감면·공제

농지를 해를 나눠 두 번에 팔면 자경 감면 한도를 두 번 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 같은 매수인에게 한 필지를 지분으로 나눠 해를 달리해 팔아도 하나의 거래로 보면 자경농지 감면 한도 1억원은 한 번만 적용됩니다. 2024년 1월 1일 이후 양도분은 조세특례제한법 제133조 제3항이 2년 안의 같은 사람 양도를 1개 과세기간으로 보고, 그 전 거래는 실질과세 원칙으로 판단합니다. 지금은 각 지분을 판 날과 잔금이 실제로 들어온 날부터 확인하십시오.

같은 사람에게 땅을 두 번에 나눠 팔았다고 해서 모두 하나의 거래로 묶이는 것은 아닙니다. 언제 팔았는지, 매수인이 처음부터 전체를 사려 했는지를 함께 봅니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 2013년 6억원에 산 밭을 9년 넘게 직접 경작했습니다. 2022년 11월 인근 창고 부지를 찾던 사업자 한 사람에게 밭 전체를 14억원에 팔기로 하면서, 같은 날 지분 2분의 1씩 계약서 두 장을 쓰고 잔금일을 2022년 12월과 2023년 3월로 나누어 적었습니다. 해마다 자경농지 감면 1억원씩을 적용해 신고했는데, 2025년 세무조사에서 세무서는 같은 날 쓴 두 계약서와 실제 대금 흐름을 근거로 하나의 거래로 보았습니다. 다시 계산한 세액은 처음 신고한 약 3천만원보다 약 1억 2천만원 많은 약 1억 5천만원이었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

한 필지를 해를 나눠 팔면 감면 한도를 두 번 받을 수 있나요?

아니요, 같은 매수인에게 한 필지를 지분으로 나눠 해를 달리해 팔더라도 하나의 거래로 보면 감면 한도는 한 번만 적용됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 2024. 1. 1. 이후 양도분부터 이런 거래를 1개 과세기간에 모두 이루어진 것으로 본다고 명시하고 있습니다.

자경농지 감면은 양도소득세의 100분의 100을 감면하지만 한 과세기간 1억원, 5개 과세기간 2억원이 한도입니다. 해를 나누어 파는 방식은 이 과세기간별 1억원 한도를 두 번 쓰려는 것이어서 세무서가 집중해서 보는 거래 유형입니다.

2024년부터는 무엇이 바뀌었나요?

2024. 1. 1. 이후 토지의 지분이나 일부를 양도한 경우에는 사정을 따지지 않고, 지분을 판 날부터 2년 안에 나머지를 같은 사람이나 그 배우자에게 팔면 법에 따라 같은 과세기간의 양도로 봅니다. 토지를 분할한 날부터 1년 안에 그 일부를 판 경우도 같습니다.

이 조항은 2023. 12. 31. 이전에 이루어진 양도를 1개 과세기간으로 묶는 계산에 넣지 않습니다. 그래서 F씨처럼 2022년과 2023년에 나눠 판 거래에는 이 조항이 아니라 실질과세 원칙이 적용됩니다.

2023년 이전 거래는 어떤 기준으로 하나의 거래로 보나요?

2023년 이전 거래는 둘 이상의 거래를 거쳐 세법의 혜택을 부당하게 받은 것으로 인정되면 경제적 실질에 따라 하나의 거래로 봅니다. 계약 체결 경위와 목적, 당사자 의사, 대금 지급과 이전등기의 실제 흐름이 판단 자료입니다.

법원도 조세부담을 줄이려는 것 외에 특별한 사정 없이 같은 매수인에게 과세기간별로 지분을 나누어 토지를 판 거래는 실질적으로 하나의 거래로 보아야 한다고 판단했습니다(전주지방법원 2024. 6. 13. 선고 2023구합11044 판결). 이 사건에서는 같은 날 매매계약서 두 장을 작성한 사정이 중요하게 다뤄졌습니다.

• 하나의 거래로 보는 정황 - 같은 날 작성한 계약서, 잔금 일괄 입금, 매수인의 분할 의사 부재 진술
• 별개 거래로 볼 정황 - 다른 시기의 별도 협상, 매수인의 자금 사정 등 분할 사유, 지분별 다른 가격 조건

하나의 거래로 보면 세금은 어떻게 다시 계산되나요?

하나의 거래로 보면 양도시기는 전체 거래가 끝난 때, 대개 마지막 잔금을 받은 날로 정해지고 그 과세기간에 감면 한도 1억원만 적용됩니다. 첫 번째 지분에서 받은 감면은 취소되고 두 지분의 양도소득을 합쳐 다시 계산합니다.

세액이 늘어나는 만큼 과소신고가산세와 납부지연가산세도 붙습니다. 위 판결은 계약서를 나눈 경위를 볼 때 가산세를 면할 정당한 사유도 없다고 보았습니다.

결정 통지를 받았다면 무엇을 다툴 수 있나요?

두 거래가 실제로 별개였다는 사정을 보여 줄 수 있다면 과세전적부심사나 심판청구로 다툴 수 있습니다. 두 번째 계약을 나중에 따로 협상했다는 문자·이메일, 매수인이 자금 사정으로 나눠 사야 했다는 대출 자료, 지분별로 다른 가격과 조건이 대표적인 자료입니다.

반대로 계약서를 같은 날 썼고 잔금도 한 번에 받았다면 별개 거래를 주장하기 어렵습니다. 이때는 세액 계산이 정확한지, 경작 기간과 다른 감면 요건이 그대로 인정되는지를 중심으로 확인하는 편이 현실적입니다.

토지 분할 양도 감면 대응 순서

• 거래 시점 확인 - 지분이나 분할 토지를 판 날이 2024. 1. 1. 이후인지 먼저 봅니다. 이후라면 2년 안의 같은 사람 양도는 법에 따라 합쳐집니다.
• 거래 경위 자료 수집 - 계약서 작성일, 협상 기록, 잔금 입금일, 매수인 자금 사정 자료를 시간순으로 모읍니다.
• 세액 재계산 - 하나의 거래로 볼 때의 세액을 계산해 보고, 차이가 크면 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 수정신고할지 검토합니다.
• 고지 전 다툼 - 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사청구서를 냅니다.
• 고지 후 불복 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판청구서를 냅니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매수인이 서로 다르거나 분할에 개발 계획 같은 별도 사정이 있었다면 계약 경위를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 감면 한도와 실질과세를 둘러싼 양도소득세 과세전적부심사와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 매수인이 서로 다르면 나눠 팔아도 되나요?
  2024. 1. 1. 이후 합산 규정은 같은 사람이나 그 배우자에게 판 경우에 적용되므로, 서로 관계없는 다른 매수인에게 판 거래는 원칙적으로 해당하지 않습니다. 다만 명의만 다른 사람을 내세운 것이라면 실질과세로 묶일 수 있습니다.
• 2년이 지난 뒤 나머지를 팔면 어떻게 되나요?
  첫 번째 지분을 판 날부터 2년이 지난 뒤 나머지를 팔면 같은 사람에게 팔더라도 합산 규정은 적용되지 않습니다. 다만 처음부터 전체를 팔기로 하고 이행만 늦춘 것이라면 실질과세로 하나의 거래가 될 수 있습니다.
• 땅을 분할한 뒤 일부만 팔면요?
  토지를 분할한 날부터 1년 안에 그 일부를 팔고, 다시 2년 안에 나머지를 같은 사람이나 배우자에게 팔면 1개 과세기간에 모두 판 것으로 봅니다. 분할 등기일과 각 양도일을 함께 확인해야 합니다.
• 5년 동안 2억원 한도는 그대로인가요?
  네, 자경농지 감면은 한 과세기간 1억원과 함께 5개 과세기간 합계 2억원 한도가 있습니다. 해를 나누는 방식이 인정되더라도 5개 과세기간 합계가 2억원을 넘는 부분은 감면되지 않습니다.
• 하나의 거래로 보면 양도시기는 언제인가요?
  하나의 거래로 인정되면 각 부분의 이행 시기가 아니라 거래 전체가 끝난 때를 기준으로 양도시기를 판단합니다. 보통 마지막 잔금을 받은 날이 되어 그 과세기간에 소득이 모두 귀속됩니다.
• 가산세는 면제받을 수 없나요?
  계약서를 나눈 것이 납세자 요청 때문이었다면 가산세를 면할 정당한 사유를 인정받기 어렵다는 것이 법원 판단입니다. 세무대리인의 잘못된 안내 같은 사정이 있었다면 자료를 남겨 따로 주장해 볼 수 있습니다.
• 결정 통지에 동의하지 않으면 어디에 다투나요?
  세무조사 결과 통지를 받았다면 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구하고, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 합니다. 이의신청은 거치지 않아도 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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