고 입주권 취득일부터 3년 안에 살던 집을 팔면 1세대1주택 비과세를 받을 수 있습니다. 소득세법 시행령은 이를 일시적 1주택·1조합원입주권 특례로 정하고 있습니다. 지금은 입주권 매수 잔금일과 살던 집의 보유·거주기간 2년을 먼저 확인해야 합니다.

입주권을 사기 전에 살던 집부터 서둘러 팔 필요는 없습니다. 입주권을 산 날부터 3년이라는 여유가 있고, 3년이 지나도 새 아파트에 입주하는 조건으로 비과세 길이 하나 더 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 5월 아파트를 사서 가족과 2년 넘게 살았습니다. 아이 학교 때문에 이사를 계획하던 A씨는 2024년 8월 다른 조합원에게서 재건축 조합원입주권을 사들였습니다. 새 아파트는 2028년에 완공될 예정이고, A씨는 2026년 11월 살던 아파트를 9억원에 팔려고 합니다. 입주권이 있는 상태에서 살던 집을 팔아도 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

입주권을 산 뒤 3년 안에 살던 집을 팔면 비과세되나요?

네, 살던 집을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 입주권을 사고, 입주권을 산 날부터 3년 안에 살던 집을 팔면 1주택을 판 것으로 보아 비과세를 판단합니다. 원래 소득세법은 주택과 조합원입주권을 함께 가진 세대가 주택을 팔면 1세대1주택 비과세를 적용하지 않습니다. 시행령은 이사 등으로 잠시 두 가지를 함께 갖게 된 세대를 위해 이 특례를 두었습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」도 이 기간을 3년으로 정하고 있습니다.

살던 집 자체도 1세대1주택 요건을 갖춰야 합니다. 보유기간이 2년 이상이어야 하고, 취득할 때 조정대상지역에 있던 집이면 그 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다. 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분에는 세금이 붙습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 이사 목적으로 조합원입주권을 승계취득한 사례에서, 종전주택 취득 후 1년이 지나 입주권을 샀고 입주권 취득일부터 3년 안에 종전주택을 파는 경우라면 비과세를 적용할 수 있다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과가 2022년 펴낸 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」의 사례로, 질의자는 2017년 9월 산 집을 보유한 상태에서 2021년 7월 입주권을 매수했고 2023년 12월 집을 팔 예정이었습니다. 국세청은 이 집이 2년 이상 보유·거주 요건을 갖춘 점을 전제로 했고, 실지거래가액 12억원 초과분은 과세된다고 덧붙였습니다.

이 안내는 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 것입니다. 살던 집의 거주기간이 모자라거나 입주권 외에 다른 주택이 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

3년이 지나 팔면 비과세 길이 막히나요?

아니요, 3년이 지나도 새 아파트가 완성된 후 3년 안에 세대 전원이 이사해 1년 이상 계속 살고, 완성 전이나 완성 후 3년 안에 살던 집을 팔면 비과세를 받을 수 있습니다. 2022년 사례집은 이 기간을 완성 후 2년으로 설명했지만, 2023. 2. 28. 시행령 개정으로 지금은 3년입니다. 취학, 근무상 형편, 질병 요양처럼 부득이한 사유로 세대원 일부가 이사하지 못한 경우도 인정됩니다.

이 길로 비과세를 받은 뒤 새 아파트로 이사하지 않거나 1년을 채우지 못하면, 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 내지 않은 세액을 신고·납부해야 합니다.

일시적 2주택 2년 단축이 입주권에도 적용되나요?

아니요, 2026. 10. 1.부터 2년으로 줄어든 것은 집을 한 채 더 산 일시적 2주택의 처분기한이고, 조합원입주권 특례의 3년은 그대로입니다. 2026. 9. 30. 개정된 시행령은 조정대상지역 종전주택을 가진 세대가 조정대상지역 신규주택을 사는 경우 종전주택 처분기한을 2년으로 정했습니다. 입주권 특례를 정한 조문에는 이 개정이 들어가지 않았습니다.

입주권 취득 후 종전주택 비과세 대응 순서

• 날짜 정리 - 살던 집 취득일, 입주권 매수 잔금일, 예상 양도일을 한 줄로 적습니다. 1년과 3년 계산이 여기서 정해집니다.
• 살던 집 요건 확인 - 취득 당시 조정대상지역이었는지와 실제 거주기간을 확인합니다. 거주 2년이 모자라면 특례가 있어도 비과세가 되지 않습니다.
• 다른 주택 점검 - 세대원 명의의 주택, 분양권, 다른 입주권이 있는지 확인합니다. 하나라도 더 있으면 이 특례 구조를 벗어납니다.
• 양도 시점 결정 - 3년 안에 팔지, 완공 후 입주 조건으로 갈지 정합니다. 입주 조건으로 가면 이사와 1년 거주를 지킬 수 있는지 미리 따집니다.
• 신고와 다툼 - 예정신고 때 특례적용신고서를 냅니다. 비과세가 부인되면 경정청구나 처분을 안 날부터 90일 안의 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 입주권을 원조합원에게서 산 시점이 관리처분계획인가 전인지 후인지, 세대 구성이 바뀌었는지에 따라 결론이 달라지므로 매매계약서와 주민등록 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 입주권 취득일은 언제로 보나요?
  소득세법 제98조는 자산의 취득시기를 원칙적으로 대금을 청산한 날로 정하므로, 다른 조합원에게서 입주권을 사는 경우에도 잔금을 치른 날을 기준으로 3년을 따져 보는 것이 안전합니다. 계약일과 잔금일이 몇 달씩 떨어져 있으면 3년의 끝이 달라지므로 잔금 이체 내역을 따로 보관해야 합니다. 잔금일이 분명하지 않으면 계약서상 잔금 약정일과 실제 지급일을 함께 확인해야 합니다.
• 살던 집을 산 지 1년이 안 돼 입주권을 샀다면요?
  종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 입주권을 사야 3년 특례가 적용됩니다. 1년이 안 된 상태에서 입주권을 샀다면 이 특례로는 비과세를 받기 어렵습니다. 다만 수용, 해외이주 같은 일부 사유에 해당하면 1년 요건을 적용하지 않으므로 그 사유가 있는지 따로 확인해야 합니다.
• 새 아파트로 이사하는 사람은 세대 전원이어야 하나요?
  3년이 지나 팔면서 입주 조건 특례를 받으려면 원칙적으로 세대 전원이 새 아파트로 이사해 1년 이상 계속 살아야 합니다. 취학, 근무상 형편, 질병 요양처럼 부득이한 사유로 세대원 일부가 이사하지 못하는 경우는 인정됩니다. 사유를 입증할 재학증명서나 재직증명서를 미리 준비해 두어야 합니다.
• 입주 조건을 못 지키면 세금은 언제 내나요?
  완공 후 3년 안에 이사하지 못했거나 1년 거주를 채우지 못하면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부해야 합니다. 내야 할 세액은 처음 집을 팔 때 특례를 받지 않았다면 냈을 양도소득세입니다. 기한을 넘기면 가산세가 붙을 수 있습니다.
• 살던 집을 12억원 넘게 팔면 어떻게 되나요?
  특례가 적용되어도 양도가액이 12억원을 넘으면 고가주택이어서 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익에는 양도소득세가 붙습니다. 비과세가 전부 사라지는 것은 아니고 초과 부분만 과세됩니다. 장기보유특별공제 적용 여부와 거주기간도 함께 따져 세액을 계산해야 합니다.
• 특례적용신고서를 못 냈으면 비과세를 못 받나요?
  시행령은 특례를 적용받으려는 사람이 양도소득세 신고기한까지 특례적용신고서를 내도록 정하고 있습니다. 서류를 빠뜨려 과세되었다면 요건을 실제로 갖춘 사실을 매매계약서와 주민등록 이력으로 소명하며 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.
• 비과세가 부인돼 고지서를 받았다면 언제까지 다투나요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날, 고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 이 기간을 넘기면 불복 자체가 어려워지므로 고지서 수령일을 기록해 두어야 합니다. 이의신청은 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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