양도소득세

재개발로 헐린 임대주택이 자동말소됐다면 5년 안에 판 거주주택도 비과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 임대의무기간의 절반도 임대하지 못한 채 재개발로 멸실된 임대주택이 나중에 자동말소되었다면, 말소일부터 5년 안에 거주주택을 팔아도 자동말소 거주주택 특례를 받지 못합니다. 국세청은 2025년 1월 기획재정부 해석을 인용해 스스로 말소신고한 사업자와의 형평상 말소 사유를 묻지 않는다고 회신했습니다. 지금은 멸실 전 실제 임대기간이 임대의무기간의 절반을 넘는지부터 확인해야 합니다.

자동말소 통지를 받았다고 해서 그날부터 5년 안에 거주주택을 서둘러 팔 필요는 없습니다. 먼저 그 임대주택이 멸실 전에 임대의무기간의 절반 이상을 임대했는지부터 확인해야 5년 특례가 걸리는지 알 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 산 빌라를 2019년 3월 4년 단기민간임대주택으로 등록해 임대했습니다. 2019년 아파트를 사서 가족과 살았고, 2020년 6월 산 다른 주택은 10년 장기일반민간임대주택으로 등록했습니다. 빌라는 재개발 관리처분계획인가 뒤 2020년 9월 임차인이 이주했고 2021년 6월 철거되었으며, 구청은 2023년 3월 임대의무기간 종료로 등록을 자동말소했습니다. A씨는 2026년 살던 아파트를 팔면서 자동말소일부터 5년 안이니 거주주택 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 멸실 후 자동말소된 임대주택을 어떻게 해석했나요?

임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하지 못한 채 재개발로 멸실된 임대주택이 나중에 자동말소되었다면, 말소 뒤에 판 거주주택에는 자동말소 5년 특례를 적용하지 않는다는 것이 결론입니다. 국세청은 서면-2024-법규재산-0692(2025. 1. 31.)에서 기획재정부 조세정책과-2260(2024. 12. 16.) 해석을 참조하라고 답했습니다. 기획재정부는 폐지된 유형의 민간임대주택이 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하지 않은 상태에서 재개발로 멸실되고 임대의무기간 종료로 등록이 말소된 뒤 거주주택을 양도하면 이 특례가 적용되지 않는다고 회신했습니다.

판단 이유는 형평입니다. 임대주택이 멸실되면 임대사업자는 등록사항 변경을 신고해야 하고, 스스로 말소신고를 하면 의무기간 절반을 못 채운 것이어서 5년 특례를 받지 못합니다. 신고를 하지 않아 지방자치단체가 의무기간 종료일에 자동말소한 경우에만 특례를 주면, 성실하게 신고한 사업자가 오히려 불리해집니다. 그래서 재개발·재건축으로 절반 이상 임대하지 못한 채 멸실되었다면 말소 사유와 관계없이 말소 뒤 양도한 거주주택에는 특례를 적용하지 않는다고 보았습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이라, 멸실 전에 이미 절반 이상 임대했다면 결론이 달라질 수 있습니다.

자동말소 5년 특례는 원래 어떤 경우에 적용되나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 폐지된 유형의 장기임대주택이 두 가지 사유로 등록이 말소되면, 말소된 이후 5년 안에 판 거주주택에 한해 그 임대주택을 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 봅니다. 장기임대주택이 2호 이상이면 최초로 등록이 말소된 날부터 5년을 셉니다.

• 자진말소 - 임대사업자가 의무기간 안에 말소를 신청한 경우, 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대했을 때만
• 자동말소 - 단기민간임대주택이나 아파트 장기일반 매입임대가 임대의무기간이 끝난 날 말소된 경우
• 거주주택 요건 - 보유기간 중 2년 이상 거주
• 양도 시기 - 등록 말소 이후 5년 안

2분의 1 이상 임대했는지는 어떻게 따지나요?

임대의무기간은 민간임대주택법이 정한 기간이고, 4년 단기민간임대주택이면 2년 이상 실제로 임대해야 절반을 채웁니다. 각색 사례처럼 2019년 3월 등록 뒤 2020년 9월 임차인이 이주했다면 실제 임대는 약 1년 6개월로 절반에 못 미칩니다. 임대차계약서와 임차인 전입·전출 기록으로 실제 임대기간을 날짜로 정리해야 합니다.

2026. 10. 1. 이후 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정 시행령은 장기임대주택 중과배제 요건에 양도기한을 새로 두었습니다. 그 기한은 원칙적으로 2027. 12. 31.이고, 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나는 주택은 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날 등 늦은 날까지입니다. 다만 거주주택 특례의 자동말소 5년 규정에서는 이 양도기한 요건을 적용하지 않는다고 명시했습니다. 이 개정 시행령의 부칙(대통령령 제36737호)은 제155조 제23항 개정에 별도 적용례를 두지 않았으므로 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 바뀐 문구가 적용됩니다. 멸실로 절반 이상 임대하지 못한 경우 특례가 적용되지 않는다는 회신 결론에는 영향이 없습니다.

멸실 임대주택 자동말소 거주주택 대응 순서

• 실제 임대기간 계산 - 등록일부터 임차인 퇴거일까지 실제 임대한 기간이 임대의무기간의 절반을 넘는지 계약서와 전입 기록으로 확인합니다.
• 말소 경위 확인 - 등록말소 통지서로 말소일과 말소 사유가 자진말소인지 자동말소인지 확인합니다.
• 보유 주택 정리 - 멸실 주택의 조합원입주권, 다른 장기임대주택까지 포함해 거주주택 양도일의 보유 상태를 정리합니다.
• 예정신고 - 특례가 적용되지 않으면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 과세로 예정신고합니다.
• 부인 시 불복 - 비과세로 신고했다가 과세 통지를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 이미 낸 세금은 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 멸실 전에 임대의무기간 절반 이상을 임대했거나 재개발 후 새 주택을 다시 임대등록한 경우에는 등록말소 통지서와 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 부인에 따른 양도소득세 불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 멸실 전에 절반 이상 임대했다면요?
  회신은 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하지 않은 상태에서 멸실된 사실관계를 전제로 했습니다. 멸실 전에 절반 이상 임대했다면 자진말소의 경우에도 5년 특례가 인정되는 구조라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 임대기간을 임대차계약서와 임차인 전입 기록으로 계산해 따로 판단해야 합니다.
• 멸실 후 스스로 말소신고를 했다면요?
  임대주택이 멸실되어 임대사업자가 스스로 말소를 신청했고 임대의무기간의 절반을 채우지 못했다면, 말소 뒤에 판 거주주택에는 5년 특례가 적용되지 않습니다. 회신은 자진말소와 자동말소를 구별하지 않고 같은 결론을 냈으므로 말소 방식으로 결과가 달라지지 않습니다.
• 말소 전에 거주주택을 팔았다면요?
  회신 검토내용은 멸실된 임대주택의 등록이 말소되기 전에 거주주택을 팔아야 비과세를 받을 수 있다고 설명했습니다. 말소 전 양도는 등록된 장기임대주택을 보유한 상태로 거주주택 특례 요건을 따지게 되므로, 양도일 현재 등록 상태와 다른 요건을 함께 확인해야 합니다.
• 자동말소 5년은 언제부터 세나요?
  등록이 말소된 날 이후 5년 안에 거주주택을 팔아야 합니다. 장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소된 장기임대주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 말소일은 지방자치단체의 등록말소 통지서와 임대사업자 등록증 변경 내역으로 확인합니다.
• 거주주택은 얼마나 살아야 하나요?
  거주주택 특례를 받으려면 그 주택의 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 과거에 거주주택을 판 적이 있고 지금 집이 한때 임대등록된 집이면 임대사업자 등록 이후의 거주기간만 셉니다. 전입·전출 기록으로 거주기간을 확인합니다.
• 비과세로 신고했는데 과세 통지를 받았어요.
  과세 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 멸실 전 실제 임대기간이 의무기간의 절반을 넘었다는 점처럼 회신과 다른 사실을 계약서와 전입 기록으로 정리하는 것이 먼저입니다. 이의신청은 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.
• 과세로 낸 세금은 나중에 다툴 수 있나요?
  과세로 신고·납부한 뒤 특례 요건을 갖춘 것으로 판단되면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 회신과 같은 사실관계라면 결론을 바꾸기 어렵기 때문에, 임대기간 계산이나 말소 경위에 다툴 사실이 있는지 먼저 확인합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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