세금

외국 거래처에서 받은 제한세율 적용신청서, 2026년부터 세무서에도 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 외국법인이나 비거주자에게 조세조약상 제한세율로 원천징수한 회사는 받은 신청서 등을 세무서에도 내야 합니다. 기한은 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일입니다. 외국법인과 비거주자 모두 2026. 1. 1. 이후 제한세율 적용을 신청한 경우부터 적용됩니다.

네, 외국법인이나 비거주자에게 조세조약상 제한세율로 원천징수한 회사는 받은 신청서 등을 세무서에도 내야 합니다. 기한은 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일입니다. 외국법인과 비거주자 모두 2026. 1. 1. 이후 제한세율 적용을 신청한 경우부터 적용됩니다.

2026년부터 무엇이 새로 생겼나요?

국내 회사가 외국법인에 배당, 이자, 사용료를 지급하면 원천징수를 합니다. 조세조약에 낮은 세율이 있으면 그 제한세율로 뗄 수 있습니다. 이때 실제 소득이 귀속되는 외국법인은 제한세율 적용신청서와 실질귀속자 증명서류를 원천징수의무자에게 냅니다. 여기까지는 종전과 같습니다.

2025. 12. 23. 개정으로 원천징수의무자의 의무가 하나 더 생겼습니다. 제출받은 신청서 등을 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 납세지 관할 세무서장에게 내야 합니다. 비거주자 개인에게 지급하는 경우도 소득세법에 같은 내용이 신설됐습니다.

종전에는 신청서를 회사가 보관하면 됐고, 세무서는 세무조사 때 이를 확인했습니다. 이제는 매년 신청서가 과세관청에 모이므로 실질귀속자 판단이 더 일찍 검증될 수 있습니다. 2026년에 지급한 분이라면 2027년 2월 말이 첫 제출 기한입니다.

적용 시점은 법인세법과 소득세법 부칙이 같게 정했습니다. 두 법 모두 2026. 1. 1. 이후 제한세율 적용을 신청하는 경우부터 적용됩니다. 종전에 받아 둔 신청서로 2026년에 계속 지급한다면 그 신청 시점을 확인해 두어야 합니다.

회사가 휴업하거나 폐업하면 기한이 앞당겨집니다. 소득세법은 이때 휴업일이나 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 내도록 정했습니다. 2026. 8. 10. 폐업했다면 2026. 10. 31.까지입니다.

신청서를 받지 못하면 원천징수는 어떻게 하나요?

원천징수의무자는 신청서나 증명서류가 미비하면 보완을 요구할 수 있습니다. 끝내 내지 않거나 실질귀속자를 알 수 없으면 제한세율을 적용하지 않습니다. 이때는 법인세법이 정한 국내 원천징수세율로 떼어야 합니다.

신청서 없이 제한세율로 뗐다가 나중에 실질귀속자가 다르게 확인되면 부족한 세액은 원천징수의무자가 낼 수 있습니다. 배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 따로 있었던 사건은 「배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 있는 줄 몰랐어도 원천징수 책임을 지나요?」에서 다뤘습니다.

국외투자기구를 거쳐 지급하는 경우에는 국외투자기구가 실질귀속자의 신청서를 모아 국외투자기구 신고서와 함께 냅니다. 국외투자기구 자체가 실질귀속자라면 신고서를 함께 붙입니다. 펀드 구조가 여러 단계면 서류가 빠지기 쉽습니다.

원천징수의무자 입장에서는 지급 전에 서류를 받는 것이 가장 안전합니다. 지급 후에 서류를 받으면 이미 뗀 국내 세율과의 차액을 경정청구로 돌려주는 절차를 다시 밟아야 합니다. 계약서에 서류 제출 시기와 미제출 시 처리 방법을 적어 두면 분쟁을 줄일 수 있습니다.

제한세율을 못 받았다면 나중에 돌려받을 수 있나요?

네, 경정청구를 할 수 있습니다. 서류를 늦게 갖춰 국내 세율로 원천징수됐거나 제한세율이 잘못 적용된 경우입니다. 실질귀속자나 원천징수의무자가 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 청구합니다.

후발적 사유가 생겼다면 그 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월 안에 청구할 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 안에 결과를 알려야 합니다. 경정청구 때에도 실질귀속자를 증명하는 서류가 핵심입니다.

경정청구에서 자주 문제 되는 것은 거주자증명서의 기준 시점입니다. 지급 당시 그 나라 거주자였는지를 보여야 하므로 나중에 발급받은 서류만으로는 부족할 수 있습니다. 지급 연도와 맞는 증명서를 확보해 두는 것이 좋습니다.

신청서를 세무서에 내기 전에 무엇을 확인해야 하나요?

가장 먼저 볼 것은 신청서에 적힌 실질귀속자가 실제 소득의 주인인지입니다. 제한세율은 조약 상대국 거주자인 실질귀속자에게만 적용됩니다. 중간에 낀 회사가 소득을 그대로 넘기는 통로에 불과하다면 그 회사 기준의 제한세율은 인정되지 않을 수 있습니다.

다음은 지급 내역과 신청서가 맞는지입니다. 소득 종류, 지급 금액, 적용한 세율이 신청서 내용과 같아야 합니다. 같은 외국법인이라도 배당과 사용료는 조약상 세율이 다르므로 소득별로 나눠 대조해야 합니다.

마지막으로 국외투자기구 구조라면 투자자 명단과 지분 비율을 확인합니다. 세무서에 낸 서류는 나중에 세무조사에서 그대로 비교 자료가 됩니다. 제출 전에 빠진 서류를 보완하는 편이 사후에 다투는 것보다 부담이 적습니다.

제한세율 신청서 제출 대응 순서

• 지급 대상 정리 - 제한세율로 원천징수한 외국법인과 비거주자 지급 내역을 연도별로 모읍니다.
• 신청 시점 확인 - 각 신청서를 받은 날이 2026. 1. 1. 이후인지 확인합니다.
• 서류 보완 - 신청서와 실질귀속자 증명서류, 국외투자기구 신고서가 빠짐없는지 점검합니다.
• 세무서 제출 - 다음 연도 2월 말일까지 관할 세무서장에게 냅니다.
• 경정청구 검토 - 국내 세율로 뗀 지급분이 있으면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지급 구조와 실질귀속자 증명 상태에 따라 원천징수 책임과 환급 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국외 지급 원천징수와 조세조약 적용 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2026년에 지급했다면 언제까지 세무서에 내야 하나요?
  지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지가 기한입니다. 2026년에 지급했다면 2027년 2월 말일까지 납세지 관할 세무서장에게 내야 합니다.
• 2025년에 받은 신청서로 2026년에 지급해도 제출 대상인가요?
  법인세법과 소득세법 부칙은 모두 2026. 1. 1. 이후 제한세율 적용을 신청한 경우부터 적용한다고 정했습니다. 종전 신청서로 지급한 경우는 신청 시점과 갱신 여부를 따로 확인해야 합니다.
• 외국법인이 신청서를 끝내 안 보내면 어떻게 하나요?
  원천징수의무자는 보완을 요구할 수 있고, 그래도 내지 않으면 제한세율이 아닌 국내 원천징수세율로 떼어야 합니다. 서류가 없는데 낮은 세율로 떼면 부족액 책임이 생길 수 있습니다.
• 외국 개인에게 사용료를 지급하는 경우도 같은가요?
  네, 비거주자 개인에게 지급하는 경우는 소득세법이 같은 절차를 정합니다. 제한세율 적용신청서를 받아 다음 연도 2월 말일까지 세무서에 내야 합니다.
• 국내 세율로 뗀 세금을 외국법인이 직접 돌려받을 수 있나요?
  네, 실질귀속자인 외국법인도 경정청구를 할 수 있습니다. 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 실질귀속자 증명서류를 갖춰 청구합니다.
• 펀드를 거쳐 배당하면 누가 서류를 모으나요?
  국외투자기구를 거쳐 지급하면 국외투자기구가 실질귀속자들의 신청서를 받아 국외투자기구 신고서와 함께 원천징수의무자에게 냅니다. 원천징수의무자는 이를 세무서에 제출합니다.
• 원천징수한 회사가 폐업하면 언제까지 내야 하나요?
  비거주자 지급분은 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 내야 합니다. 휴업한 경우도 휴업일 기준으로 같습니다. 다음 연도 2월 말일까지 기다리면 늦을 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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