세금

개인사업자 이월결손금은 몇 년 안에 공제받아야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

개인사업자의 이월결손금은 결손금이 생긴 과세기간의 종료일부터 15년 안에 끝나는 과세기간까지 공제할 수 있습니다. 이 15년은 2020년 1월 1일 이후 시작한 과세기간에 생긴 결손금부터 적용됩니다. 다만 장부 없이 추계로 신고한 해에는 이월결손금을 쓰지 못하고 기간만 흘러갑니다.

개인사업자의 이월결손금은 결손금이 생긴 과세기간의 종료일부터 15년 안에 끝나는 과세기간까지 공제할 수 있습니다. 이 15년은 2020년 1월 1일 이후 시작한 과세기간에 생긴 결손금부터 적용됩니다. 다만 장부 없이 추계로 신고한 해에는 이월결손금을 쓰지 못하고 기간만 흘러갑니다.

이월결손금은 몇 년 동안 공제받을 수 있나요?

장부로 사업소득을 계산해 생긴 결손금 중 그해 다른 소득에서 다 빼지 못한 금액이 이월결손금입니다. 이 이월결손금은 발생한 과세기간의 종료일부터 15년 안에 끝나는 과세기간의 소득금액에서 공제합니다. 개인의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지이므로, 2024년 결손금은 2039년 과세기간까지 쓸 수 있습니다.

15년 기간은 2020년 12월 29일 개정 소득세법으로 들어왔습니다. 부칙은 이 규정을 2020년 1월 1일 이후 시작한 과세기간에 생긴 결손금부터 적용하도록 정했습니다. 그 전에 생긴 결손금은 종전 규정에 따라 10년입니다. 2019년 결손금이라면 2029년 과세기간까지만 쓸 수 있습니다. 그래서 오래된 결손금이 남아 있다면 생긴 해부터 확인해야 합니다.

여러 해의 이월결손금이 있으면 먼저 생긴 해의 것부터 순서대로 뺍니다. 오래된 결손금이 먼저 소진되도록 한 구조여서 기간 만료로 사라지는 금액을 줄여 줍니다. 그래도 사업이 오래 적자였다면 첫해 결손금부터 만료가 다가오므로 연도별 잔액을 확인해야 합니다.

이월결손금은 어떤 소득에서 어떤 순서로 빼나요?

일반 사업에서 생긴 이월결손금은 사업소득, 근로소득, 연금소득, 기타소득, 이자소득, 배당소득 순서로 뺍니다. 그해 사업이 흑자면 사업소득에서 먼저 빠지고, 남으면 근로소득 등으로 넘어갑니다. 사업을 접고 직장에 다니는 해에도 남은 이월결손금을 근로소득에서 뺄 수 있다는 뜻입니다. 이 경우에도 종합소득세 확정신고로 공제를 받아야 합니다.

그해 새 결손금과 이월결손금이 함께 있으면 그해 결손금을 먼저 공제합니다. 이월결손금은 그다음입니다. 그해 결손금은 그해에만 다른 소득에서 뺄 수 있는 반면, 이월결손금은 기간이 남아 있기 때문입니다.

부동산임대업에서 생긴 이월결손금은 다릅니다. 이 결손금은 부동산임대업 소득에서만 뺄 수 있습니다. 주거용 건물 임대업은 예외입니다. 자세한 내용은 「상가 임대업에서 난 결손금을 근로소득에서 뺄 수 있나요?」에서 다뤘습니다. 금융소득이 종합과세되는 경우에는 원천징수세율이 적용되는 부분에서 이월결손금을 빼지 못합니다.

추계로 신고한 해에는 이월결손금이 어떻게 되나요?

장부와 증명서류 없이 추계로 신고하거나 과세관청이 추계로 결정한 해에는 이월결손금을 공제하지 않습니다. 그해 사업소득이 아무리 커도 남아 있는 결손금을 쓰지 못합니다. 15년 기간은 그대로 흘러가므로 기간 끝 무렵이라면 결손금이 사라질 수 있습니다.

예외는 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부와 증빙이 없어져 추계로 신고하거나 결정받은 경우입니다. 이때는 이월결손금 공제가 허용됩니다. 화재나 침수로 장부가 사라졌다면 그 사실을 보여 주는 자료를 함께 남겨 두어야 합니다. 소방 확인서나 피해 사실 확인 자료가 대표적입니다.

이월결손금이 남아 있는 사업자라면 간편장부라도 성실히 기록하는 것이 결손금을 지키는 방법입니다. 일정 규모 미만 사업자가 간편장부를 성실히 쓰면 장부를 갖춘 것으로 봅니다.

오래전 결손금이 뒤늦게 확인되면 쓸 수 있나요?

국세부과 제척기간이 지난 뒤 그 이전 과세기간의 이월결손금이 확인됐다면 그 결손금은 공제하지 않습니다. 예전에 결손금을 신고하지 않았거나 적게 신고했다가 나중에 결손이 있었다고 주장해도 받아들여지기 어렵다는 뜻입니다.

그래서 결손이 난 해에는 반드시 장부에 따라 결손금을 신고해 두어야 합니다. 몇 년 뒤 흑자가 나서 세무조사를 받을 때 결손금의 존재를 처음 주장하면 이 단서에 막힐 수 있습니다. 결손금이 있는 거주자도 다음 해 5월 확정신고 대상입니다. 과세관청이 결손금을 줄이는 경정을 했다면 그 처분을 다툴지 그 시점에 판단해야 합니다. 이 쟁점은 「결손금 감액경정 통지를 못 받았는데 나중에 다툴 수 있나요?」에서 다뤘습니다.

반대로 오래된 결손금을 실제로 공제하면 그 발생 연도가 다시 검증 대상이 됩니다. 통상의 제척기간이 끝난 뒤 이월결손금을 공제한 경우가 그렇습니다. 결손금이 생긴 해의 제척기간이 공제한 해의 법정신고기한부터 1년으로 바뀝니다. 15년 동안 결손금을 나눠 쓴다면 발생 연도의 장부와 증빙도 그만큼 오래 보관해야 합니다.

이월결손금 관리 대응 순서

• 결손금 신고 - 결손이 난 해에도 장부에 따라 확정신고를 해 결손금을 확정합니다.
• 연도별 관리표 - 발생 연도, 금액, 공제액, 남은 금액, 만료 연도를 표로 관리합니다.
• 부칙 확인 - 2020년 전에 시작한 과세기간의 결손금은 종전 기간을 따로 확인합니다.
• 장부 신고 유지 - 결손금이 남아 있는 동안 추계 신고를 피합니다.
• 공제 순서 점검 - 그해 결손금, 오래된 이월결손금 순서로 공제됐는지 신고서에서 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결손금 발생 연도와 업종, 장부 기장 여부에 따라 공제할 수 있는 기간과 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 개인사업자 이월결손금 공제와 결손금 경정에 관한 종합소득세 검토와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2018년에 생긴 결손금도 15년 동안 쓸 수 있나요?
  아니요, 15년은 2020년 1월 1일 이후 시작한 과세기간의 결손금부터 적용됩니다. 그 전 과세기간의 결손금은 종전 규정의 기간을 따르므로 따로 확인해야 합니다.
• 흑자가 난 해에 이월결손금을 일부만 공제받을 수 있나요?
  종합과세되는 금융소득 중 기본세율 부분에 대해서는 공제 여부와 금액을 정할 수 있습니다. 그 밖의 소득에서는 법이 정한 순서대로 공제하는 것이 원칙입니다.
• 추계로 신고한 해가 지나면 다시 공제받을 수 있나요?
  네, 다음 해에 장부로 신고하면 남은 이월결손금을 다시 공제할 수 있습니다. 다만 추계로 신고한 해에도 15년 기간은 계속 흘렀으므로 그만큼 남은 기간이 줄어든 상태입니다.
• 공동사업장에서 생긴 결손금은 누가 공제하나요?
  공동사업장의 소득금액은 손익분배비율에 따라 각 공동사업자에게 나눠지므로 결손금도 각자 분배받은 몫을 공제하는 구조입니다. 동업계약서의 분배비율을 먼저 확인해야 합니다.
• 결손금이 있는데 세무서가 결손금을 줄여 경정했다면 어떻게 하나요?
  감액경정으로 줄어든 결손금은 이후 공제에 영향을 주므로 그 처분을 다툴지 판단해야 합니다. 통지를 받은 시점과 불복기간을 먼저 확인하는 것이 출발점입니다.
• 개인사업을 법인으로 전환하면 이월결손금도 넘어가나요?
  개인의 이월결손금은 개인의 소득금액에서 공제하도록 정해져 있습니다. 법인으로 넘겨 쓸 수 있는 규정은 소득세법에 따로 없으므로 전환 전에 공제 계획을 세워야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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