세금

상대방만 우리 회사를 특수관계인으로 보면 부당행위계산 부인 대상인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 현행 법인세법에서는 대상이 됩니다. 법인세법 제2조 제12호는 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 정합니다. 그래서 상대방 기준에서만 특수관계가 성립해도 두 회사는 서로 특수관계인입니다. 우리 회사 기준 지분표만 보고 특수관계가 없다고 판단하면 안 됩니다.

네, 현행 법인세법에서는 대상이 됩니다. 법인세법 제2조 제12호는 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 정합니다. 그래서 상대방 기준에서만 특수관계가 성립해도 두 회사는 서로 특수관계인입니다. 우리 회사 기준 지분표만 보고 특수관계가 없다고 판단하면 안 됩니다.

예전에는 왜 특수관계가 아니라는 판결이 있었나요?

개정 전 시행령은 「법인과 다음 각 호의 관계에 있는 자」라고만 정했기 때문입니다. 대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결은 이 문언을 엄격하게 읽었습니다. 납세의무자인 법인을 기준으로 한 관계만 특수관계라고 보았습니다. 상대방을 기준으로 납세의무자가 각 호에 해당하는 경우까지 넓히는 것은 문언에 반한다고 했습니다.

그 사건에서 개인 주주 甲은 원고 회사 주식 48.57%와 상대 회사 주식 20%를 가지고 있었습니다. 원고 회사 기준으로 보면 자기 주주가 30% 이상 출자한 회사가 아니어서 상대 회사는 특수관계자가 아니었습니다. 상대 회사 기준으로 보면 자기 주주가 원고 회사 지분 30% 이상을 가져 관계가 성립했습니다. 대법원은 원고 회사 기준만 보아야 한다며 원심을 파기했습니다.

이 판결에는 대법관 4명의 반대의견이 있었습니다. 「관계」란 서로 관련을 맺는 것이므로 양쪽 어느 기준으로든 성립하면 된다는 취지였습니다. 입법은 이 반대의견 쪽으로 정리됐습니다.

지금은 언제부터 양쪽 기준으로 보나요?

2012. 2. 2. 개정된 법인세법 시행령 제87조 제1항이 쌍방 기준을 처음 명문화했습니다. 「본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다」는 문장이 그때 들어갔습니다. 그 뒤 특수관계인의 정의는 법인세법 제2조 제12호로 옮겨졌고, 같은 문장이 법률에 그대로 남아 있습니다.

따라서 지금 하는 거래는 두 방향 모두 확인해야 합니다. 우리 회사의 비소액주주, 임원, 그들이 지배하는 회사가 상대방이면 특수관계입니다. 상대 회사의 비소액주주나 임원이 우리 회사를 지배해도 특수관계입니다. 위 판결 사안을 지금 거래에 대입하면 두 회사는 특수관계인으로 볼 수 있습니다.

다만 2008두150 판결 사안처럼 개정 전에 이루어진 거래는 당시 법령을 따릅니다. 특수관계 여부는 행위 당시를 기준으로 판단하기 때문입니다.

중간에 제3자를 끼워도 결론은 같습니다. 법인세법 시행령 제88조 제2항은 특수관계인 외의 자를 통해 이루어진 거래도 특수관계인 간 거래에 포함합니다. 상대 회사 대신 그 회사와 무관해 보이는 거래처에 팔고, 그 거래처가 다시 넘기는 구조도 부인 대상이 될 수 있습니다.

상대방 기준으로 특수관계가 생기는 흔한 경우는 무엇인가요?

가장 흔한 것은 상대 회사의 대주주가 우리 회사의 경영에 지배적 영향력을 행사하는 경우입니다. 영리법인이면 30% 이상 출자하거나 임원 임면 등으로 사실상 영향력을 행사하는 경우가 지배적 영향력입니다. 우리 회사 쪽에서는 그 대주주가 소액주주라 별 관계가 없어 보여도 결론이 바뀝니다.

임원 겸임도 자주 문제 됩니다. 상대 회사 임원이 우리 회사 사업방침에 사실상 영향력을 행사하면 그 임원과 우리 회사가 특수관계입니다. 기업집단에 속한 회사라면 같은 기업집단의 다른 계열회사와 그 임원도 특수관계인입니다.

투자 펀드나 지주회사 구조에서는 단계가 길어져 놓치기 쉽습니다. 우리 회사에 30% 이상 출자한 법인에 다시 30% 이상 출자한 법인이나 개인도 특수관계인입니다. 지분도를 위아래로 그려 보아야 합니다. 개인 주주라면 그 친족이 가진 지분까지 함께 보아야 합니다.

특수관계를 놓치면 어떤 불이익이 생기나요?

부당행위계산 부인으로 시가와의 차액이 익금에 산입되고, 그 금액이 귀속자에게 소득처분됩니다. 상대방이 법인이면 기타 사외유출로 끝나지만, 상대 회사 임원이나 주주 개인이 이익을 받았다면 상여나 배당이 됩니다. 이때 회사는 원천징수의무까지 지게 됩니다.

가산세도 붙습니다. 덜 낸 법인세에 과소신고가산세가 원칙적으로 10% 붙습니다. 납부기한 다음 날부터 실제 낼 때까지 하루 10만분의 22의 납부지연가산세도 쌓입니다. 거래 뒤 몇 년이 지나 세무조사에서 드러나면 납부지연가산세만으로도 상당한 금액이 됩니다.

세무서가 거슬러 올라갈 수 있는 기간은 법인세를 부과할 수 있는 날부터 원칙적으로 5년입니다. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세를 포탈했다면 10년이고, 그에 따라 소득처분된 금액의 소득세도 같습니다.

특수관계를 몰랐다는 사정은 부인 요건을 바꾸지 못합니다. 조세회피 의도가 요건이 아니기 때문입니다. 대신 특수관계 자체가 성립하지 않는다는 주장은 강력한 방어 수단입니다. 각 호의 요건 가운데 하나라도 빠지면 거래가격이 시가와 달라도 부당행위계산 부인은 적용되지 않습니다.

특수관계 대응 순서

• 지분도 작성 - 우리 회사와 상대 회사의 주주, 임원, 그 친족과 지배 법인을 한 장에 그립니다.
• 양방향 대조 - 우리 회사 기준과 상대 회사 기준으로 시행령 제2조 제8항 각 호를 따로 대조합니다.
• 시점 고정 - 계약일, 이사회 결의일, 대금 지급일 각각의 지분 관계를 기록합니다.
• 시가 확인 - 특수관계가 성립하면 시가와의 차이가 3억원 또는 5% 이상인지 계산합니다.
• 명세서 반영 - 사업연도 신고 때 특수관계인 거래 명세서에 그 거래를 빠짐없이 적습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래 당시의 지분 구조와 임원 구성에 따라 특수관계 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열·관계회사 거래의 특수관계 판정과 부당행위계산 부인 다툼을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1% 미만 소액주주도 특수관계인이 될 수 있나요?
  소액주주라는 이유만으로는 특수관계인이 아닙니다. 그러나 그 사람이 임원이거나 경영에 사실상 영향력을 행사하면 다른 호에 따라 특수관계인이 됩니다. 소액주주 여부와 다른 지위를 함께 보아야 합니다.
• 회사끼리 직접 지분이 없어도 특수관계가 되나요?
  네, 될 수 있습니다. 같은 사람이 두 회사의 경영에 지배적 영향력을 행사하면 그 사람을 통해 두 회사가 특수관계가 됩니다. 같은 기업집단 계열회사도 직접 지분과 관계없이 특수관계입니다.
• 지배적 영향력은 지분 30%만 보면 되나요?
  아니요, 30% 미만이어도 임원 임면권 행사나 사업방침 결정으로 사실상 영향력을 행사하면 해당합니다. 반대로 30% 이상 출자하면 그 자체로 지배적 영향력으로 봅니다.
• 거래 뒤에 지분이 바뀌어 특수관계가 생기면 어떻게 되나요?
  원칙적으로 그 거래는 부당행위계산 부인 대상이 아닙니다. 행위 당시를 기준으로 판단하기 때문입니다. 다만 계약과 대금 지급이 나뉘면 어느 시점을 행위로 볼지 다툼이 생길 수 있습니다.
• 합병비율의 특수관계는 언제를 기준으로 보나요?
  불공정 합병 유형은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 기간으로 판단합니다. 그 기간 중 한때라도 특수관계가 있었는지 확인해야 합니다.
• 특수관계 판단은 증여세와 법인세가 같나요?
  아니요, 세목마다 범위가 다릅니다. 법인세는 법인세법 시행령 제2조 제8항을 따르고, 증여세는 상속세 및 증여세법 시행령의 기준을 따릅니다. 같은 거래라도 세목별로 따로 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 동생의 사실혼 배우자에게 집 지분을 팔면 특수관계인 거래인가요?
• 동생이 대주주인 회사에 부동산을 싸게 팔면 양도세 부당행위계산 대상인가요?
• 회사가 대표 대신 풋옵션 주식을 비싸게 사면 부당행위계산 부인 대상인가요?
• 회사에 주식을 계약일 시가로 팔았는데 잔금 때 값이 오르면 부당행위인가요?
• 주주에게 빌린 후순위 차입금 이자율이 높으면 부당행위계산 부인되나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기