세무조사

심판청구에서 재조사 결정이 났는데, 세무서는 어디까지 다시 조사할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무서는 결정서 주문에 적힌 범위에서만 다시 조사할 수 있고, 재조사 결정일부터 60일 이내에 조사를 마치고 처분해야 합니다. 주문과 상관없는 항목이나 다른 연도 자료를 요구하면 근거를 서면으로 확인하십시오. 재조사에서 사실관계를 확인할 수 없으면 당초 처분이 유지될 수 있으므로 증빙 제출이 결과를 가릅니다.

재조사 결정은 진 결정이 아닙니다. 심판기관이 청구에 이유가 있다고 보았지만, 얼마를 깎을지 정하려면 사실관계를 더 확인해야 할 때 내리는 결정입니다. 문제는 세무서가 다시 조사를 나오면서 결정서와 상관없는 항목까지 자료를 요구하거나, 확인이 어렵다는 이유로 당초 처분을 그대로 두는 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2024. 5. 상가 건물을 팔면서 리모델링 공사비 1억 2,000만원을 필요경비로 넣어 양도소득세를 신고했습니다. 세무서는 2025. 3. 그중 8,000만원을 수선비로 보아 필요경비에서 빼고 세금을 고지했고, B씨는 심판청구를 했습니다. 2026. 8. 18. 「공사비 8,000만원이 자본적 지출인지 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다」는 재조사 결정이 나왔습니다. 2026. 9. 세무서는 공사비 자료 외에 양도가액 산정 근거와 다른 해 임대수입 자료까지 요청했습니다. B씨는 공사비 말고 다른 자료까지 내야 하는지, 결과가 불리하면 다시 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재조사 결정은 어떤 경우에 나오나요?

이의신청, 심사청구, 심판청구의 결정은 각하, 기각, 인용으로 나뉘고, 인용 가운데 하나가 재조사 결정입니다. 청구가 이유 있다고 인정되지만 취소·경정의 범위를 정하기 위해 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요할 때, 처분청에 재조사를 맡기고 그 결과에 따라 취소·경정하도록 하는 방식입니다. 과세전적부심사에서도 같은 형태의 재조사 결정이 있습니다.

결정서는 주문과 이유로 나뉩니다. 주문에는 무엇을 재조사할지(예: 특정 공사비의 성격, 특정 시점의 시가)가 적히고, 이유에는 심판기관이 어떤 판단을 전제로 재조사를 맡겼는지가 적힙니다. 이후 조사의 범위와 처분의 내용은 모두 이 두 부분에 묶입니다.

세무서는 무엇을, 언제까지 다시 조사할 수 있나요?

같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 재조사 결정에 따른 조사는 그 예외입니다. 다만 법은 이 예외를 「결정서 주문에 기재된 범위의 조사」로 한정합니다. 이 조사는 법률상 부분조사에 해당하므로 주문에 적힌 사항을 확인하는 데 필요한 부분에 그쳐야 합니다.

처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 조사를 마치고 취소·경정하거나 필요한 처분을 해야 합니다. 재조사를 시작할 때는 조사 시작 7일 전에 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유와 부분조사 범위를 알려야 합니다(2024. 12. 31. 개정). 이 과정에서도 일반 세무조사처럼 조사 연기, 기간 연장, 중지를 할 수 있습니다. 주문 범위를 벗어나 다른 항목이나 다른 연도를 살피려면 다른 재조사 허용 사유가 따로 있어야 하고, 그런 사유 없이 이루어진 재조사에 근거한 과세는 그 자료를 빼고도 같은 처분이 가능하더라도 위법하다는 것이 대법원의 입장입니다.

재조사 기간에 세무서 요구에는 어떻게 응해야 하나요?

세무공무원은 조사에 필요한 최소한의 범위에서 장부와 서류를 요구해야 하고, 조사 대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관계없는 자료를 요구해서는 안 됩니다. 재조사 결정에 따른 조사라면 그 기준선이 주문입니다. 요구를 처음부터 거절하기보다 요구 근거를 서면으로 묻고, 주문에 해당하는 자료는 빠짐없이 내는 편이 결과에 유리합니다.

범위를 넘는 조사가 계속되면 조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장이나 지방국세청장에게 위법·부당한 세무조사의 일시중지·중지를 납세자보호위원회 심의로 요청할 수 있습니다. 2025. 12. 23. 개정으로 결과 통지 기한은 요청받은 날부터 20일(보완기간 제외)이고 한 차례 5일 연장할 수 있으며, 결과에 불복하면 통지받은 날부터 7일 이내에 국세청장에게 취소·변경을 요청할 수 있습니다.

재조사 결과가 불리하게 나오면 어떻게 되나요?

2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」은 재조사를 하고도 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있는 경우를 정하고 있습니다. 청구인의 주장과 재조사에서 확인한 사실관계가 달라 당초 처분을 유지할 필요가 있는 경우, 청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우입니다. 처분청은 처분 결과나 처분을 유지한다는 사실을 지체 없이 서면으로 알려야 합니다.

그렇다고 처분청이 마음대로 결론을 바꿀 수 있는 것은 아닙니다. 대법원은 처분청이 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 요건사실의 인정·판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하면 결정의 기속력에 어긋난다고 봅니다. 재조사 결정에 따른 조사를 마친 경우에는 세무조사 결과통지를 생략할 수 있고 과세전적부심사도 할 수 없으므로, 다음 다툼은 처분 결과 통지서를 기준으로 준비합니다. 불복 기간은 「세금 이의신청에서 재조사 결정이 나면 심판청구 기간은 언제부터 세나요?」에서 설명했습니다.

재조사 결정 대응 순서

• 결정서 주문과 이유 대조 - 주문에 적힌 재조사 대상과 이유에 적힌 판단 전제를 한 장으로 정리합니다.
• 자료 요구 범위 확인 - 세무서 요구 목록을 주문과 맞춰 보고, 범위 밖 요구는 근거를 서면으로 물어 기록해 둡니다.
• 60일 일정 관리 - 재조사 결정일과 조사 연장·중지 통지를 달력에 적고 제출 기한을 지킵니다.
• 증빙 중심 의견서 제출 - 사실관계를 확인할 수 없으면 당초 처분이 유지될 수 있으므로 계약서, 이체내역, 공사 사진처럼 객관 자료로 주장을 뒷받침합니다.
• 처분 결과 검토와 불복 - 결과가 결정서의 판단과 어긋나거나 범위 밖 조사에 근거했다면 기속력 위반과 재조사 금지 위반을 정리해 다시 불복합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결정서 주문이 얼마나 구체적인지와 재조사 기간에 낸 증빙의 질에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 재조사 단계 의견서 작성, 범위 밖 조사에 대한 대응, 재조사 후속 처분에 대한 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사 결정이면 세금이 줄어드는 건가요?
  재조사 결정은 청구에 이유가 있다고 보면서 취소·경정 범위를 정하려고 처분청에 추가 조사를 맡긴 결정입니다. 다만 재조사에서 주장과 다른 사실이 확인되거나 사실관계를 확인할 수 없으면 당초 처분이 유지될 수 있습니다.
• 세무서가 다른 항목 자료도 달라고 하면 내야 하나요?
  재조사 결정에 따른 조사는 결정서 주문에 적힌 범위로 한정됩니다. 주문과 상관없는 항목이나 다른 연도 자료를 요구하면 어떤 근거인지 서면으로 확인하고, 다른 재조사 허용 사유가 없다면 범위 밖 조사라는 의견을 남겨 두십시오.
• 재조사는 언제까지 끝나야 하나요?
  처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 주문 범위의 조사를 마치고 취소·경정하거나 필요한 처분을 해야 합니다. 다만 일반 세무조사처럼 조사 연기, 기간 연장, 중지를 할 수 있으므로 통지서를 받으면 날짜를 따로 적어 두십시오.
• 재조사 뒤에도 세무조사 결과통지를 받나요?
  재조사 결정에 따른 조사를 마친 경우에는 세무조사 결과통지를 생략할 수 있고, 과세전적부심사도 청구할 수 없습니다. 처분청은 처분 결과나 처분을 유지한다는 사실을 지체 없이 서면으로 알려야 하므로, 그 통지서를 기준으로 다음 불복을 준비합니다.
• 세무서가 결정 취지와 다르게 처분을 유지하면요?
  대법원은 처분청이 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 요건사실의 인정·판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하면 결정의 기속력에 어긋난다고 봅니다. 결정서 이유와 처분 결과를 나란히 놓고 어긋나는 부분을 정리해 다시 다툽니다.
• 이의신청 재조사인데 60일이 지나도 통지가 없어요.
  이의신청에 대한 재조사 결정 뒤 처분기간 안에 처분 결과 통지를 받지 못했다면, 그 처분기간이 지난 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 기간 계산의 시작점이 달라지므로 날짜를 정확히 확인하십시오.

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