세금

전자세금계산서 의무사업자가 종이 세금계산서를 발급하면 가산세가 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 전자세금계산서 의무사업자가 종이 세금계산서를 발급하면 공급가액의 1% 가산세가 붙습니다. 매입자는 가산세 없이 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 공급자도 전송 가산세나 합계표 가산세까지 겹쳐 내지는 않습니다. 다만 이 가산세에는 5,000만원 한도가 적용되지 않습니다.

네, 전자세금계산서 의무사업자가 종이 세금계산서를 발급하면 공급가액의 1% 가산세가 붙습니다. 매입자는 가산세 없이 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 공급자도 전송 가산세나 합계표 가산세까지 겹쳐 내지는 않습니다. 다만 이 가산세에는 5,000만원 한도가 적용되지 않습니다.

종이 세금계산서도 발급한 것으로 인정되나요?

종이 세금계산서도 세금계산서로서 효력은 있습니다. 다만 법인사업자와 일정 규모 이상 개인사업자는 전자적 방법으로 발급해야 할 의무가 있습니다. 이 의무를 지키지 않으면 법은 이를 미발급의 한 유형으로 보아 가산세를 매깁니다.

미발급 가산세는 원래 공급가액의 2%입니다. 그런데 전자 발급 의무자가 발급시기에 종이 세금계산서를 발급한 경우는 1%로 낮춥니다. 둘 이상 사업장을 가진 사업자가 다른 사업장 명의로 발급시기에 발급한 경우도 같은 1%입니다. 세금계산서 자체를 아예 발급하지 않은 경우와 구별하는 취지입니다.

발급시기를 넘겨 종이로 발급했다면 이 1% 감경 요건을 갖추지 못합니다. 이때는 2% 미발급 가산세가 적용된다고 볼 수 있습니다. 법은 의무자의 종이 발급을 미발급의 한 유형으로 보고 발급시기 안의 발급만 1%로 줄이기 때문입니다. 확정신고기한 안이면 지연발급 1%로 보아야 한다는 반론도 있습니다. 종이로라도 제때 발급하는 것이 가산세를 줄이는 첫 단계입니다. 발급일을 입증할 수령 확인 자료도 함께 남겨야 합니다.

전송 가산세와 합계표 가산세도 함께 내나요?

아니요, 겹쳐 내지 않습니다. 미발급 가산세가 적용되는 부분에는 지연발급, 전송, 필요적 기재사항 가산세를 다시 적용하지 않습니다. 매출처별 세금계산서합계표 관련 가산세와 등록 관련 가산세도 빠집니다.

예를 들어 법인이 공급가액 5,000만원 거래를 공급시기에 종이 세금계산서로 발급했다고 해 보겠습니다. 가산세는 1%인 50만원입니다. 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 않았다는 이유로 0.5%를 더 내지는 않습니다. 다만 부가가치세 본세를 정상적으로 신고·납부했다는 전제입니다. 매출을 신고하지 않았다면 과소신고와 납부지연 가산세가 따로 붙습니다.

한도가 없다는 점도 기억해야 합니다. 지연발급이나 전송 가산세는 의무위반 종류별로 5,000만원(중소기업이 아니면 1억원) 한도가 있습니다. 그러나 미발급 가산세는 한도 대상에서 빠져 있어 종이 발급 1%도 금액 제한 없이 부과됩니다.

종이 세금계산서를 받은 매입자도 불이익이 있나요?

없는 것이 원칙입니다. 전자세금계산서가 아닌 세금계산서라도 매입세액은 공제됩니다. 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 받았고 거래사실이 확인되면 됩니다. 매입자에게 붙는 가산세 규정도 이 경우에는 해당하지 않습니다.

매입자가 주의할 점은 받은 시점입니다. 확정신고기한이 지나 받은 종이 세금계산서는 이 공제 사유에 해당하지 않습니다. 그때는 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내 발급분에 대한 별도 공제 요건을 따져야 합니다. 그 요건은 수정신고나 경정청구서를 함께 내는 것 등이고 0.5% 가산세가 붙습니다.

사정이 있어 종이로 발급했다면 가산세를 면할 수 있나요?

정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다. 다만 인정 범위는 좁습니다.

조세심판원 2014. 10. 23. 조심 2014구3515 결정은 정당한 사유를 인정했습니다. 음식점을 하던 개인사업자가 법인으로 전환하며 영업권 등을 넘긴 사안입니다. 폐업을 이유로 은행이 기업 인터넷뱅킹을 거절해 전자세금계산서용 인증서를 받을 수 없었습니다. 심판원은 종이로라도 기한 내 발급하고 신고·납부한 점을 들어 가산세 부과를 취소했습니다.

반면 조세심판원 2016. 5. 10. 조심 2016부0846 결정은 받아들이지 않았습니다. 면세사업을 하던 저축은행이 신탁자산을 팔며 종이 세금계산서를 발급한 사안입니다. 은행은 세무서 직원의 안내를 따랐다고 주장했습니다. 심판원은 신고 안내는 공적 견해표명이 아니고 법령의 오인은 정당한 사유가 아니라고 보았습니다.

두 결정을 가른 것은 전자 발급이 객관적으로 불가능했는지입니다. 시스템 사정이나 인증서 문제처럼 사업자 힘으로 해결할 수 없는 장애였다면 인정될 여지가 있습니다. 반면 몰랐다거나 안내를 잘못 받았다는 사정만으로는 어렵습니다. 국세청 시스템은 별도 설비 없이도 쓸 수 있어 단순한 불편은 사유가 되기 어렵습니다.

종이 세금계산서 발급 대응 순서

• 의무자 여부 확인 - 법인인지, 개인이라면 직전 연도 공급가액 합계가 8,000만원 이상인지 확인합니다.
• 발급시기 확인 - 종이 세금계산서를 공급시기나 다음 달 10일까지 발급했는지 확인합니다.
• 신고 정리 - 종이 발급분도 매출로 빠짐없이 신고하고 가산세를 함께 계산합니다.
• 정당한 사유 자료 확보 - 인증서 발급 거절처럼 전자 발급이 불가능했던 사정이 있으면 그 자료를 남깁니다.
• 다음 거래부터 전자 발급 - 국세청 시스템 등 전자 발급 수단을 갖춰 같은 일이 반복되지 않게 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발급 시점과 전자 발급이 불가능했던 사정에 따라 가산세율과 감면 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 가산세 부과처분 검토와 정당한 사유 주장을 통한 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 전자세금계산서 의무가 없는 개인사업자도 종이로 발급하면 가산세가 있나요?
  아니요, 의무가 없는 사업자는 종이 세금계산서를 발급해도 가산세가 없습니다. 원하면 전자세금계산서를 발급하고 전송할 수도 있고, 그 경우 전송 의무도 함께 지킵니다.
• 개인사업자는 언제부터 전자 발급 의무가 생기나요?
  직전 연도 사업장별 공급가액 합계가 8,000만원 이상이면 그다음 해 제2기 과세기간 시작일, 곧 7. 1.부터 의무가 생깁니다. 면세 공급가액도 합산합니다.
• 세무서에서 의무 통지를 못 받았다면 어떻게 되나요?
  개시일 1개월 전까지 통지를 받지 못했다면 통지서를 받은 달의 다음다음 달 1일부터 의무가 생깁니다. 그 전에 종이로 발급한 분은 가산세 대상이 아닙니다.
• 종이 발급 가산세에도 5,000만원 한도가 적용되나요?
  아니요, 한도 대상이 아닙니다. 가산세 한도는 지연발급, 전송, 기재사항 가산세 등에만 적용되고 미발급 가산세는 빠져 있습니다. 종이 발급 1%는 미발급 가산세의 한 유형입니다.
• 종이로 발급한 뒤 같은 거래를 전자로 다시 발급해도 되나요?
  같은 거래에 세금계산서를 두 번 발급하면 이중 매출로 잡힐 수 있습니다. 다시 발급하려면 처음 종이 세금계산서의 처리 방법을 먼저 정해야 하며, 이미 붙은 가산세가 없어지지는 않습니다.
• 법인 지점이 본점 명의로 종이 세금계산서를 발급하면 어떻게 되나요?
  다른 사업장 명의 발급과 종이 발급이 겹치는 경우입니다. 어느 쪽이든 미발급 가산세 1% 감경 사유에 해당하며, 같은 공급가액에 가산세가 두 번 붙지는 않는 것으로 볼 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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