불복·환급

세금 이의신청에서 재조사 결정이 나면 심판청구 기간은 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.04 갱신

재조사 결정에 따른 심판청구 기간은 재조사 결정 통지일이 아니라 세무서의 후속 처분 통지를 받은 날부터 90일을 셉니다. 대법원 전원합의체는 재조사 결정이 후속 처분으로 보완되어야 결정으로서 효력이 생긴다고 보아 종전 판례를 바꾸었습니다. 후속 처분 통지서를 받은 날짜와 재조사 결정일부터 60일이 지났는지부터 확인해 두십시오.

재조사 결정 통지서를 받은 날부터 서둘러 심판청구서를 낼 필요는 없습니다. 그 결정만으로는 무엇이 얼마나 바뀌는지 알 수 없으므로, 후속 처분 내용을 받아 본 뒤 불복 범위를 정해도 늦지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2025년 9월 부가가치세 3,000만 원 경정 고지를 받고 세무서에 이의신청을 했습니다. 2025년 11월 「매입 거래의 실제 여부를 재조사하라」는 재조사 결정 통지서를 받았고, 세무서는 2026년 1월 재조사 결과 세액을 2,200만 원으로 줄이는 후속 처분을 통지했습니다. I씨는 남은 세액에 대한 심판청구 기간을 재조사 결정 통지일부터 세야 하는지, 후속 처분 통지일부터 세야 하는지 묻습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재조사 결정 뒤 심판청구 기간은 언제부터 세나요?

후속 처분의 통지를 받은 날부터 셉니다. 대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결은 재조사 결정이 처분청의 후속 처분으로 내용이 보완되어야 비로소 이의신청 등에 대한 결정으로서 효력이 생긴다고 보았습니다. 그래서 재조사 결정에 따른 심사청구기간, 심판청구기간, 행정소송 제소기간은 모두 후속 처분 통지를 받은 날부터 계산합니다.

이 판결은 재조사 결정 통지를 받은 날부터 기간을 세던 종전 판례를 변경한 것입니다. 재조사 결정 통지만 받은 단계에서는 다음 불복에서 다툴 대상과 범위를 특정할 수 없다는 점이 이유였습니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」도 재조사 결정 제도를 법에 두고 처분청의 재조사 기간을 정해 두었습니다.

세무서가 재조사 결과를 늦게 알려 주면 어떻게 하나요?

처분청은 재조사 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에서 조사하고 그 결과에 따라 처분해야 합니다. 이 기간 안에 처분 결과 통지가 없으면 납세자는 통지를 기다리지 않고 그 60일이 지난 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 다만 처분청은 조사를 연기하거나 기간을 연장할 수 있으므로 지연 사유가 통지되었는지도 확인해야 합니다.

이의신청 단계의 재조사 결정에도 이 기간 규정이 준용됩니다. 이의신청에 대한 결정은 원칙적으로 신청을 받은 날부터 30일 안에 해야 합니다.

심판청구 단계의 재조사 결정은 어떻게 다투나요?

조세심판원이나 국세청의 재조사 결정에 따라 세무서가 한 후속 처분에 불만이 있으면, 그 재조사 결정을 한 기관에 다시 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 또는 그 절차를 거치지 않고 곧바로 행정소송을 낼 수도 있습니다.

곧바로 행정소송을 낸다면 재조사 후 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 합니다. 다시 심사·심판청구를 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안입니다. 이 기간은 불변기간이라 늘어나지 않습니다.

재조사 결정 후 불복 대응 순서

• 결정 단계 확인 - 재조사 결정이 이의신청 단계인지, 심사·심판청구 단계인지 확인합니다. 다음 불복 방법이 달라집니다.
• 후속 처분 통지일 기록 - 세무서의 재조사 결과 통지서를 받은 날을 적어 둡니다. 이 날부터 90일이 계산됩니다.
• 60일 경과 점검 - 재조사 결정일부터 60일이 지나도 통지가 없으면 그날부터 90일을 따로 계산합니다. 연기·연장 통지가 있었는지도 봅니다.
• 불복 범위 특정 - 후속 처분에서 줄어든 세액과 남은 세액을 나누어 다툴 부분을 정합니다. 재조사 결과의 사실 판단이 맞는지 자료로 확인합니다.
• 청구서 제출 - 이의신청 단계였다면 심사청구나 심판청구를, 심사·심판 단계였다면 재청구나 행정소송을 기간 안에 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사 결정 주문의 범위가 애매하거나 세무서가 주문 범위를 넘어 새로운 사유로 처분한 경우에는 결정서와 후속 처분서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조세심판 청구와 과세처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사 결정 통지일부터 90일이 아닌가요?
  아닙니다. 대법원 전원합의체는 재조사 결정이 세무서의 후속 처분으로 보완되어야 결정으로서 효력이 생긴다고 보았습니다. 그래서 다음 단계의 심사청구·심판청구 기간과 제소기간은 후속 처분 통지를 받은 날부터 셉니다.
• 세무서는 언제까지 재조사를 끝내야 하나요?
  재조사 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에서 조사하고 그 결과에 따라 처분해야 합니다. 다만 조사를 연기하거나 기간을 연장하거나 중지할 수 있으므로, 그런 통지를 받았는지 함께 확인해야 합니다.
• 60일이 지나도 연락이 없으면요?
  이의신청 재조사 결정 뒤 처분기간 안에 결과 통지를 받지 못했다면, 그 처분기간이 지난 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 통지를 무작정 기다리면 이 기간이 지나갈 수 있습니다.
• 후속 처분에 다시 이의신청할 수 있나요?
  할 수 없습니다. 이의신청에 대한 처분과 이의신청 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에는 다시 이의신청을 할 수 없습니다. 후속 처분에 불만이 있으면 심사청구나 심판청구로 넘어가야 합니다.
• 심판 단계 재조사 후엔 바로 소송할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 심사·심판청구에 대한 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 다시 심사·심판을 거치지 않아도 됩니다. 이 경우 재조사 후 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내야 합니다.
• 후속 처분이 주문 범위를 넘으면요?
  재조사는 결정서 주문에 적힌 범위에 한정됩니다. 세무서가 주문에 없는 새로운 사유로 세액을 다시 정했다면 그 부분을 위법하다고 다툴 수 있습니다. 재조사 결정서와 후속 처분서를 대조해 범위를 넘은 부분을 특정합니다.
• 감액된 부분과 남은 부분을 어떻게 다투나요?
  후속 처분으로 줄어든 세액은 다툴 필요가 없고, 남은 세액이 불복 대상입니다. 심판청구서에는 재조사 결과 중 어떤 사실 판단이 틀렸는지와 남은 세액 중 취소를 구하는 금액을 구체적으로 적어야 합니다.

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