불복·환급

과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 과세전적부심사 기회를 주지 않아 취소된 세금도 부과제척기간 안이라면 절차를 보완해 같은 내용으로 다시 부과할 수 있습니다. 대법원 2026두30542 판결은 이런 재처분을 원칙적으로 허용하면서, 조사 결과 통지기한을 넘긴 재통지도 납세자가 실제로 방어 기회를 얻었다면 위법하지 않다고 보았습니다. 지금은 조사 종료일과 통지일, 신고 여부에 따른 부과제척기간부터 확인하십시오.

과세전적부심사 결과가 집으로 송달될 때까지 세무서가 고지를 미뤄야 하는 것은 아닙니다. 유보 기한은 결정이 내려진 때까지입니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2019년 하반기에 지은 오피스텔을 분양하면서 면세 대상이라고 보고 부가가치세를 신고하지 않았습니다. 2025년 5월 지방국세청 세무조사가 끝난 직후 세무서는 과세전적부심사를 청구할 기회를 주지 않고 부가가치세 8억 원을 고지했고, E씨의 이의신청이 받아들여져 2025년 11월 이 고지는 취소됐습니다. 그런데 지방국세청은 2026년 3월 같은 조사 결과를 다시 통지했고, E씨가 낸 과세전적부심사가 2026년 5월 불채택되자 세무서는 같은 금액을 다시 고지했습니다. E씨는 이미 취소된 세금을 또 부과하는 것이 허용되는지, 조사 결과 통지도 한참 늦었는데 위법이 아닌지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세전적부심사 기회 없이 나온 세금은 무효인가요?

원칙적으로 무효입니다. 세무조사 결과 통지 뒤 과세전적부심사 청구나 그 결정이 있기도 전에 한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 하자가 중대하고 명백합니다. 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결이 이 원칙을 세웠고, 납부기한 전 징수 사유나 조세범 처벌법 위반 고발처럼 법이 정한 예외가 있을 때만 달라집니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」에서도 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 사람은 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하만 남은 경우 등에는 이 절차가 적용되지 않습니다.

취소된 세금을 같은 내용으로 다시 부과할 수 있나요?

부과제척기간이 남아 있으면 다시 부과할 수 있습니다. 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결은 과세전적부심사 기회를 주지 않은 절차 하자로 당초 처분이 취소됐더라도, 과세관청이 그 하자를 보완해 종전과 같은 내용의 재처분을 하는 것은 원칙적으로 허용된다고 보았습니다. 일률적으로 재처분을 막으면 다른 납세자와의 형평에 어긋난다는 이유입니다.

그래서 먼저 볼 것은 부과제척기간입니다. 국세는 원칙적으로 5년이지만, 신고서를 아예 내지 않았다면 7년입니다. 판결 사안도 2016년 공급분을 신고하지 않은 경우라 2024년 초 재처분이 기간 안에 이루어졌습니다.

세무조사 결과 통지가 늦으면 과세가 위법해지나요?

원칙적으로 위법해집니다. 세무공무원은 조사를 마친 날부터 20일 안에, 공시송달 사유가 있으면 40일 안에 조사 결과를 설명하고 서면으로 통지해야 합니다. 2026두30542 판결은 법이 정한 예외가 아닌데 이 기한을 넘겨 통지했다면 특별한 사정이 없는 한 그 조사에 따른 과세처분은 위법하다고 처음으로 밝혔습니다.

다만 이 사건에서는 특별한 사정이 인정됐습니다. 재통지는 납세자에게 과세전적부심사 기회를 주려는 것이었고, 납세자가 실제로 과세전적부심사를 청구해 의견을 냈습니다. 대법원은 통지기한을 넘긴 사정만으로 재처분을 다시 취소하고 과세예고부터 새로 하게 할 정도는 아니라고 보았습니다.

과세전적부심사 결과를 받기 전에 고지해도 되나요?

결정이 내려진 뒤라면 결과가 송달되기 전에 고지해도 위법하지 않습니다. 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장 등은 결정이 있을 때까지만 과세표준과 세액의 결정을 유보하면 되고, 결정이 통지되거나 송달될 때까지 기다려야 하는 것은 아닙니다. 2026두30542 판결은 법령이 「결정」과 「통지」를 구별해 쓴다는 점을 근거로 들었습니다.

과세전적부심사 누락 재처분 대응 순서

• 통지일 정리 - 조사 종료일, 결과 통지일, 고지일을 날짜순으로 적습니다. 20일 통지기한과 과세전적부심사 기회 부여 여부가 여기서 드러납니다.
• 부과제척기간 계산 - 신고 여부에 따라 5년 또는 7년이 지났는지 셉니다. 기간이 지났다면 재처분 자체가 막힙니다.
• 당초 처분 불복 - 과세전적부심사 기회 없는 고지는 이의신청이나 심판청구로 취소를 구합니다. 무효 주장도 함께 검토합니다.
• 재통지 대응 - 재통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 실체 주장을 냅니다. 이 단계가 고지 전 마지막 의견 제출 기회입니다.
• 재처분 불복 - 재고지 후 90일 안에 심판청구 등을 내고 본세 실체를 다툽니다. 절차 하자만으로는 재처분을 막기 어렵습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사 결정이나 조세범칙 고발이 섞여 있으면 과세전적부심사 적용 여부와 기한이 달라지므로 통지서와 결정서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 결과 통지 단계의 과세전적부심사와 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세전적부심사는 언제까지 청구하나요?
  세무조사 결과에 대한 서면통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구합니다. 국세청장의 유권해석 변경이 필요한 경우 등은 국세청장에게 청구할 수 있습니다. 청구를 받은 쪽은 국세심사위원회 심사를 거쳐 30일 안에 결과를 통지해야 합니다.
• 과세전적부심사 전에 고지하면 무효인가요?
  원칙적으로 무효입니다. 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결은 법이 정한 예외 사유가 없는데 과세전적부심사 청구나 결정이 있기도 전에 과세처분을 하면 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 하자가 중대하고 명백해 무효라고 보았습니다.
• 과세전적부심사를 할 수 없는 경우도 있나요?
  있습니다. 국세기본법 제81조의15 제3항은 납부기한 전 징수 사유나 수시부과 사유가 있는 경우, 조세범 처벌법 위반으로 고발·통고처분하는 경우, 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 등에는 과세전적부심사를 적용하지 않는다고 정합니다.
• 취소된 세금을 다시 부과하는 것이 허용되나요?
  부과제척기간 안이라면 허용됩니다. 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결은 과세전적부심사 기회를 주지 않은 하자로 당초 처분이 취소된 경우, 과세관청이 그 하자를 보완해 같은 내용으로 재처분하는 것은 원칙적으로 허용된다고 보았습니다. 부과제척기간이 지나 과세권을 행사할 수 없으면 재처분도 할 수 없습니다.
• 세무조사 결과는 언제까지 통지해야 하나요?
  조사를 마친 날부터 20일 안에 설명하고 서면으로 통지해야 하고, 공시송달 사유가 있으면 40일입니다. 국외자료 수집이나 질의 절차가 진행 중이면 납세자가 동의하는 경우에 한해 일부만 먼저 통지할 수 있습니다. 납세관리인 없이 국내에 주소를 두지 않은 경우 등은 통지 예외입니다.
• 통지기한을 넘기면 과세가 무조건 위법인가요?
  원칙은 위법이지만 예외가 있습니다. 2026두30542 판결은 법정 예외 사유가 아닌데 통지기한을 넘겨 통지했다면 특별한 사정이 없는 한 그 조사에 기한 과세처분은 위법하다고 보았습니다. 다만 재통지가 과세전적부심사 기회를 주기 위한 것이고 납세자가 실제로 청구한 경우는 용인할 특별한 사정이 있다고 보았습니다.
• 적부심 결정서를 받기 전에 고지해도 되나요?
  결정이 이미 내려졌다면 위법하지 않습니다. 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 과세전적부심사 결정이 있을 때까지 결정·경정을 유보하도록 정할 뿐입니다. 2026두30542 판결은 유보 시한이 결정 시점까지이고 결정이 현실적으로 통지·송달될 때까지는 아니라고 보았습니다.
• 과세전적부심사 대신 바로 고지받을 수도 있나요?
  있습니다. 국세기본법 제81조의15 제8항에 따라 통지를 받은 사람은 과세전적부심사를 청구하지 않고 통지 내용의 전부나 일부에 대해 조기 결정을 신청할 수 있고, 세무서장은 신청받은 대로 즉시 결정해야 합니다. 납부지연가산세가 늘어나는 것을 막으려는 경우에 씁니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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