양도소득세

장기일반임대를 10년 전에 말소하면 받은 거주주택 비과세가 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 2020년 8월 18일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 주택은 10년 임대를 마치기 전에 등록이 말소되면 이미 받은 거주주택 비과세가 추징됩니다. 말소돼도 임대기간을 채운 것으로 보는 특례는 법 개정 전 등록한 단기임대와 아파트 장기임대에만 적용됩니다. 지금은 말소 신청 전에 등록 신청일과 유형부터 확인하십시오.

등록 말소를 이미 신청했다고 해서 바로 세무서에 연락하거나 추징을 각오할 필요는 없습니다. 말소된 주택의 등록 시점과 유형부터 확인하면 추징 대상인지 가려집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 다세대주택 한 채를 사서 구청과 세무서에 장기일반민간임대주택으로 등록하고, 2023년 2년 넘게 살던 아파트를 거주주택 비과세 특례로 팔았습니다. 2026년 들어 임대 관리가 부담스러워 등록을 말소하고 다세대주택을 정리하려 하자, 세무서에서 받은 비과세 약 1억원이 추징될 수 있다는 말을 들었습니다. A씨는 예전에 단기임대를 말소한 지인은 추징되지 않았는데 왜 자신은 다른지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

10년을 채우기 전에 등록을 말소하면 비과세가 추징되나요?

네, 2020. 8. 18. 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 주택은 10년 임대를 마치기 전에 등록이 말소되면 이미 받은 거주주택 비과세가 추징됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 먼저 팔 수 있게 하되, 이후 요건을 채우지 못하면 차액을 신고·납부하도록 정합니다.

이 주택의 임대기간 요건은 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 임대하는 것입니다. 임대기간은 사업자등록과 임대주택 등록을 하고 임대한 날부터 세므로, 10년이 되는 날을 등록증의 임대개시일로 계산해 두어야 합니다.

현행 「민간임대주택에 관한 특별법」상 비아파트 장기일반민간임대주택은 임대의무기간 중 자진말소 신청 대상도 아닙니다. 의무기간 중 양도나 임대 외 사용으로 등록이 말소되면 세법상 추징과 별도로 과태료 문제도 생길 수 있습니다.

예전 단기임대나 아파트 임대는 왜 말소해도 추징되지 않나요?

등록이 말소되어도 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보는 특례는 2020. 8. 18. 법 개정 전에 등록한 종전 단기민간임대주택과 아파트 장기일반민간임대주택에만 적용됩니다. 이 주택들은 법 개정으로 자동말소되거나 2분의 1 이상 임대 후 자진말소할 수 있게 된 것이어서, 세법이 납세자 책임이 아닌 말소로 보아 보호합니다.

반면 2020. 8. 18. 이후 비아파트 장기일반민간임대주택으로 등록한 주택은 처음부터 10년 임대를 약속하고 등록한 것이라 이런 보호가 없습니다. A씨의 지인과 A씨의 결론이 다른 이유가 여기에 있습니다.

추징되면 얼마를 언제까지 내야 하나요?

추징세액은 거주주택을 팔 때 특례가 없었다면 냈을 세액에서 실제로 낸 세액을 뺀 금액입니다. 거주주택을 비과세로 신고해 0원을 냈다면 특례 없이 계산한 양도소득세 전액이 됩니다.

A씨의 경우 등록이 말소된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 약 1억원을 신고·납부해야 하는 구조입니다. 기한을 넘기면 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 붙고, 세무서가 결정해 납부고지서를 보내게 됩니다.

말소 말고도 추징되는 경우가 있나요?

등록 말소 외에도 임대주택이 6개월 넘게 비거나 임대료를 100분의 5를 넘게 올리면 추징 사유가 됩니다. 반대로 수용, 재건축·재개발처럼 법이 정한 사유로 임대하지 못한 기간은 추징 판단에서 빼 줍니다.

• 임대하지 않은 기간 6개월 초과 - 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 추징 사유
• 임대료 증가율 - 직전 임대료 대비 100분의 5 초과 증액 시 요건 미충족
• 수용 등 부득이한 사유 - 계속 임대한 것으로 봄
• 재건축·재개발 - 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 임대하지 않은 기간에서 제외
• 상속 - 임대사업자가 사망해 상속된 경우 등 부득이한 사유에 해당하는지 별도 검토

장기일반임대 말소 추징 대응 순서

• 등록 시점·유형 확인 - 임대사업자 등록증에서 등록 신청일과 유형(장기일반, 단기, 아파트 여부)을 확인합니다. 2020. 8. 18. 이후 비아파트 장기일반이면 말소 전에 멈추고 검토합니다.
• 말소 전 세액 비교 - 남은 임대기간을 채우는 경우와 지금 말소해 추징되는 경우의 세액을 비교합니다.
• 추징 시 기한 내 신고 - 사유 발생 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 신고·납부합니다.
• 부득이한 사유 소명 - 수용, 재건축, 상속 등이 원인이면 관련 서류로 계속 임대한 것으로 보아야 한다고 소명합니다. 세무조사 결과 통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.
• 고지 후 불복 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 말소 사유가 지자체 직권 말소이거나 등록 유형이 바뀐 이력이 있으면 구청 등록대장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 추징 사안의 소명, 과세전적부심사, 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 장기일반임대도 자진말소를 신청할 수 있나요?
  임대의무기간 중 자진말소는 종전 단기민간임대주택과 아파트 장기일반민간임대주택에만 허용됩니다. 2020. 8. 18. 이후 등록한 비아파트 장기일반민간임대주택은 의무기간 중 자진말소 신청 대상이 아닙니다.
• 10년은 언제부터 세나요?
  세무서 사업자등록과 구청 임대주택 등록을 모두 하고 실제로 임대한 날부터 셉니다. 두 등록일이 다르면 늦은 날 이후 임대한 날이 기준이 되므로 등록증과 임대차계약서를 함께 확인하십시오.
• 추징되면 가산세도 붙나요?
  사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부하면 가산세가 붙지 않습니다. 이 기한을 넘기면 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 붙으므로 기한 후 신고라도 서두르는 편이 부담을 줄입니다.
• 임대사업자가 사망하면 추징되나요?
  상속처럼 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유로 임대기간 요건을 채우지 못한 때에는 계속 임대한 것으로 봅니다. 상속인이 임대를 이어가지 않더라도 추징하지 않는 사유에 해당하는지 시행규칙 기준으로 확인해야 합니다.
• 재건축으로 임대를 못 하면 어떻게 되나요?
  재건축·재개발로 임대하지 못한 기간은 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 임대하지 않은 기간 계산에서 뺍니다. 관리처분계획 인가서와 준공 서류를 보관해 두십시오.
• 이미 추징세액을 냈는데 다툴 수 있나요?
  스스로 신고·납부한 뒤 부득이한 사유에 해당했다고 판단되면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서 결정으로 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 말소 대신 다른 임대사업자에게 팔면요?
  임대의무기간 중 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 민간임대주택법상 요건과 세법상 임대기간 승계 여부를 따로 따져야 합니다. 거래 전에 매수인의 등록 승계와 임대기간 계산을 확인하십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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