세금

회사가 자기주식을 팔아 남긴 이익도 법인세 과세 대상인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 회사가 보유하던 자기주식을 팔아 남긴 이익은 익금으로 법인세 과세 대상입니다. 시행령이 자기주식의 양도금액을 수익으로 명시하고 있기 때문입니다. 합병으로 넘겨받은 자기주식도 같습니다. 다만 주식을 소각해 자본을 줄이는 경우는 자본거래여서 감자차익이 익금에 들어가지 않습니다.

네, 회사가 보유하던 자기주식을 팔아 남긴 이익은 익금으로 법인세 과세 대상입니다. 시행령이 자기주식의 양도금액을 수익으로 명시하고 있기 때문입니다. 합병으로 넘겨받은 자기주식도 같습니다. 다만 주식을 소각해 자본을 줄이는 경우는 자본거래여서 감자차익이 익금에 들어가지 않습니다.

회계에서는 자본으로 처리하는데 왜 법인세가 나오나요?

세법이 자기주식을 자산으로 보기 때문입니다. 기업회계에서는 자기주식 처분이익을 손익계산서가 아닌 자본잉여금으로 처리합니다. 그러나 법인세법 시행령은 수익의 범위에 자기주식의 양도금액을 따로 넣어 두었습니다. 그래서 양도금액은 익금, 처분 당시 장부가액은 손금이 되고 그 차이가 과세소득이 됩니다.

반대로 자기주식을 장부가액보다 싸게 팔아 손실이 났다면 그 손실은 손금이 됩니다. 회계상 자본조정으로 처리했더라도 세무조정으로 손금에 넣을 수 있습니다. 이익과 손실을 모두 세무조정으로 맞춰야 신고가 정확해집니다.

임직원이 주식매수선택권을 행사해 회사가 자기주식을 넘겨주는 경우에는 특칙이 있습니다. 이때 양도금액은 실제 받은 행사가격이 아니라 행사 당시의 시가로 계산합니다. 행사가격이 시가보다 낮아도 익금은 시가 기준으로 잡히므로 손금 처리와 함께 검토해야 합니다.

합병으로 넘겨받은 자기주식을 팔면 합병차익 아닌가요?

아니요, 대법원은 합병차익이 아니라 익금이 되는 처분이익이라고 보았습니다. 대법원 2022. 6. 30. 선고 2018두54323 판결 사안입니다. 합병법인이 흡수합병한 회사가 갖고 있던 합병법인 주식을 넘겨받았다가 일부를 팔았습니다. 회사는 처분이익을 익금으로 신고했다가 자본거래라며 경정청구를 했고 세무서는 거부했습니다.

대법원은 이 주식이 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 한다고 했습니다. 그러나 합병 뒤 처분은 합병과 구별되는 후속거래여서 순수한 자본거래라고 보기 어렵다고 했습니다. 다른 사유로 취득한 자기주식을 팔아 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 않다는 이유입니다. 현행 시행령도 합병으로 취득한 자기주식을 괄호에 명시하고 있습니다.

적격합병으로 넘겨받았다면 양도차익 계산법이 다릅니다. 양도금액에서 합병등기일 당시 시가를 빼고, 합병 때 자산조정계정으로 계상한 금액을 더하거나 뺍니다. 결과적으로 피합병법인의 장부가액 기준으로 과세된다고 볼 수 있습니다.

자기주식을 소각하면 어떻게 되나요?

소각은 자본거래이므로 감자차익은 익금에 들어가지 않습니다. 법인세법은 자본감소액이 주식 소각에 든 금액을 넘는 감자차익을 익금불산입 항목으로 정하고 있습니다. 처분과 소각은 세무상 결론이 정반대이므로 어느 쪽인지가 중요합니다.

매입 단계에서부터 성격이 갈릴 수 있습니다. 대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두27091 판결은 주식 매도가 자산거래인지 자본거래인지를 계약서 형식만으로 정하지 않는다고 했습니다. 당사자의 의사, 계약 체결 경위, 대금 결정 방법, 거래 경과를 함께 보아야 한다고 했습니다.

이 사건에서 회사는 주주에게서 주식을 여러 번 나눠 사들이고 매입이 끝난 뒤 소각하기로 예정했습니다. 원심은 소각이 늦었다는 이유로 소각 목적을 부정했으나 대법원은 그 사정만으로는 부족하다며 파기했습니다. 소각 목적을 처음부터 이사회 결의와 계약서에 남겨 두어야 하는 이유입니다.

주식을 판 주주 쪽 세금도 이 구분을 따라갑니다. 소각을 위한 매입이라면 주주가 받은 대가 중 주식 취득가액을 넘는 부분은 의제배당이 됩니다. 이 경우 양도소득이 아니라 배당소득으로 과세되어 다른 금융소득과 합쳐 종합과세될 수 있습니다. 개정 상법에 따른 소각 의무와 예외는 「개정 상법에 따라 회사가 가진 자기주식은 언제까지 소각해야 하나요?」에서 다룹니다.

대표나 가족에게 자기주식을 싸게 넘기면 어떻게 되나요?

처분이익이 줄어든 만큼 다시 과세될 수 있습니다. 법인세법은 특수관계인과의 거래로 조세 부담을 부당하게 줄였다고 인정되면 그 거래와 관계없이 소득금액을 계산하도록 합니다. 이때 기준은 특수관계 없는 사람 사이의 정상적인 거래가격인 시가입니다.

예를 들어 장부가액 1만원인 자기주식 1만주를 시가 3만원이 아닌 1만원에 대표에게 넘겼다고 해 봅니다. 회사 장부상 처분이익은 없지만, 시가 기준으로는 2억원의 처분이익이 있었던 셈입니다. 세무서는 이 2억원을 익금에 더하고, 대표에게는 그만큼의 이익이 소득으로 처분될 수 있습니다.

비상장회사라면 시가를 어떻게 정할지부터 다툼이 생깁니다. 처분 전에 거래 사례나 평가 근거를 마련해 두는 것이 좋습니다. 시가 산정 방법은 「회사가 가진 자기주식을 사주 가족에게 팔 때 시가는 어떻게 계산하나요?」에서 더 자세히 다룹니다.

자기주식 처분손익 대응 순서

• 취득 목적 확인 - 자기주식을 처분용으로 샀는지, 소각용으로 샀는지 결의서와 계약서로 확인합니다.
• 처분가격 검토 - 특수관계인에게 처분한다면 시가와의 차이로 부당행위계산 문제가 없는지 봅니다.
• 장부가액 정리 - 합병이나 적격합병으로 취득한 주식은 취득가액과 자산조정계정을 따로 확인합니다.
• 세무조정 반영 - 회계상 자본으로 처리한 처분손익을 법인세 신고에서 익금이나 손금으로 조정합니다.
• 경정청구 검토 - 과거 신고에서 처분손익을 잘못 반영했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자기주식의 취득 경위와 처분 상대방에 따라 법인세 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 자기주식 거래의 법인세 검토와 경정청구, 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자기주식을 처분해 손실이 나면 손금으로 인정되나요?
  네, 처분 당시 장부가액보다 낮게 팔았다면 그 차이는 손금이 됩니다. 회계상 자본조정으로 처리했더라도 법인세 신고 때 세무조정으로 손금에 넣어야 합니다.
• 주식매수선택권 행사로 자기주식을 넘기면 익금은 얼마인가요?
  실제 받은 행사가격이 아니라 행사 당시의 시가로 양도금액을 계산합니다. 시가와 행사가격의 차이는 요건에 따라 손금 처리 여부를 따로 검토해야 합니다.
• 자기주식을 대표에게 싸게 팔면 어떻게 되나요?
  특수관계인에게 시가보다 낮게 처분하면 부당행위계산 부인으로 시가와의 차액이 익금에 더해질 수 있습니다. 대표에게는 그 차액이 소득으로 처분될 수 있습니다.
• 소각 목적으로 샀다가 소각하지 않고 팔면 어떻게 되나요?
  결국 처분한 것이므로 처분손익이 익금이나 손금이 됩니다. 소각 목적이었다는 사정은 매입 단계의 성격 판단에 영향을 줄 뿐 처분손익 과세를 막지 못합니다.
• 자기주식 소각으로 생긴 감자차손은 손금이 되나요?
  아니요, 법인세법은 자본 또는 출자의 환급을 손금에서 제외합니다. 자기주식 소각으로 생긴 감자차손은 자본의 환급이어서 손금이 되지 않는다고 볼 수 있습니다. 소각 대가가 시가와 다르면 주주 쪽 과세를 따로 검토해야 합니다.
• 처분이익을 자본거래로 보고 신고하지 않았다면 지금 고칠 수 있나요?
  법정신고기한 뒤라도 수정신고로 바로잡을 수 있고, 일찍 할수록 과소신고가산세 감면 폭이 큽니다. 2년 안에 하면 기간에 따라 90%에서 10%까지 감면됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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